Theo khoản 1 điều 4 thông tư 302/2016/TT-BTC, Mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ được quy định như sau:
- Tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư trên 10 tỷ đồng: 3.000.000 (ba triệu) đồng/năm
- Tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư từ 10 tỷ đồng trở xuống: 2.000.000 (hai triệu) đồng/năm
Mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức được căn cứ vào vốn điều lệ ghi trong giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc ghi trong điều lệ hợp tác xã. Trường hợp không có vốn điều lệ thì căn cứ vào vốn đầu tư ghi trong giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc văn bản quyết định chủ trương đầu tư.
Nếu có thay đổi vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư thì căn cứ để xác định mức thu lệ phí môn bài là vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư của năm trước liền kề năm tính lệ phí môn bài.
Trường hợp vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư được ghi trong giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy chứng nhận đăng ký đầu tư bằng ngoại tệ thì quy đổi ra đồng Việt Nam để làm căn cứ xác định mức lệ phí môn bài theo tỷ giá mua vào của NHTM, tổ chức tín dụng nơi người nộp lệ phí môn bài mở tài khoản tại thời điểm người nộp lệ phí môn bài nộp tiền vào ngân sách nhà nước.