Những điểm mới cần lưu ý trong Thông tư 89/2026/TT-BTC
Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30/06/2026 quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 01/07/2026.
Vậy Thông tư 89/2026/TT-BTC có những điểm mới đáng chú ý nào và doanh nghiệp cần lưu ý gì khi áp dụng? Hãy cùng AGS tìm hiểu trong bài viết dưới đây nhé.
A. Tổng quan về Thông tư 89/2026/TT-BTC
Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP đã tạo nền tảng pháp lý mới cho công tác quản lý thuế tại Việt Nam, với định hướng hiện đại hóa, tăng cường chuyển đổi số và nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước. Để các quy định này được triển khai thống nhất trên thực tế, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 89/2026/TT-BTC, hướng dẫn chi tiết nhiều nội dung quan trọng trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế.
Thông tư quy định cụ thể các nội dung về giao dịch điện tử trong quản lý thuế, hồ sơ và chứng từ điện tử, khai thuế, quyết toán thuế thu nhập cá nhân, biểu mẫu kê khai đối với hộ và cá nhân kinh doanh cùng nhiều thủ tục liên quan đến việc thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.
So với các quy định trước đây, Thông tư 89 không thay đổi hoàn toàn cách thức quản lý thuế mà tập trung hướng dẫn rõ hơn những nội dung đã được Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định. Điều này giúp doanh nghiệp và người nộp thuế có cơ sở pháp lý cụ thể để thực hiện đúng quy trình, hạn chế cách hiểu khác nhau giữa các đơn vị trong quá trình áp dụng.
Đối tượng chịu tác động của Thông tư khá rộng, bao gồm doanh nghiệp, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, tổ chức chi trả thu nhập, cá nhân có nghĩa vụ kê khai thuế cũng như các đơn vị cung cấp dịch vụ kế toán, đại lý thuế và tổ chức cung cấp dịch vụ giao dịch thuế điện tử, Vì vậy, việc cập nhật những nội dung mới của Thông tư 89 là cần thiết nhằm đảm bảo việc kê khai, nộp thuế và lưu trữ hồ sơ được thực hiện đúng quy định ngay từ thời điểm văn bản có hiệu lực.
B. Những điểm mới đáng chú ý của Thông tư 89/2026/TT-BTC
(1) Thuế thu nhập cá nhân từ tiền lương, tiền công chuyển sang khai theo quý
Một trong những nội dung được nhiều doanh nghiệp quan tâm nhất tại Thông tư 89 là quy định về khai thuế TNCN đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công. Theo Điều 22 TT89/2026/TT-BTC, kể từ ngày 01/07/2026, tổ chức và cá nhân trả thu nhập sẽ thực hiện khai thuế TNCN theo quý và quyết toán thuế theo năm, thay vì thực hiện khai thuế theo tháng như quy định trước đây. Cụ thể:
" Điều 22. Khai thuế thu nhập cá nhân
1. Khai thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công:
a) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện khai theo quý và quyết toán năm như sau:
a.1) Trường hợp khai theo quý: Tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thực hiện khai số thuế thu nhập cá nhân đã khấu trừ của cá nhân nhận thu nhập theo quý;
a.2) Trường hợp khai quyết toán năm:
a.2.1) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công có trách nhiệm quyết toán thuế và quyết toán thay cho các cá nhân có ủy quyền cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập quyết toán thuế, không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không phát sinh khấu trừ thuế;
..."
Việc chuyển từ khai theo tháng sang khai theo quý được đánh giá là bước cải cách đáng kể trong thủ tục hành chính thuế. Thay vì phải lập và nộp hồ sơ khai thuế hằng tháng, doanh nghiệp chỉ cần tổng hợp số thuế đã khấu trừ của người lao động để thực hiện kê khai theo từng quý. Điều này góp phần giảm số lượng hồ sơ phải lập trong năm, tiết kiệm thời gian và chi phí cho doanh nghiệp, đặc biệt là các đơn vị có nhiều lao động hoặc có biến động nhân sự thường xuyên.
Tuy nhiên, doanh nghiệp cũng cần lưu ý rằng việc giảm tuần suất kê khai không đồng nghĩa với việc giảm yêu cầu về quản lý dữ liệu. Bộ phận kế toán vẫn cần theo dõi đầy đủ thu nhập, số thuế đã khấu trừ và các khoản giảm trừ của từng người lao động theo từng tháng để bảo đảm số liệu được tổng hợp chính xác khi lập tờ khai quý và quyết toán thuế năm.
Ngoài ra, Thông tư cũng tiếp tục quy định trách nhiệm của tổ chức trả thu nhập cho việc thực hiện quyết toán thay cho cá nhân có đủ điều kiện và có văn bản ủy quyền. Đây là nội dung doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý nhằm bản đảm thực hiện đúng nghĩa vụ quyết toán thuế theo quy định.
(2) Làm rõ trách nhiệm quyết toán thuế đối với người lao động được điều chuyển
Bên cạnh việc thay đổi kỳ khai thuế thu nhập cá nhân, Thông tư 89 còn hướng dẫn cụ thể hơn với trường hợp người lao động được điều chuyển giữa các doanh nghiệp do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp. Cụ thể:
" Điều 22. Khai thuế thu nhập cá nhân
1. Khai thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công:
a) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện khai theo quý và quyết toán năm như sau:
...
a.2.2) Trường hợp cá nhân là người lao động được điều chuyển từ tổ chức cũ đến tổ chức mới do tổ chức cũ thực hiện sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp hoặc tổ chức cũ và tổ chức mới trong cùng một hệ thống thì tổ chức mới có trách nhiệm quyết toán thay theo ủy quyền của cá nhân đối với cả phần thu nhập do tổ chức cũ chi trả và thu lại chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân do tổ chức cũ đã cấp cho người lao động (nếu có).
..."
Quy định này được ban hành nhằm tháo gỡ những khó khăn phát sinh trong thực tết khi doanh nghiệp thực hiện tái cơ cấu hoặc người lao động được điều chuyển trong cùng hệ thống doanh nghiệp. Trước đây, việc xác định đơn vị nào có trách nhiệm quyết toán thay hoặc xử lý chứng từ khấu trừ thuế thường gây lúng túng cho cả doanh nghiệp và người lao động.
Việc hướng dẫn rõ trách nhiệm của từng bên sẽ góp phần hạn chế sai sót trong quá trình quyết toán thuế, đồng thời giúp người lao động không phải thực hiện nhiều thủ tục hành chính khi thay đổi đơn vị công tác do yêu cầu tổ chức của doanh nghiệp.
(3) Thay thế nhiều biểu mẫu khai thuế đối với hộ và các nhân kinh doanh
Một điểm đáng chú ý khác của Thông tư 89 là việc thay thế một số biểu mẫu khai thuế đang áp dụng đối với hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh. Cụ thể, Điều 99 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định:
Thông tư 89/2026/TT-BTC thay thế mẫu số 01/TKN-CNKD kèm theo Thông tư 50/2026/TT-BTC, mẫu số 02/CNKD-TNCN-QTT, mẫu số 01/XSBHĐC, mẫu số 01/BK-XSBHĐC, mẫu số 01/TCKT, mẫu số 01/BK-KTHTKD kèm theo Thông tư 18/2026/TT-BTC bằng mẫu số 01/TKN-CNKD, mẫu số 02/CNKD-TNCN-QTT, mẫu số 01/XSBHĐC, mẫu số 01/BK-XSBHĐC, mẫu số 01/TCKT, mẫu số 01/BK-KTHTKD Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Việc ban hành các biểu mẫu mới nhằm thống nhất hệ thống hồ sơ khai thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế 2025, đồng thời tạo thuận lợi cho cơ quan thuế trong quá trình tiếp nhận, xử lý và quản lý dữ liệu điện tử.
Đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh cũng như các đơn vị cung cấp dịch vụ kế toán, việc cập nhật kịp thời các biểu mẫu mới là rất cần thiết. Nếu tiếp tục sử dụng các mẫu biểu đã hết hiệu lực, hồ sơ có thể bị cơ quan thuế yêu cầu điều chỉnh hoặc bổ sung, ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện nghĩa vụ thuế.
Bên cạnh đó, doanh nghiệp cũng nên kiểm tra phần mềm hỗ trợ kê khai để bảo đảm các biểu mẫu đã được cập nhật theo quy định mới, tránh phát sinh sai sót trong quá trình lập và nộp hồ sơ.
(4) Quy định cụ thể hơn về hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế
Theo Điều 9 Thông tư 89/2026/TT-BTC, hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế bao gồm hồ sơ thuế điện tử, chứng từ nộp ngân sách nhà nước điện tử và các văn bản, thông báo, quyết định hành chính thuế được lập, gửi, nhận và lưu trữ bằng phương thức điện tử. Đồng thời, Thông tư cũng quy định, bảm đảm tính xác thực và giá trị pháp lý trong quá trình sử dụng. Cụ thể:
"Điều 9. Hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử
1. Hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử bao gồm:
a) Hồ sơ thuế điện tử gồm các loại hồ sơ thuế quy định tại khoản 9 Điều 4 Luật Quản lý thuế được tạo lập, được gửi, được nhận, được lưu trữ bằng phương thức điện tử;
b) Chứng từ nộp ngân sách nhà nước điện tử là chứng từ nộp ngân sách nhà nước theo quy định tại Nghị định số 347/2025/NĐ-CP của Chính phủ về thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước và các văn bản hướng dẫn thi hành được tạo lập, được gửi, được nhận, được lưu trữ bằng phương thức điện tử;
c) Văn bản, thông báo, quyết định hành chính thuế và các văn bản, thông báo, quyết định khác của cơ quan thuế được lập, được gửi, được nhận, được lưu trữ bằng phương thức điện tử..
Các hồ sơ, chứng từ điện tử quy định tại khoản này phải được xác nhận điện tử theo quy định tại Điều 10 Thông tư này. Trường hợp thành phần của hồ sơ thuế, chứng từ nộp ngân sách nhà nước có các tài liệu kèm theo là văn bản giấy phải được chuyển đổi sang dạng điện tử theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử, trừ tài liệu, thông tin thuộc phạm vi bí mật nhà nước hoặc trường hợp pháp luật có quy định không thực hiện bằng phương tiện điện tử thì việc nộp, gửi, tiếp nhận các tài liệu này được thực hiện theo quy định của pháp luật có liên quan.
..."
Có thể thấy, việc quy định rõ thành phần và hình thức của hồ sơ điện tử không chỉ giúp doanh nghiệp thực hiện thủ tục hành chính thuận tiện hơn mà còn tạo điều kiện để cơ quan thuế quản lý dữ liệu tập trung, nâng cao hiệu quả xử lý hồ sơ và giảm thiểu các sai sót phát sinh trong quá trình tiếp nhận thông tin.
Đối với doanh nghiệp, đây cũng là thời điểm cần rà soát lại quy trình lưu trữ hồ sơ điện tử, chữ ký số, hệ thống quản lý tài liệu cũng như việc chuyển đổi các chứng từ giấy sang định dạng điện tử nhằm đáp ứng đầy đủ yêu cầu của cơ quan thuế.
(5) Mở rộng phạm vi giao dịch điện tử trong quản lý thuế
Theo Điều 7 Thông tư 89/2026/TT-BTC, giao dịch điện tử trong quản lý thuế không chỉ bao gồm việc người nộp thuế thực hiện các thủ tục hành chính với cơ quan thuế mà còn bao gồm việc cơ quan thuế gửi thông báo, quyết định hành chính, tiếp nhận hồ sơ, phản hồi kết quả xử lý và cung cấp các dịch vụ hỗ trợ cho người nộp thuế thông qua môi trường điện tử.
Bên cạnh đó, Thông tư còn quy định việc trao đổi thông tin giữa cơ quan thuế với các cơ quan quản lý nhà nước khác theo cơ chế một cửa liên thông, kết nối với các tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN và thực hiện giao dịch điện tử đối với hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về hóa đơn điện tử.
Việc mở rộng phạm vi giao dịch điện tử cho thấy định hướng xây dựng một hệ thống quản lý thuế hiện đại, trong đó dữ liệu được chia sẻ và kết nối giữa nhiều cơ quan, thay vì xử lý riêng lẻ như trước đây. Điều này không chỉ giúp rút ngắn thời gian giải quyết thủ tục hành chính mà còn nâng cao tính minh bạch, giảm giấy tờ và hạn chế việc người nộp thuế phải cung cấp lặp lại cùng một loại thông tin cho nhiều cơ quan khác nhau.
Đối với doanh nghiệp, việc chuyển đổi sang môi trường làm việc số ngày càng trở thành yêu cầu tất yếu. Do đó, doanh nghiệp cần chủ động nâng cấp hạ tầng công nghệ thông tin, sử dụng chữ ký số hợp lệ, đồng thời chuẩn hóa dữ liệu kế toán và thuế để bảo đảm việc kết nối, trao đổi thông tin với cơ quan thuế được thực hiện liên tục, chính xác và an toàn.
C. Những điều doanh nghiệp cần lưu ý khi áp dụng Thông tư 89/2026/TT-BTC
Việc Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/07/2026 không chỉ kéo theo sự thay đổi về quy định pháp lý mà còn đặt ra yêu cầu doanh nghiệp phải chủ động rà soát quy trình quản lý mà còn đặt ra yêu cầu doanh nghiệp phải chủ động rà soát quy trình quản lý thuế để bảo đảm việc thực hiện đúng quy định. Dưới đây là một số nội dung doanh nghiệp nên ưu tiên thực hiện.
(1) Cập nhật kịp thời các quy định mới
Doanh nghiệp cần nghiên cứu đầy đủ nội dung của Luật Quản lý thuế 2025, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC để xác định những quy định ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động của mình. Việc chỉ nắm bắt thông tin qua tiêu đề hoặc các bản tin tóm tắt có thể dẫn đến cách hiểu chưa đầy đủ và phát sinh sai sót trong quá trình thực hiện.
(2) Rà soát quy trình kê khai và quyết toán thuế
Những thay đổi về kỳ khai thuế thu nhập cá nhân, biểu mẫu kê khai và hồ sơ điện tử đòi hỏi doanh nghiệp phải rà soát lại quy trình làm việc của bộ phận kế toán. Đồng thời, cần kiểm tra việc lưu trữ dữ liệu, đối chiếu số liệu và lập hồ sơ nhằm bảo đảm các tờ khai và báo cáo được thực hiện đúng quy định mới.
(3) Kiểm tra phần mềm kế toán và phần mềm hỗ trợ kê khai
Doanh nghiệp nên bảo đảm các phần mềm kế toán, phần mềm hỗ trợ kê khai thuế và hệ thống hóa đơn điện tử đã được cập nhật theo biểu mẫu và quy định mới của Thông tư. Việc sử dụng phần mềm chưa được nâng cấp có thể dẫn đến sai định dạng hồ sơ hoặc sử dụng biểu mẫu đã hết hiệu lực.
(4) Chuẩn hóa hồ sơ điện tử và quy trình lưu trữ dữ liệu
Khi giao dịch điện tử ngày càng được mở rộng, doanh nghiệp cần chú trọng hơn đến việc quản lý hồ dơ điện tử, sử dụng chữ ký số đúng quy định và xây dựng quy trình lưu trữ dữ liệu khoa học. Điều này không chỉ giúp đáp ứng yêu cầu của cơ quan thuế mà còn hỗ trợ doanh nghiệp dễ dàng tra cứu, đối chiếu khi phát sinh thanh tra hoặc kiểm tra thuế.
D. Kết luận
Thông tư 89/2026/TT-BTC là văn bản quan trọng hướng dẫn triển khai Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP, góp phần hoàn thiện cơ sở pháp lý cho hoạt động quản lý thuế trong bối cảnh chuyển đổi số.
Việc nắm bắt đầy đủ các quy định mới sẽ giúp doanh nghiệp thực hiện đúng nghĩa vụ thuế, hạn chế rủi ro trong quá trình kê khai và nâng cao hiệu quả quản trị.
Công ty AGS cảm ơn bạn đã dành thời gian để đọc bài viết này. Hy vọng bạn đã có được những thông tin bổ ích. Hãy tiếp tục theo dõi chúng tôi để cập nhật thêm nhiều thông tin cũng như cơ hội việc làm tại AGS nhé.
Nguồn: https://thuvienphapluat.vn/banan/tin-tuc/diem-moi-thong-tu-89-2026-tt-btc-huong-dan-nghi-dinh-252-2026-nd-cp-va-luat-quan-ly-thue-moi-nhat-2-51498.html
