Miễn, giảm, hoàn thuế xuất nhập khẩu cho doanh nghiệp chế xuất: Quy định mới 2025

VCA Yến ACC

24 thg 1, 2026

Bạn có biết doanh nghiệp chế xuất có thể tiết kiệm hàng tỷ đồng mỗi năm nhờ chính sách thuế xuất nhập khẩu ưu đãi? Bài viết này sẽ giúp bạn hiểu rõ khi nào được miễn, giảm, hoàn thuế và cách thực hiện đúng theo quy định mới nhất 2025.

1. Doanh nghiệp chế xuất là gì?

Doanh nghiệp chế xuất (EPE – Export Processing Enterprise) là doanh nghiệp chuyên sản xuất hàng hóa để xuất khẩu, hoạt động trong khu chế xuất hoặc khu công nghiệp có khu vực riêng biệt, được hưởng chính sách thuế đặc thù.

Theo quy định tại Luật Thuế xuất nhập khẩu và Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung 2025), doanh nghiệp chế xuất được miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa phục vụ sản xuất xuất khẩu và được hoàn thuế trong một số trường hợp cụ thể.

2. Các trường hợp được miễn thuế xuất nhập khẩu

Doanh nghiệp chế xuất được miễn thuế nhập khẩu trong các trường hợp sau:

Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu.
Máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển chuyên dùng phục vụ cho hoạt động sản xuất trong khu chế xuất.
Hàng hóa nhập khẩu để xây dựng nhà xưởng, văn phòng của doanh nghiệp chế xuất.
Hàng hóa tạm nhập – tái xuất hoặc tạm xuất – tái nhập theo hợp đồng gia công.

Lưu ý: Nếu hàng hóa nhập khẩu được sử dụng cho mục đích khác (không phục vụ sản xuất xuất khẩu), doanh nghiệp phải kê khai và nộp lại thuế theo quy định.

3. Trường hợp được giảm thuế xuất nhập khẩu

Theo Điều 32 Luật Thuế xuất nhập khẩu 2016 và hướng dẫn sửa đổi năm 2025, doanh nghiệp được xem xét giảm thuế khi hàng hóa bị hư hỏng, mất mát trong quá trình lưu kho, vận chuyển, do thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ hoặc sự cố bất khả kháng.

Mức giảm thuế được xác định tỷ lệ thuận với mức độ tổn thất thực tế của hàng hóa, cụ thể:

Nếu hàng hóa bị hư hỏng hoàn toàn, không thể sử dụng, được giảm 100% số thuế phải nộp.
Nếu hàng hóa bị hư hỏng một phần, thì được giảm tương ứng với tỷ lệ tổn thất (ví dụ: hư 40% thì giảm 40% thuế phải nộp).
Trường hợp hàng hóa vẫn còn giá trị sử dụng, doanh nghiệp vẫn phải nộp thuế cho phần giá trị còn lại.

Doanh nghiệp phải gửi hồ sơ đề nghị giảm thuế trong vòng 60 ngày kể từ ngày xảy ra thiệt hại, gồm: Đơn đề nghị giảm thuế; Chứng từ nộp thuế (nếu đã nộp); Biên bản xác định mức độ hư hỏng, mất mát; Xác nhận của cơ quan có thẩm quyền về sự kiện bất khả kháng.

4. Các trường hợp được hoàn thuế xuất nhập khẩu

Doanh nghiệp chế xuất được hoàn thuế nhập khẩu trong các trường hợp sau:

Hàng hóa đã nhập khẩu nhưng không sử dụng, phải tái xuất ra nước ngoài hoặc xuất vào khu phi thuế quan.
Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu, sản phẩm đã xuất khẩu đúng hạn.
Hàng hóa nhập khẩu gửi gia công cho đối tác nước ngoài, sau đó xuất trả sản phẩm.
Hoàn thuế đối với phần hàng hóa nhập khẩu thừa, sai quy cách, chất lượng phải tái xuất.

Hồ sơ hoàn thuế gồm: tờ khai hải quan, chứng từ nộp thuế, chứng từ thanh toán, chứng từ xuất khẩu và bảng kê chi tiết hàng hóa.

Cơ quan hải quan giải quyết hoàn thuế trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

5. Một số lưu ý kế toán và thực tế áp dụng

Doanh nghiệp chế xuất cần mở sổ chi tiết theo dõi nguyên vật liệu nhập – xuất – tồn, phục vụ kiểm tra của hải quan.
Hồ sơ chứng minh hàng hóa đã xuất khẩu là căn cứ bắt buộc để được hoàn thuế.
Trường hợp doanh nghiệp chế xuất mua hàng nội địa, phải khai báo hải quan như hàng xuất khẩu để đảm bảo đúng quy định miễn thuế.
Nên thường xuyên đối chiếu dữ liệu với cơ quan hải quan và kế toán thuế nội bộ để tránh sai sót trong kê khai.

Chính sách miễn, giảm, hoàn thuế xuất nhập khẩu là ưu đãi quan trọng giúp doanh nghiệp chế xuất giảm chi phí và tăng tính cạnh tranh quốc tế.
Tuy nhiên, việc áp dụng cần đúng quy định, có chứng từ hợp lệ và kiểm soát chặt chẽ trong khâu kế toán – hải quan để tránh rủi ro thuế phát sinh.

Công ty AGS cảm ơn bạn đã dành thời gian để đọc bài viết này. Hy vọng bạn đã có được những thông tin bổ ích. Hãy tiếp tục theo dõi chúng tôi để cập nhật thêm nhiều thông tin cũng như cơ hội việc làm tại AGS nhé.