Những thay đổi khi hoàn thuế GTGT điện tử năm 2025

HCM HẠNH ACC

8 thg 1, 2026

Cuối năm 2024 và đầu năm 2025, công tác hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đã có nhiều thay đổi đáng chú ý sau khi Tổng cục Thuế triển khai hệ thống hoàn thuế điện tử thế hệ mới. Mục tiêu là rút ngắn thời gian xử lý hồ sơ, tăng tính minh bạch và đồng bộ với hệ thống hóa đơn điện tử. Nếu trước đây, quy trình hoàn thuế còn phụ thuộc nhiều vào hồ sơ giấy, các bước xác minh thủ công và việc nộp hồ sơ qua Cổng Dịch vụ công Quốc gia còn hạn chế, thì nay doanh nghiệp đã có thể thực hiện toàn bộ quy trình hoàn thuế GTGT trên môi trường điện tử.

1. Hệ thống tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử mới

Từ ngày 1/1/2025, Tổng cục Thuế chính thức vận hành Hệ thống hoàn thuế điện tử thống nhất trên toàn quốc, thay thế cho các cổng khai riêng lẻ của từng Cục Thuế.

Điểm khác biệt lớn so với trước:

Doanh nghiệp nộp hồ sơ hoàn thuế trực tiếp trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, thay vì qua email hoặc cổng địa phương.

Hệ thống mới tự động kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ, giảm sai sót và trả kết quả phản hồi ngay trên cổng.

Mọi thông báo, yêu cầu bổ sung đều được gửi qua tài khoản thuế điện tử – không còn phải nộp công văn giấy hoặc trực tiếp liên hệ cán bộ thuế như trước.

Điều này giúp doanh nghiệp dễ dàng theo dõi tiến độ xử lý hồ sơ hoàn thuế, đồng thời tăng tính công khai, minh bạch trong quy trình.

2. Quy định mới về chứng từ và hóa đơn trong hồ sơ hoàn thuế

Theo hướng dẫn cập nhật tại Thông tư 72/2024/TT-BTC (có hiệu lực từ 1/1/2025), hồ sơ hoàn thuế điện tử sẽ rút gọn một số loại chứng từ, đồng thời bổ sung điều kiện về hóa đơn điện tử có mã.

So với trước:

Trước năm 2025: Doanh nghiệp phải đính kèm nhiều chứng từ như hợp đồng, phiếu xuất kho, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, tờ khai hải quan bản scan

Từ năm 2025:

Các chứng từ này được thay thế bằng mã tham chiếu điện tử (do hệ thống tự liên kết từ cơ sở dữ liệu hóa đơn và hải quan).
Chỉ chấp nhận hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế khi kê khai đầu vào được hoàn.
Thanh toán không dùng tiền mặt trở thành điều kiện bắt buộc trong hầu hết trường hợp hoàn thuế.
Như vậy, doanh nghiệp cần đảm bảo toàn bộ hóa đơn đầu vào hợp lệ, có mã và đã được đối chiếu thành công trên hệ thống thì hồ sơ mới được chấp nhận.

3. Thời gian xử lý và quy trình hoàn thuế rút ngắn

Trước đây, theo Luật Quản lý thuế 2019, thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế là 6 ngày làm việc đối với hồ sơ kiểm tra trước – hoàn sau, và 40 ngày đối với hồ sơ hoàn trước – kiểm tra sau.

Từ năm 2025, nhờ áp dụng công nghệ xác minh tự động, Tổng cục Thuế quy định:

Giảm còn 4 ngày làm việc cho hồ sơ hoàn thuế đủ điều kiện (tức là hồ sơ điện tử hợp lệ, không có dấu hiệu rủi ro).
Tối đa 30 ngày với hồ sơ cần xác minh hoặc có nghi ngờ về hóa đơn.
Đồng thời, kết quả hoàn thuế được chuyển trực tiếp về tài khoản doanh nghiệp qua hệ thống kho bạc điện tử, thay vì nhận thông báo giấy như trước đây.

4. Tăng cường đối chiếu dữ liệu và kiểm tra tự động

Một điểm mới quan trọng là việc liên thông dữ liệu giữa hệ thống thuế – hải quan – kho bạc – ngân hàng.

Nhờ đó:

Cơ quan thuế tự động xác thực chứng từ xuất khẩu, không yêu cầu doanh nghiệp cung cấp bản sao.

Hệ thống phát hiện hóa đơn rủi ro hoặc trùng lặp và cảnh báo ngay khi doanh nghiệp nộp hồ sơ.

Điều này giúp hạn chế gian lận trong hoàn thuế, nhưng cũng đòi hỏi kế toán phải kiểm tra kỹ dữ liệu trước khi gửi.

Kết luận

Có thể thấy, năm 2025 đánh dấu bước chuyển mạnh mẽ trong việc điện tử hóa quy trình hoàn thuế GTGT. Doanh nghiệp không chỉ được hưởng lợi về thời gian và thủ tục, mà còn cần chủ động rà soát hệ thống hóa đơn, chứng từ và tài khoản thanh toán để đảm bảo tính đồng bộ.

Việc nắm bắt và cập nhật kịp thời các thay đổi này không chỉ giúp tránh rủi ro bị từ chối hoàn thuế, mà còn thể hiện sự chuyên nghiệp trong công tác kế toán thuế của doanh nghiệp.