Trình tự ưu đãi thuế của doanh nghiệp chế xuất

Doanh nghiệp chế xuất hiện nay đang trở nên khá phổ biến và dần trở thành một mắt xích quan trọng trong việc đóng góp vào nền kinh tế của nước ta. Doanh nghiệp chế xuất có tên tiếng anh là Export Processing Enterprise (viết tắt là EPE). Có thể hiểu đây là những doanh nghiệp hoạt động tại các khu chế xuất chuyên sản xuất các loại hàng hóa nhằm mục đích phục vụ cho việc xuất khẩu hoặc là cung ứng cho những dịch vụ chuyên sản xuất hàng xuất khẩu. Thông thường bên trong hoạt động chế xuất còn bao gồm cả khu kinh tế và khu công nghiệp. Theo quy định của pháp luật Việt Nam, doanh nghiệp chế xuất thuộc trường hợp là địa bàn được hưởng nhiều ưu đãi đầu tư.

Trong bài viết này, AGS xin đưa ra các trường hợp doanh nghiệp chế xuất được hưởng ưu đãi thuế và trình tự mà doanh nghiệp chế xuất được hưởng những ưu đãi nói trên.

Theo quy định tại khoản 1 Điều 15 Luật Đầu tư 2020, về hình thức áp dụng ưu đãi đầu tư như sau:

"Điều 15. Hình thức và đối tượng áp dụng ưu đãi đầu tưHình thức ưu đãi đầu tư bao gồm:

a) Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, bao gồm áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp thấp hơn mức thuế suất thông thường có thời hạn hoặc toàn bộ thời gian thực hiện dự án đầu tư; miễn thuế, giảm thuế và các ưu đãi khác theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp;

b) Miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định; nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

c) Miễn, giảm tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, thuế sử dụng đất;

d) Khấu hao nhanh, tăng mức chi phí được trừ khi tính thu nhập chịu thuế."

=> Như vậy, doanh nghiệp chế xuất sẽ được hưởng ưu đãi đầu tư về các loại thuế.

Căn cứ quy định tại Điều 19 Thông tư 78/2014/TT-BTC (được sửa đổi bởi khoản 1 Điều 11 Thông tư 96/2015/TT-BTC) thì doanh nghiệp chế xuất đáp ứng được điều kiện như trên đề cập sẽ được hưởng thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:

"Điều 11. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:Sửa đổi, bổ sung Khoản 1 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:

Thuế suất ưu đãi 10% trong thời hạn mười lăm năm (15 năm) áp dụng đối với:

a) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại: địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn quy định tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 218/2013/NĐ-CP, Khu kinh tế, Khu công nghệ cao kể cả khu công nghệ thông tin tập trung được thành lập theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ.

Như vậy, trong trường hợp doanh nghiệp chế xuất đầu từ dự án ở nơi có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn thì thời hạn hưởng thuế suất ưu đãi là 15 năm.

Căn cứ quy định tại khoản 20 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC thì doanh nghiệp chế xuất sẽ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, cụ thể như sau:

"Điều 4. Đối tượng không chịu thuế GTGT

...Hàng hóa chuyển khẩu, quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam; hàng tạm nhập khẩu, tái xuất khẩu; hàng tạm xuất khẩu, tái nhập khẩu; nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài.

Hàng hóa, dịch vụ được mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuế quan với nhau.

Khu phi thuế quan bao gồm: khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho bảo thuế, khu bảo thuế, kho ngoại quan, khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại - công nghiệp và các khu vực kinh tế khác được thành lập và được hưởng các ưu đãi về thuế như khu phi thuế quan theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ. Quan hệ mua bán trao đổi hàng hóa giữa các khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.

Hồ sơ, thủ tục để xác định và xử lý không thu thuế GTGT trong các trường hợp này thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu."

Từ quy định trên có thể thấy rằng doanh nghiệp chế xuất sẽ không phải chịu thuế giá trị gia tăng trong trường hợp bán hàng cho doanh nghiệp nước ngoài.

Khoản 3 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP quy định doanh nghiệp chế xuất được hưởng ưu đãi đầu tư và chính sách thuế đối với khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu đầu tư thành lập doanh nghiệp chế xuất được ghi tại các văn bản sau:

• Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;
• Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư điều chỉnh;
• Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất của cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền.

- Sau khi hoàn thành quá trình xây dựng, doanh nghiệp chế xuất phải được cơ quan hải quan có thẩm quyền xác nhận việc đáp ứng các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu trước khi chính thức đi vào hoạt động.

- Trường hợp doanh nghiệp chế xuất không được xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan thì không được hưởng chính sách thuế áp dụng đối với khu phi thuế quan.

- Việc kiểm tra, xác nhận, hoàn thiện điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan của doanh nghiệp chế xuất thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

Căn cứ khoản 1 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP, trình tự, thủ tục thành lập doanh nghiệp chế xuất được quy định như sau:

(1) Trường hợp thành lập doanh nghiệp chế xuất đồng thời với thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư

- Nhà đầu tư nộp bản cam kết về khả năng đáp ứng các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu cùng với hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

- Cơ quan đăng ký đầu tư cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ghi nhận mục tiêu thành lập doanh nghiệp chế xuất tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư khi cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;

(2) Trường hợp thành lập doanh nghiệp chế xuất không đồng thời với thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư

- Nhà đầu tư nộp 01 bộ hồ sơ cho cơ quan đăng ký đầu tư nơi đặt doanh nghiệp chế xuất, hồ sơ gồm:

• Các tài liệu về dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư;
• Bản cam kết về khả năng đáp ứng các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

- Cơ quan đăng ký đầu tư cấp Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất cho nhà đầu tư trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ trên đối với dự án đầu tư không thuộc diện cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư;

(3) Trường hợp dự án đầu tư của nhà đầu tư thuộc diện chấp thuận chủ trương đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư

- Nhà đầu tư nộp bản cam kết về khả năng đáp ứng các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu cùng với hồ sơ đề nghị chấp thuận chủ trương đầu tư dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

- Cơ quan đăng ký đầu tư cấp Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất cho nhà đầu tư trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản chấp thuận chủ trương đầu tư đối với trường hợp dự án đầu tư:

• Không thuộc diện cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;
• Ghi nhận mục tiêu thành lập doanh nghiệp chế xuất tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư khi cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

Nguồn: https://nacilaw.com/trinh-tu-huong-uu-dai-thue-cua-doanh-nghiep-che-xuat/