Xuất hóa đơn đối với Nhà thầu liên danh như thế nào?

AGS THU NGAN ACC

30 thg 7, 2025

Công ty Kế toán AGS Việt Nam hoạt động trong lĩnh vực tư vấn và cung cấp dịch vụ Kế toán, Kiểm toán, Thuế, Tư vấn quản lý, chuyển đổi và tái cơ cấu doanh nghiệp.

Trong bài viết này, Công ty AGS sẽ chia sẻ về chủ đề "Xuất hóa đơn đối với nhà thầu liên danh như thế nào?" Bài viết dành cho các kế toán viên đang phụ trách về phần lập hóa đơn, kê khai thuế và hạch toán các giao dịch liên quan đến hợp đồng nhà thầu, đặc biệt là trong các dự án có nhiều bên liên danh cùng tham gia. AGS muốn chia sẻ về chủ đề này bởi vì đây là một tình huống khá phổ biến trong các dự án xây dựng, tư vấn hoặc cung cấp dịch vụ công, nhưng lại dễ gây nhầm lẫn trong việc xác định đơn vị nào có trách nhiệm xuất hóa đơn, cách ghi nhận doanh thu và phân chia nghĩa vụ thuế phù hợp. Việc hiểu rõ quy định và thực hành đúng sẽ giúp doanh nghiệp tránh sai sót khi kê khai thuế và đảm bảo tuân thủ pháp luật. Cùng tìm hiểu kĩ hơn về chủ đề này qua bài viết dưới đây nhé.

I. Xuất hóa đơn đối với Nhà thầu liên danh như thế nào?

Căn cứ theo Công văn 1994/CT-CS năm 2025 có hướng dẫn như sau:

"Cục Thuế nhận được văn bản số 333/2025/CV-ETC ngày 07/05/2025 của Công ty Cổ phần Hệ thống Công nghệ ETC về việc hóa đơn, kê khai, nộp thuế. Về vấn đề này, Cục Thuế có ý kiến như sau:
Căn cứ Điều 5, Điều 17 của Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 (đã được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1, khoản 4 Điều 6 Luật số 56/2024/QH15 ngày 29/11/2024) quy định về nguyên tắc quản lý thuế, trách nhiệm của người nộp thuế.
Căn cứ khoản 1 Điều 4 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ (đã được sửa đổi, bổ sung tại điểm a khoản 3 Điều 1 Nghị định số 70/2025/NĐ-CP ngày 20/3/2025) quy định về nguyên tắc lập, quản lý, sử dụng hóa đơn, chứng từ thì khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán phải lập hóa đơn để giao cho người mua.
Căn cứ các quy định trên, trường hợp các tổ chức thỏa thuận hợp thành Nhà thầu liên danh và quy định rõ trách nhiệm của từng thành viên trong Liên danh với chủ đầu tư trong trường hợp được chọn thầu; trong đó phân công 01 thành viên chịu trách nhiệm lập hóa đơn cho chủ đầu tư và trong Hợp đồng ký kết giữa chủ đầu tư và thành viên đứng đầu Liên danh có quy định trách nhiệm xuất hóa đơn cho Chủ đầu tư khi Liên danh thực hiện gói thầu nêu trên thì thành viên được phân công thực hiện lập hóa đơn cho Chủ đầu tư theo toàn bộ giá trị hợp đồng của Liên danh (bao gồm cả phần của các thành viên còn lại trong Liên danh) và thực hiện kê khai, nộp thuế theo quy định."

Như vậy, việc xuất hóa đơn đối với Nhà thầu liên danh được hướng dẫn như sau:

Trường hợp các tổ chức thỏa thuận hợp thành Nhà thầu liên danh và quy định rõ trách nhiệm của từng thành viên trong Liên danh với chủ đầu tư trong trường hợp được chọn thầu. Trong đó phân công 01 thành viên chịu trách nhiệm lập hóa đơn cho chủ đầu tư và trong Hợp đồng ký kết giữa chủ đầu tư.

Thành viên đứng đầu Liên danh có quy định trách nhiệm xuất hóa đơn cho Chủ đầu tư khi Liên danh thực hiện gói thầu nêu trên thì thành viên được phân công thực hiện lập hóa đơn cho Chủ đầu tư theo toàn bộ giá trị hợp đồng của Liên danh (bao gồm cả phần của các thành viên còn lại trong Liên danh).

1. Nhận diện vấn đề: Vì sao “ai xuất hóa đơn” lại gây tranh luận trong liên danh?

Luật Đấu thầu quy định về cơ cấu, trách nhiệm nội bộ và việc ký kết hợp đồng của liên danh, nhưng không quy định chi tiết kỹ thuật về thuế, hóa đơn (do đó việc xuất hóa đơn thuộc phạm vi pháp luật thuế và hướng dẫn của cơ quan thuế). Khi một thành viên đứng đầu Liên danh ký hợp đồng và thực hiện nghĩa vụ hợp đồng thì về mặt thực tiễn kế toán-thuế, câu hỏi đặt ra là: Thành viên đứng đầu có thể xuất hóa đơn theo toàn bộ giá trị hợp đồng hay không?

Phần doanh thu/chi phí của các thành viên còn lại xử lý như thế nào trong sổ sách?

Đây là điểm giao thoa giữa Luật Đấu thầu (về trách nhiệm và cấu trúc liên danh) và quy định về lập, quản lý hóa đơn, kê khai thuế. Luật đấu thầu chỉ tạo cơ sở pháp lý cho việc phân công trách nhiệm (ví dụ: giao trách nhiệm cho thành viên đứng đầu), phần xuất hóa đơn cần căn cứ thêm vào hướng dẫn của cơ quan thuế.

2. Hướng dẫn thực tiễn

Căn cứ theo Công văn hướng dẫn của cơ quan thuế, nếu trong thỏa thuận liên danh và hợp đồng ký với Chủ đầu tư có quy định rõ rằng một thành viên (thường là thành viên đứng đầu) được phân công lập hóa đơn cho Chủ đầu tư, thì thành viên được phân công có thể lập hóa đơn cho toàn bộ giá trị hợp đồng của liên danh (bao gồm phần thuộc các thành viên khác) và thực hiện kê khai, nộp thuế theo quy định. Đây là cách làm đã được giải thích trong các công văn hướng dẫn về hóa đơn.

*Các điều kiện thực tiễn phải thỏa mãn:

Phải có thỏa thuận liên danh bằng văn bản - quy định rõ thành viên đứng đầu, phân công xuất hóa đơn và phân chia khối lượng/giá trị. (Luật Đấu thầu yêu cầu thỏa thuận ghi rõ trách nhiệm).
Trong hợp đồng với Chủ đầu tư phải có điều khoản chỉ rõ: thành viên đứng đầu chịu trách nhiệm xuất hóa đơn cho Chủ đầu tư (như hợp đồng trúng thầu do thành viên đứng đầu ký).
Hồ sơ nội bộ phải đầy đủ: biên bản nghiệm thu, bảng phân chia khối lượng/giá trị từng thành viên, chứng từ thanh toán nội bộ hoặc hóa đơn giữa thành viên đứng đầu và các thành viên còn lại (nếu có). Nếu không có hồ sơ này, cơ quan thuế có thể bác chi phí hoặc ấn định lại doanh thu/thuế.

3. Cách hạch toán thực tế

Trường hợp: Thành viên đứng đầu xuất hóa đơn toàn bộ hợp đồng

Thành viên đứng đầu:

👉Xuất HĐ cho Chủ đầu tư theo toàn bộ giá trị hợp đồng; ghi nhận doanh thu theo hoá đơn; kê khai, nộp thuế GTGT, TNDN theo quy định.

👉Ghi nhận nợ phải trả (phải trả cho các thành viên liên danh) theo thỏa thuận phân chia (tỷ lệ khối lượng hoặc giá trị).

👉Thanh toán cho các thành viên còn lại theo chứng từ, hóa đơn nội bộ/giấy tờ đã thỏa thuận.

Thành viên còn lại:

Xuất hóa đơn (hoặc chứng từ theo thỏa thuận) cho thành viên đứng đầu để ghi nhận doanh thu phần việc của mình; hoặc nhận thanh toán và ghi nhận doanh thu theo thỏa thuận.

(Sau cùng, tổng doanh thu các thành viên phải khớp với tổng giá trị hợp đồng đã phát hành hóa đơn cho Chủ đầu tư.)

🌟Lưu ý: Cách tổ chức chứng từ và luồng tiền phải rõ ràng, có thể giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra.

II. Nhà thầu nước ngoài liên danh có thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi trong lựa chọn nhà thầu hay không?

*Căn cứ tại Khoản 26 Điều 4 Luật Đấu thầu năm 2023 (sửa đổi, bổ sung năm 2025) về giải thích nhà thầu liên danh:

“Điều 4. Giải thích từ ngữ

26. Nhà thầu là tổ chức, cá nhân hoặc kết hợp giữa các tổ chức hoặc giữa các cá nhân với nhau theo hình thức liên danh trên cơ sở thỏa thuận liên danh tham dự thầu, đứng tên dự thầu và trực tiếp ký, thực hiện hợp đồng nếu được lựa chọn. Trường hợp liên danh, thỏa thuận liên danh phải quy định rõ trách nhiệm của thành viên đứng đầu liên danh và trách nhiệm chung, trách nhiệm riêng của từng thành viên trong liên danh đối với toàn bộ phạm vi của gói thầu.”

Như vậy, nhà thầu liên danh là nhiều bên cùng đứng tên dự thầu + có thỏa thuận phân công rõ ràng + cùng ký/ thực hiện hợp đồng, trong đó luôn phải xác định một thành viên đứng đầu và trách nhiệm của từng thành viên đối với toàn bộ gói thầu.

*Căn cứ tại Điều 10 Luật Đấu thầu năm 2023 (sửa đổi, bổ sung năm 2025) quy định về ưu đãi trong lựa chọn nhà thầu, nhà đầu tư như sau:

"Điều 10. Ưu đãi trong lựa chọn nhà thầu, nhà đầu tư

a) Hàng hóa có xuất xứ Việt Nam;

b) Sản phẩm, dịch vụ thân thiện môi trường theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường;

c) Nhà thầu trong nước sản xuất hàng hóa có xuất xứ Việt Nam phù hợp với hồ sơ mời thầu;

d) Nhà thầu nước ngoài liên danh với nhà thầu trong nước mà nhà thầu trong nước đảm nhận từ 25% trở lên giá trị công việc của gói thầu;

đ) Nhà thầu trong nước tham dự thầu với tư cách độc lập hoặc liên danh với nhà thầu trong nước khác khi tham dự đấu thầu quốc tế;

e) Nhà thầu là doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp nhỏ theo quy định của pháp luật về hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa;

g) Nhà thầu là: cá nhân, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, tổ chức hỗ trợ khởi nghiệp sáng tạo được cơ quan có thẩm quyền công nhận; trung tâm đổi mới sáng tạo; doanh nghiệp khoa học và công nghệ; tổ chức khoa học và công nghệ; trung tâm nghiên cứu và phát triển; tổ chức, doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận là doanh nghiệp công nghệ cao, cơ sở ươm tạo công nghệ cao, ươm tạo doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư sản xuất sản phẩm công nghệ cao theo quy định của pháp luật về khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo, pháp luật về công nghệ cao và pháp luật khác có liên quan;

h) Nhà thầu có sử dụng lao động nữ, thương binh, người khuyết tật hoặc người dân tộc thiểu số;

i) Sản phẩm công nghệ cao thuộc Danh mục sản phẩm công nghệ cao được khuyến khích phát triển được sản xuất bởi doanh nghiệp công nghệ cao hoặc doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư sản xuất sản phẩm công nghệ cao được công nhận theo pháp luật về công nghệ cao; sản phẩm, hàng hóa từ kết quả của nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo đặc biệt, sản phẩm, hàng hóa từ kết quả của nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo trong nước theo quy định của pháp luật về khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; sản phẩm, dịch vụ công nghệ số đáp ứng quy định của Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ..

[...]"

📌Như vậy, nhà thầu nước ngoài liên danh với nhà thầu trong nước mà nhà thầu trong nước đảm nhận từ 25% trở lên giá trị công việc của gói thầu thì thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi trong lựa chọn nhà thầu.

1. Hồ sơ cần lưu và thời hạn lưu trữ

Luật Đấu thầu và thực tiễn kiểm toán/thuế yêu cầu lưu trữ hồ sơ lựa chọn nhà thầu, hợp đồng và hồ sơ nghiệm thu — toàn bộ hồ sơ liên quan đến quá trình lựa chọn nhà thầu, nhà đầu tư được lưu trữ tối thiểu 05 năm kể từ ngày quyết toán hợp đồng hoặc ngày chấm dứt hợp đồng (trừ một số hồ sơ đặc thù). Điều này cho thấy yêu cầu tính toàn vẹn, khả năng truy xuất hồ sơ khi cơ quan thuế/kiểm toán yêu cầu.

Hồ sơ tối thiểu nên có:

Thỏa thuận liên danh;
Hợp đồng với Chủ đầu tư;
Phụ lục phân chia khối lượng/giá trị;
Biên bản nghiệm thu từng phần, hóa đơn (xuất cho Chủ đầu tư và hóa đơn nội bộ/giữa các thành viên nếu có);
Chứng từ thanh toán, sao kê ngân hàng.

2. Thông tin về lựa chọn nhà thầu gồm những gì?

Theo quy định khoản 1 Điều 7 Luật Đấu thầu 2023, thông tin về lựa chọn nhà thầu gồm có:

- Thông tin về dự án, kế hoạch lựa chọn nhà thầu;

- Thông báo mời quan tâm, thông báo mời sơ tuyển;

- Thông báo mời thầu;

- Danh sách ngắn;

- Hồ sơ mời quan tâm, hồ sơ mời sơ tuyển, hồ sơ mời thầu và các nội dung sửa đổi, làm rõ hồ sơ (nếu có);

- Kết quả mở thầu đối với đấu thầu qua mạng;

- Kết quả lựa chọn nhà thầu;

- Thông tin chủ yếu của hợp đồng;

- Thông tin xử lý vi phạm pháp luật về đấu thầu;

- Thông tin về kết quả thực hiện hợp đồng của nhà thầu;

- Thông tin khác có liên quan.

III. Những rủi ro thường gặp và khuyến nghị phòng ngừa

❗Không có thỏa thuận liên danh rõ ràng → rủi ro cao khi giải trình doanh thu/chi phí. → Khuyến nghị: soạn thỏa thuận chi tiết, có chữ ký/đóng dấu của tất cả thành viên.

❗Thành viên khác cũng xuất hóa đơn cho cùng gói thầu → trùng doanh thu và tranh chấp nội bộ. → Khuyến nghị: quy định duy nhất bên xuất hóa đơn trong thỏa thuận/hợp đồng.

❗Thiếu biên bản nghiệm thu phân chia khối lượng → khó chứng minh doanh thu phần việc. → Khuyến nghị: biên bản nghiệm thu phải ghi rõ phần việc, giá trị tương ứng từng thành viên.

Công ty AGS cảm ơn bạn đã dành thời gian để đọc bài viết này. Hy vọng bạn đã có được những thông tin bổ ích. Hãy tiếp tục theo dõi chúng tôi để cập nhật thêm nhiều thông tin cũng như cơ hội việc làm tại AGS nhé.