Bên bán tự ý hủy hóa đơn đã kê khai thuế, xử lý thế nào?

1. Bên bán có được tự ý hủy hóa đơn có sai sót?

Tùy từng trường hợp, nếu hóa đơn chưa gửi cho người mua thì bên bán được hủy và lập hóa đơn mới thay thế, còn hóa đơn đã gửi cho người mua sẽ không được hủy trừ 01 trường hợp ngoại lệ. Cụ thể:
Căn cứ quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 19 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP về xử lý hóa đơn có sai sót thì:

Trường hợp người bán phát hiện hóa đơn đã được cấp mã chưa gửi cho người mua có sai sót thì gửi mẫu 04/SS-HĐĐT về việc hủy hóa đơn điện tử có mã đã lập có sai sót đến cơ quan thuế và lập hóa đơn mới, ký số gửi cơ quan thuế để cấp mã hóa đơn mới thay thế hóa đơn đã lập để gửi cho người mua.
Trường hợp hóa đơn đã gửi cho người mua có sai sót: Sai sót về tên, địa chỉ của người mua nhưng không sai mã số thuế, các nội dung khác thì người bán thông báo cho người mua về việc hóa đơn có sai sót, gửi mẫu 04/SS-HĐĐT cho cơ quan thuế (trừ trường hợp hóa đơn không mã chưa gửi dữ liệu cho cơ quan thuế) và không phải lập lại hóa đơn.
Sai mã số thuế; sai sót về số tiền ghi trên hóa đơn, sai về thuế suất, tiền thuế, hàng hóa ghi trên hóa đơn không đúng quy cách, chất lượng… 02 bên lựa chọn lập hóa đơn điều chỉnh/thay thế hóa đơn có sai sót.

=> Như vậy, về nguyên tắc, hóa đơn khi đã gửi cho người mua bên bán sẽ không được hủy mà chỉ được lập hóa đơn điều chỉnh/thay thế, ngoại trừ 01 trường hợp quy định tại điểm b khoản 1 Điều 7 Thông tư 78/2021/TT-BTC:
[…] b) Trường hợp người bán lập hóa đơn khi thu tiền trước hoặc trong khi cung cấp dịch vụ theo quy định tại Khoản 2 Điều 9 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP sau đó có phát sinh việc hủy hoặc chấm dứt việc cung cấp dịch vụ thì người bán thực hiện hủy hóa đơn điện tử đã lập và thông báo với cơ quan thuế về việc hủy hóa đơn theo Mẫu số 04/SS-HĐĐT tại Phụ lục IA ban hành kèm theo Nghị định số 123/2020/NĐ-CP […]

2. Bên bán tự ý hủy hóa đơn đã kê khai thuế, xử lý thế nào?

Trường hợp bên bán tự ý hủy hóa đơn đã kê khai, hóa đơn này được xem là hóa đơn bất hợp pháp và bên mua sẽ phải giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu chứng minh giao dịch có xảy ra.
Căn cứ quy định tại khoản 2 Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, điểm b khoản 1 Điều 7 Thông tư 78/2021/TT-BTC, mọi hóa đơn điện tử đã gửi cho người mua thì không được hủy ngoại trừ trường hợp hủy/chấm dứt cung cấp dịch vụ đối với dịch vụ thu tiền trước/trong khi cung cấp dịch vụ.
Đồng thời, theo hướng dẫn tại Công văn 1952/CTBDU-TTHT năm 2023, trường hợp bên bán tự hủy mà không thông báo với bên mua/không có thỏa thuận giữa 02 bên thì hóa đơn trên được xem là hóa đơn bất hợp pháp.
⇒ Người mua không được kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng và hạch toán vào chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

Trường hợp 1: Bên bán tự ý hủy hóa đơn đã kê khai thuế, không thông báo cho bên mua, có thể bên mua sẽ phải giải trình về việc sử dụng hóa đơn bất hợp pháp.

Theo đó, bên mua khi có Công văn mời lên làm việc về hóa đơn bất hợp pháp, doanh nghiệp bên mua cần chuẩn bị hồ sơ gồm:

Bản điện tử/Bản in chuyển đổi của hóa đơn điện tử;
Hợp đồng mua bán, đơn đặt hàng…;
Chứng từ thanh toán (tiền mặt/chuyển khoản);
Biên bản giao nhận hàng hóa, Phiếu xuất kho, Biên bản nghiệm thu…;
Sổ chi tiết kho hàng…

Nói chung, doanh nghiệp phải chứng minh được giao dịch là có thật, đúng quy định thì sẽ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn mua hàng đó và tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

Trường hợp 2: Bên bán hủy nhầm hóa đơn, 02 bên lập biên bản thỏa thuận ghi rõ sai sót, sau đó bên bán lập hóa đơn thay thế cho hóa đơn đã bị hủy nhầm. Hóa đơn thay thế phải có dòng chữ:

Thay thế cho hóa đơn Mẫu số... ký hiệu... số... ngày... tháng... năm
Vì đã kê khai thuế nên nếu kê khai bổ sung mà không làm thay đổi nghĩa vụ thuế thì chỉ phải nộp Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu liên quan, không phải nộp Tờ khai bổ sung.
Lưu ý:
Để tránh rắc rối, bên mua nên đăng ký cung cấp thông tin qua email về việc hủy hóa đơn với cơ quan thuế.
Đồng thời, khi ký kết hợp đồng kinh tế, các công ty nên có điều khoản về việc lập văn bản thỏa thuận trước khi hủy/điều chỉnh/thay thế hóa đơn.