Thủ tục hoàn thuế đối với dự án đầu tư

HAN MAI LOAN ACC

24 thg 1, 2026

Khi triển khai một dự án đầu tư tại Việt Nam, đặc biệt là các dự án quy mô lớn hoặc có vốn đầu tư nước ngoài, việc nắm rõ quy định và thực hiện đúng thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đóng vai trò quan trọng trong việc đảm bảo dòng tiền và hiệu quả tài chính của doanh nghiệp. Tuy nhiên, không ít nhà đầu tư gặp khó khăn do quy định pháp luật thường xuyên thay đổi, hồ sơ phức tạp và thời gian xử lý kéo dài.

Với nhiều năm kinh nghiệm tư vấn và hỗ trợ doanh nghiệp trong lĩnh vực kế toán – thuế, Công ty TNHH Kế toán AGS đã đồng hành cùng hàng trăm khách hàng thực hiện thành công thủ tục hoàn thuế cho các dự án đầu tư tại Việt Nam. Trong bài viết này, AGS sẽ cùng bạn điểm qua những nội dung quan trọng về điều kiện hoàn thuế, hồ sơ cần chuẩn bị và các lưu ý giúp doanh nghiệp tối ưu quy trình hoàn thuế nhanh chóng, minh bạch và hiệu quả.

1. Trường hợp được hoàn thuế GTGT

Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định 49/2022/NĐ-CP, cụ thể như sau:

(i) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế GTGT, trừ trường hợp sau đây không được hoàn thuế GTGT:

- Dự án đầu tư nêu tại Mục 2 bên dưới.

- Dự án đầu tư xây dựng nhà để bán, dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định.

Lưu ý:

- Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư cũng thuộc đối tượng được hoàn thuế đối với dự án đầu tư nếu đáp ứng đủ các điều kiện nêu trên.

- Dự án mới nêu trên bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư.

- Cơ sở kinh doanh phải thực hiện kê khai thuế GTGT riêng đối với dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế GTGT.

- Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế GTGT.

(ii) Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện thuộc các trường hợp sau thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư. Cụ thể:

- Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

- Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành chưa phải đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

- Dự án đầu tư theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành không phải có giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

2. Trường hợp không được hoàn thuế giá trị gia tăng

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

(i) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư, cụ thể là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư (trừ các trường hợp (ii) nêu tại Mục 1 bên trên).

Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận; hoặc trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật về đầu tư thì thời điểm không hoàn thuế GTGT được tính từ thời điểm cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện cơ sở kinh doanh không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.

(ii) Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư, trừ dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí nêu tại trường hợp (i) của Mục 1 bên trên.

Việc xác định tài nguyên, khoáng sản; trị giá tài nguyên, khoáng sản và thời điểm xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng thực hiện theo quy định tại khoản 11 Điều 3 Nghị định 209/2013/NĐ-CP (được sửa đổi bởi khoản 1 Điều 1 Nghị định 146/2017/NĐ-CP).

3. Điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng

Theo Điều 19 Thông tư 219/2013/TT-BTC, điều kiện hoàn thuế GTGT được quy định như sau:

- Các cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Mục 1.1 bên trên phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy phép đầu tư (giấy phép hành nghề) hoặc quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền, có con dấu theo đúng quy định của pháp luật, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.

- Các trường hợp cơ sở kinh doanh đã kê khai đề nghị hoàn thuế trên Tờ khai thuế GTGT thì không được kết chuyển số thuế đầu vào đã đề nghị hoàn thuế vào số thuế được khấu trừ của tháng tiếp sau.

- Thực hiện thủ tục hoàn thuế GTGT theo quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành (xem chi tiết tại Mục 4 bên dưới).

3. Thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng

3.1 Hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT

a) Trường hợp hoàn thuế dự án đầu tư:

a.1) Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;

a.2) Đối với dự án có công trình xây dựng: Bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc quyết định giao đất hoặc hợp đồng cho thuê đất của cơ quan có thẩm quyền; giấy phép xây dựng;

a.3) Bản sao Chứng từ góp vốn điều lệ; (tham khảo mẫu: Giấy chứng nhận phần vốn góp)

a.4) Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định tại Mục 1.2 bên trên: Bản sao một trong các hình thức Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận về kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện;

a.5) Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào - mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo Phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC, trừ trường hợp người nộp thuế đã gửi hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế;

a.6) Quyết định thành lập Ban Quản lý dự án, Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư, Quy chế tổ chức và hoạt động của chi nhánh hoặc Ban quản lý dự án đầu tư (nếu chi nhánh, Ban quản lý dự án thực hiện hoàn thuế).

3.2. Trình tự giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăn

(i) Đề nghị hoàn thuế bằng hồ sơ điện tử:

- Người nộp thuế gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc qua các Cổng thông tin điện tử khác theo quy định về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế.

- Việc tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử của người nộp thuế được thực hiện theo quy định về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế.

- Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ghi trên Thông báo tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế, cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế trả Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế trong trường hợp hồ sơ không thuộc diện được hoàn thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc qua các Cổng thông tin điện tử khác nơi người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử.

(ii) Đề nghị hoàn thuế bằng hồ sơ giấy:

- Trường hợp người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế bằng giấy tại cơ quan thuế, công chức thuế kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ theo quy định. Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, công chức thuế đề nghị người nộp thuế hoàn thiện hồ sơ theo quy định. Trường hợp hồ sơ đầy đủ, công chức thuế gửi Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ cho người nộp thuế và ghi sổ nhận hồ sơ trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

- Trường hợp người nộp thuế gửi hồ sơ qua đường bưu chính, công chức thuế đóng dấu tiếp nhận, ghi ngày nhận hồ sơ và ghi sổ hồ sơ trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

- Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế, cơ quan thuế gửi Thông báo về việc chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế hoặc Thông báo về việc hồ sơ không đúng thủ tục đối với hồ sơ gửi qua đường bưu chính hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế trong trường hợp không thuộc đối tượng được hoàn thuế.

(Căn cứ khoản 1 và khoản 2 Điều 32 Thông tư 80/2021/TT-BTC).

Việc thực hiện đúng và đầy đủ thủ tục hoàn thuế cho dự án đầu tư không chỉ giúp doanh nghiệp tối ưu dòng tiền mà còn thể hiện sự tuân thủ pháp luật một cách chuyên nghiệp. Tuy nhiên, để tránh những rủi ro phát sinh do sai sót hồ sơ hoặc thay đổi chính sách, doanh nghiệp nên chủ động cập nhật quy định và, khi cần thiết, tìm đến sự hỗ trợ từ các đơn vị tư vấn uy tín. Công ty TNHH Kế toán AGS luôn sẵn sàng đồng hành, mang đến giải pháp hoàn thuế hiệu quả, minh bạch và phù hợp với từng loại hình dự án đầu tư.