Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào mới nhất và những điều cần biết

AGS Thùy Trang

25 thg 7, 2025

Việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào là một trong những nghiệp vụ quan trọng đối với các doanh nghiệp, giúp giảm nghĩa vụ thuế phải nộp. Để đảm bảo tuân thủ quy định pháp luật và tối ưu hóa lợi ích, doanh nghiệp cần nắm rõ các nguyên tắc và điều kiện khấu trừ mới nhất. AGS sẽ hướng dẫn chi tiết về các nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào và những hành vi bị nghiêm cấm thông qua bài viết sau đây.

I. Hướng dẫn chi tiết nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Theo quy định tại Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, các nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào được quy định cụ thể như sau:

Khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào:

Đối với hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Bao gồm cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT bị tổn thất, hoặc hàng hóa hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển (nếu có đầy đủ hồ sơ chứng minh và không vượt định mức hao hụt tự nhiên theo quy định).
Đối với hàng hóa, dịch vụ bán cho các tổ chức, cá nhân sử dụng vốn viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại.
Đối với hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí.
Thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan (trừ trường hợp bị xử phạt về gian lận, trốn thuế).
Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa (kể cả tự sản xuất) mà cơ sở kinh doanh dùng để cho, biếu, tặng, khuyến mại, quảng cáo.

Khấu trừ theo tỷ lệ:

Trường hợp hàng hóa, dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ phần thuế GTGT đầu vào tương ứng với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế. Doanh nghiệp phải hạch toán riêng. Nếu không hạch toán riêng được, số thuế được khấu trừ sẽ tính theo tỷ lệ phần trăm giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu bán ra trong kỳ tính thuế.
Đối với dự án đầu tư vừa đầu tư vào sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT, vừa đầu tư vào hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT, thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ doanh thu chịu thuế GTGT. Số thuế tạm khấu trừ này sẽ được điều chỉnh trong 03 năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.

Thời điểm kê khai và khấu trừ:

Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng, quý nào được kê khai, khấu trừ vào tháng, quý đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho. Số thuế chưa khấu trừ hết được chuyển sang kỳ tiếp theo.

II. Xử lý sai sót trong kê khai:

Nếu phát hiện sai sót trong việc kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp được khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra/thanh tra. Tùy theo trường hợp làm tăng số thuế phải nộp/giảm số thuế được hoàn hay ngược lại, doanh nghiệp sẽ có cách thức khai bổ sung khác nhau (vào tháng/quý phát sinh sai sót hoặc vào tháng/quý phát hiện sai sót).
Quy định đặc thù:

Khi chuyển đổi phương pháp nộp thuế (từ trực tiếp sang khấu trừ hoặc ngược lại), có những quy định riêng về việc khấu trừ hoặc tính vào chi phí/nguyên giá tài sản cố định đối với thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết.
Đối với hàng hóa, dịch vụ chuyển từ đối tượng không chịu thuế GTGT sang chịu thuế GTGT, chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào phát sinh từ ngày 01/7/2025.

III. Các trường hợp không được khấu trừ thuế và các hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT

1. Các trường hợp không được khấu trừ:

Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất quốc phòng, an ninh.
Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị của một số tổ chức đặc thù (tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, chứng khoán, cơ sở khám chữa bệnh, đào tạo).
Thuế GTGT đầu vào của máy bay, trực thăng, tàu lượn dân dụng, du thuyền không dùng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, du lịch, khách sạn.
Thuế GTGT đầu vào của văn phòng Tổng công ty, tập đoàn không trực tiếp kinh doanh và các đơn vị hành chính sự nghiệp trực thuộc (trừ khi có hoạt động kinh doanh chịu thuế GTGT và kê khai riêng).
Các trường hợp không đáp ứng quy định về khấu trừ thuế và hóa đơn, chứng từ được lập từ các hành vi bị nghiêm cấm.
Đối với số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, doanh nghiệp có thể tính vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) hoặc tính vào nguyên giá tài sản cố định, trừ các trường hợp không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho các giao dịch từ 05 triệu đồng trở lên.

2. Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp cần đáp ứng các điều kiện cụ thể. Bạn có thể tham khảo chi tiết các điều kiện này trong văn bản pháp luật hiện hành.

3. Các hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT

Theo Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, các hành vi sau đây bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT:
Mua, cho, bán, tổ chức quảng cáo, môi giới mua, bán hóa đơn.
Tạo lập giao dịch mua, bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ không có thật hoặc giao dịch không đúng quy định của pháp luật.
Lập hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trong thời gian tạm ngừng hoạt động kinh doanh (trừ trường hợp đã ký hợp đồng trước ngày tạm ngừng).
Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ.
Không chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử về cơ quan thuế theo quy định.
Làm sai lệch, sử dụng sai mục đích, truy cập trái phép, phá hủy hệ thống thông tin về hóa đơn, chứng từ.
Đưa, nhận, môi giới hối lộ hoặc các hành vi khác liên quan đến hóa đơn, chứng từ nhằm được khấu trừ, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế GTGT.
Thông đồng, bao che; móc nối giữa công chức quản lý thuế, cơ quan quản lý thuế và cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu trong việc sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ nhằm được khấu trừ, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế GTGT.