Cơ quan hải quan có cần thu thập thông tin từ địa phương đối với trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa của năm trước

Cùng tìm hiểu kĩ hơn về chủ đề này qua bài viết dưới đây nhé.

1. Trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa của năm trước có cần thu thập thông tin từ cơ quan thuế địa phương

Theo Công văn 2999/TCHQ-TXNK năm 2022 về hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa do Tổng cục Hải quan ban hành như sau:

• Căn cứ quy định nêu trên, cơ quan hải quan cần thu thập thông tin từ cơ quan thuế địa phương để phục vụ việc hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế GTGT nộp thừa của năm trước nhưng ban hành quyết định hoàn thuế sau ngày 31/3 của năm kế tiếp đối với các trường hợp sau:
• Người nộp thuế trong thời hạn 12 tháng tính đến ngày nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT nộp thừa có hành vi vi phạm pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế, pháp luật khác có liên quan đang bị cơ quan có thẩm quyền khởi tố vụ án hình sự;
• Người nộp thuế là công ty thành viên trong cùng một tập đoàn nhưng tập đoàn đang bị khởi tố vụ án hình sự hoặc đơn vị thành viên khác trong cùng một tập đoàn đang bị khởi tố vụ án hình sự;
• Người nộp thuế có số tiền thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn từ 500 triệu đồng trở lên;
• Người nộp thuế không giải trình được những mâu thuẫn trong hồ sơ đề nghị hoàn tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa;
• Các trường hợp nghi ngờ khác trong quá trình xử lý hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa của người nộp thuế.
• Cơ quan hải quan phải theo dõi, đôn đốc phối hợp với cơ quan thuế. Ngay sau khi nhận được ý kiến của cơ quan thuế, căn cứ văn bản quy phạm pháp luật, hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa của người nộp thuế, cơ quan hải quan có văn bản phản hồi cho người nộp thuế.
• Đối với các trường hợp hoàn tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa của năm trước nhưng cơ quan hải quan có đủ cơ sở xác định doanh nghiệp chưa kê khai khấu trừ hoặc hoàn thuế tại cơ quan thuế thì không cần thu thập thêm thông tin từ cơ quan thuế địa phương.

2. Quy định về nội dung kiểm tra hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

Theo khoản 1 Điều 26 chương IV ban hành kèm theo Quyết định 3394/QĐ-TCHQ năm 2021 quy định về hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng như sau:
"Điều 26. Kiểm tra hồ sơ

• Nội dung kiểm tra

Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện kiểm tra hồ sơ trên Hệ thống miễn giảm hoàn hoặc kiểm tra hồ sơ giấy.

• Kiểm tra công văn kèm các chứng từ có liên quan trong hồ sơ đề nghị xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
• Kiểm tra tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, Quyết định ấn định thuế, Quyết định xử phạt vi phạm hành chính có phát sinh số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đề nghị xử lý nộp thừa;
• Kiểm tra lý do đề nghị xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa;
• Kiểm tra chứng từ dã nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa;
• Kiểm tra các dữ liệu trên Hệ thống VNACCS, Hệ thống Kế toán thuế tập trung và các Hệ thống có liên quan (nếu có);
• Đối chiếu với chính sách thuế, pháp luật về quản lý thuế, pháp luật về hải quan, pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính có liên quan đến việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa;
• Trường hợp hoàn tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa của năm trước nhưng ban hành quyết định hoàn thuế sau ngày 31/3 của năm kế tiếp, cơ quan hải quan cần thu thập thông tin từ cơ quan thuế địa phương để phục vụ việc hoàn thuế thì cơ quan hải quan có văn bản gửi cho cơ quan Thuế địa phương nơi quản lý doanh nghiệp đề nghị cung cấp thông tin, số liệu kê khai nộp thuế, báo cáo quyết toán thuế của người nộp thuế để phục vụ việc hoàn thuế."

3. Quy định về trường hợp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng cần bổ sung thông tin

Theo khoản 2 Điều 26 chương IV ban hành kèm theo Quyết định 3394/QĐ-TCHQ năm 2021 quy định về hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng như sau:
"Điều 26. Kiểm tra hồ sơ

• Trường hợp hồ sơ cần giải trình, bổ sung thông tin

Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, công chức xử lý hồ sơ đề xuất về việc Thông báo bổ sung các thông tin cần thiết theo Mẫu số 4 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư số 06/2021/TT-BTC (đối với hồ sơ điện tử) hoặc Mẫu số 05/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư số 06/2021/TT-BTC (đối với hồ sơ giấy) trình Lãnh đạo bộ phận, Lãnh đạo đơn vị phê duyệt và gửi cho người nộp thuế. Thời hạn bổ sung hồ sơ là 05 ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế nhận được Thông báo trên Hệ thống (đối với hồ sơ điện tử) hoặc Thông báo bản giấy (đối với hồ sơ giấy) của cơ quan hải quan.

• Sau khi người nộp thuế bổ sung, giải trình đủ hồ sơ, công chức xử lý hồ sơ tiếp tục kiểm tra, xử lý theo quy định tại khoản 1 Điều này.
• Trường hợp xác định đủ điều kiện để xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, công chức xử lý hồ sơ thực hiện theo khoản 3 Điều này.
• Trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung hồ sơ nhưng không đủ điều kiện xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, công chức xử lý hồ sơ thực hiện theo khoản 4 Điều này.
• Trường hợp quá thời hạn bổ sung hồ sơ nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc không đủ cơ sở để xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo Mẫu số 5 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư số 06/2021/TT-BTC trên Hệ thống miễn giảm hoàn (đối với hồ sơ điện tử) hoặc lập Tờ trình theo Mẫu số 01/TT-TXNK ban hành kèm theo Quy trình này, dự thảo Thông báo theo Mẫu số 06/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư số 06/2021/TT-BTC (đối với hồ sơ giấy).
• Trường hợp hồ sơ đủ điều kiện hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, cơ quan hải quan ban hành Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo quy định tại Điều 27 Quy trình này.
• Trường hợp hồ sơ không đủ điều kiện xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, số 5 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư số 06/2021/TT-BTC trên Hệ thống miễn giảm hoàn (đối với hồ sơ điện tử) hoặc lập Tờ trình theo Mẫu số 01/TT-TXNK ban hành kèm theo Quy trình này, dự thảo Thông báo theo Mẫu số 06/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư số 06/2021/TT-BTC (đối với hồ sơ giấy)."

4. Kết luận

Như vậy, đối với các trường hợp hoàn tiền thuế giá trị gia tăng nộp thừa của năm trước nhưng cơ quan hải quan có đủ cơ sở xác định doanh nghiệp chưa kê khai khấu trừ hoặc hoàn thuế tại cơ quan thuế thì không cần thu thập thêm thông tin từ cơ quan thuế địa phương.