Hướng dẫn kê khai nộp thuế khi chuyển đổi từ doanh nghiệp chế xuất sang doanh nghiệp không hưởng chính sách của doanh nghiệp chế xuất

Như vậy, nếu doanh nghiệp chuyển đổi từ doanh nghiệp chế xuất sang doanh nghiệp không hưởng chính sách của doanh nghiệp chế xuất thì phải kê khai tờ khai hải quan mới. Bên cạnh đó phải nộp đủ thuế đối với hàng hóa doanh nghiệp chế xuất mua từ nội địa trước khi chuyển đổi.

Lưu ý: Trong trường hợp này doanh nghiệp không thuộc trường hợp được hoàn lại tiền thuế nhập khẩu đã nộp.

2. Đối với hàng hóa là tài sản cố định doanh nghiệp chế xuất mua từ nước ngoài

Tại điểm a khoản 7 Điều 20 Nghị định 31/2021/NĐ-CP có quy định nguyên tắc áp dụng ưu đãi đầu tư:
Điều 20. Nguyên tắc áp dụng ưu đãi đầu tư
...
7. Ưu đãi đầu tư trong trường hợp chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình tổ chức kinh tế (sau đây gọi chung là tổ chức lại tổ chức kinh tế); chia, tách, sáp nhập và chuyển nhượng dự án đầu tư được áp dụng như sau:
a) Tổ chức kinh tế được hình thành trên cơ sở tổ chức lại tổ chức kinh tế hoặc nhà đầu tư nhận chuyển nhượng dự án đầu tư được kế thừa các ưu đãi đầu tư áp dụng đối với dự án đầu tư (nếu có) trước khi tổ chức lại hoặc nhận chuyển nhượng nếu vẫn đáp ứng các điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư;
...
Theo đó, trường hợp chuyển đổi từ doanh nghiệp chế xuất sang doanh nghiệp không hưởng chính sách của doanh nghiệp chế xuất thì cơ quan hải quan kiểm tra xác định nếu doanh nghiệp sau khi chuyển đổi vẫn đáp ứng điều kiện được hưởng ưu đãi đầu tư thì sau khi chuyển đổi tiếp tục được kế thừa ưu đãi miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định của dự án đầu tư trước khi chuyển đổi.
Tại điểm c khoản 2 Điều 21 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi bởi khoản 11 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC có quy định về thủ tục hủy tờ khai hải quan như sau:
Điều 21. Khai thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa
...
2. Thủ tục hủy tờ khai hải quan
...
c) Đối với trường hợp thay đổi mục đích sử dụng bằng hình thức chuyển nhượng cho đối tượng thuộc diện không chịu thuế, miễn thuế: Người nhận chuyển nhượng phải kê khai theo quy định tại điểm a khoản này, nhưng không phải nộp thuế.
Trường hợp đối tượng nhận chuyển nhượng phải thực hiện thông báo Danh mục miễn thuế thì cơ quan hải quan thực hiện trừ lùi hàng hóa nhận chuyển nhượng trên Danh mục miễn thuế của tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng.
Tổ chức, cá nhân chuyển nhượng không phải nộp thuế nhập khẩu đối với hàng hóa chuyển nhượng với điều kiện giá chuyển nhượng không bao gồm thuế nhập khẩu nhưng phải thực hiện thông báo cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận thông báo Danh mục miễn thuế trước đây về việc chuyển nhượng hàng hóa đối với trường hợp đã thông báo Danh mục miễn thuế hoặc thông báo cho Chi cục Hải quan nơi đã đăng ký tờ khai hải quan ban đầu nếu không thuộc trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế;Theo đó, doanh nghiệp chế xuất thực hiện thủ tục khai thay đổi mục đích sử dụng đối với hàng hóa tạo tài sản cố định đã nhập khẩu miễn thuế tương tự trường hợp thay đổi mục đích sử dụng bằng hình thức chuyển nhượng cho đối tượng thuộc diện không chịu thuế, miễn thuế.

Theo đó, doanh nghiệp không phải thông báo Danh mục miễn thuế đối với hàng hóa tạo tài sản cố định đã nhập khẩu miễn thuế trước đây. Sau khi hoàn tất thủ tục chuyển đổi, doanh nghiệp thực hiện báo cáo tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế hàng năm theo quy định.
Kể từ thời điểm doanh nghiệp chế xuất chuyển đổi sang doanh nghiệp không hưởng chế độ chính sách doanh nghiệp chế xuất, doanh nghiệp chỉ được miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định nếu thực hiện thông báo Danh mục miễn thuế trước khi nhập khẩu theo quy định.

3. Doanh nghiệp chế xuất hoạt động chế xuất trong khu vực nào?

Tại Điều 2 Nghị định 35/2022/NĐ-CP có quy định về doanh nghiệp chế xuất như sau:
Điều 2. Giải thích từ ngữ
Trong Nghị định này, các từ ngữ dưới đây được hiểu như sau:
...
21. Doanh nghiệp chế xuất là doanh nghiệp thực hiện hoạt động chế xuất trong khu chế xuất, khu công nghiệp và khu kinh tế.
22. Tỷ lệ lấp đầy của khu công nghiệp là tỷ lệ diện tích đất công nghiệp và đất dịch vụ đã cho nhà đầu tư được chấp thuận chủ trương đầu tư, cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, thực hiện dự án thuê đất, thuê lại đất để xây dựng nhà xưởng, văn phòng, kho bãi, công trình dịch vụ, tiện ích công cộng, thực hiện dự án đầu tư, tổ chức sản xuất, kinh doanh theo quy định của pháp luật trên tổng diện tích đất công nghiệp và đất dịch vụ của khu công nghiệp, được tính theo tỷ lệ phần trăm (%).
Như vậy, doanh nghiệp chế xuất hoạt động chế xuất trong:

• Khu chế xuất;
• Khu công nghiệp;
• Khu kinh tế.

Tại Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP có quy định riêng áp dụng đối với khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất như sau:
Điều 26. Quy định riêng áp dụng đối với khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất
...
11. Doanh nghiệp chế xuất được bán hàng hóa vào thị trường nội địa. Hàng hóa nhập khẩu từ doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất vào thị trường trong nước thuộc đối tượng chịu thuế theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
12. Chỉ những nhà đầu tư, người lao động làm việc trong doanh nghiệp chế xuất và những người có quan hệ công tác với doanh nghiệp chế xuất được ra, vào doanh nghiệp chế xuất.
Như vậy, người được ra vào doanh nghiệp chế xuất bao gồm:

• Nhà đầu tư;
• Người lao động làm việc trong doanh nghiệp chế xuất;
• Những người có quan hệ công tác với doanh nghiệp chế xuất.