Xuất nhập khẩu càng nhiều, rủi ro thuế càng lớn?

Nặc danh

24 thg 1, 2026

Trong nhiều doanh nghiệp, xuất nhập khẩu thường được xem là hoạt động tạo doanh thu và mở rộng thị trường. Tuy nhiên, trên thực tế, số lượng giao dịch xuất nhập khẩu càng lớn thì mức độ rủi ro thuế và hải quan cũng tăng theo, không chỉ về giá trị mà còn về tính phức tạp. Câu hỏi đặt ra là: rủi ro này xuất phát từ bản chất hoạt động xuất nhập khẩu hay từ cách doanh nghiệp đang quản lý thuế và hải quan?

1. Vì sao xuất nhập khẩu làm gia tăng rủi ro thuế?

Trước hết, mỗi giao dịch xuất nhập khẩu đều gắn liền với nhiều nghĩa vụ thuế khác nhau như thuế nhập khẩu, thuế GTGT hàng nhập khẩu, thuế xuất khẩu (nếu có) và các chính sách ưu đãi thuế theo xuất xứ. Khi khối lượng giao dịch tăng lên, khả năng phát sinh sai sót trong khai báo mã HS, thuế suất, trị giá tính thuế hoặc xuất xứ hàng hóa cũng tăng theo. Những sai sót này có thể không được phát hiện ngay tại thời điểm thông quan, nhưng lại trở thành rủi ro lớn khi bị kiểm tra sau thông quan hoặc thanh tra thuế.

Bên cạnh đó, hoạt động xuất nhập khẩu thường kéo theo các khoản chi phí phát sinh phức tạp như phí vận chuyển, phí bảo hiểm, phí bản quyền, phí khuôn mẫu, hoa hồng mua hàng hoặc các khoản thanh toán gián tiếp cho đối tác nước ngoài. Nếu các khoản chi phí này không được đánh giá đầy đủ về nghĩa vụ thuế và không được phản ánh nhất quán giữa hồ sơ hải quan và sổ sách kế toán, doanh nghiệp có thể đối mặt với việc bị điều chỉnh tăng trị giá tính thuế và truy thu thuế trong nhiều năm.

2. Rủi ro không nằm ở giao dịch, mà ở hệ thống quản lý

Thực tiễn cho thấy, nhiều doanh nghiệp có quy mô xuất nhập khẩu lớn nhưng vẫn kiểm soát tốt rủi ro thuế, trong khi một số doanh nghiệp quy mô nhỏ lại thường xuyên bị truy thu và xử phạt. Điều này cho thấy rủi ro không đến từ số lượng giao dịch, mà đến từ hệ thống quản lý thuế và hải quan.

Một vấn đề phổ biến là sự thiếu liên kết giữa bộ phận xuất nhập khẩu và bộ phận kế toán. Thông tin được khai báo trên tờ khai hải quan không được đối chiếu đầy đủ với hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán và sổ kế toán. Khi cơ quan hải quan hoặc kiểm toán yêu cầu giải trình, doanh nghiệp gặp khó khăn trong việc chứng minh tính nhất quán và hợp lý của số liệu, dẫn đến rủi ro bị ấn định lại nghĩa vụ thuế.

3. Kiểm tra sau thông quan – Rủi ro “trễ nhưng nặng”

Một đặc điểm khiến rủi ro thuế trong xuất nhập khẩu trở nên nghiêm trọng là thời điểm phát sinh rủi ro thường cách xa thời điểm giao dịch. Kiểm tra sau thông quan có thể được thực hiện trong vòng 5 năm, khi nhân sự đã thay đổi, hồ sơ thất lạc hoặc quy trình nội bộ không còn được duy trì như trước. Khi đó, doanh nghiệp không chỉ đối mặt với số thuế bị truy thu mà còn chịu phạt vi phạm hành chính và tiền chậm nộp, làm gia tăng đáng kể chi phí tài chính.

Trong nhiều trường hợp, doanh nghiệp không cố ý vi phạm mà chỉ thiếu hệ thống kiểm soát nội bộ đủ mạnh để theo kịp sự gia tăng của hoạt động xuất nhập khẩu.

4. Góc nhìn kế toán – kiểm toán

Từ góc độ kế toán và kiểm toán, xuất nhập khẩu càng nhiều thì khả năng tồn tại nghĩa vụ thuế tiềm tàng càng cao nếu doanh nghiệp không kiểm soát tốt. Các sai sót trong việc ghi nhận thuế nhập khẩu, thuế GTGT hàng nhập khẩu hoặc phân bổ chi phí không đúng kỳ có thể làm sai lệch giá vốn và kết quả kinh doanh. Đối với kiểm toán viên, đây là khu vực rủi ro trọng yếu cần được đánh giá kỹ lưỡng, đặc biệt trong bối cảnh cơ quan thuế và hải quan ngày càng tăng cường thanh tra dựa trên dữ liệu.

5. Doanh nghiệp cần làm gì khi quy mô xuất nhập khẩu tăng?

Khi hoạt động xuất nhập khẩu mở rộng, doanh nghiệp cần thay đổi cách tiếp cận từ “xử lý giao dịch” sang “quản trị rủi ro”. Điều này bao gồm việc chuẩn hóa quy trình khai báo hải quan, thiết lập cơ chế đối chiếu thường xuyên giữa hồ sơ hải quan và sổ kế toán, lưu trữ đầy đủ chứng từ theo từng lô hàng và chủ động rà soát các rủi ro thuế tiềm ẩn. Quan trọng hơn, doanh nghiệp cần xem thuế và hải quan là một phần của hệ thống kiểm soát nội bộ, chứ không phải chỉ là công việc hành chính.

6. Kết luận

Xuất nhập khẩu càng nhiều không tất yếu dẫn đến rủi ro thuế lớn hơn, nhưng nếu doanh nghiệp không đầu tư tương xứng cho hệ thống quản lý thuế và hải quan, rủi ro sẽ tích lũy theo thời gian và bộc lộ mạnh mẽ khi bị kiểm tra hoặc thanh tra. Trong bối cảnh hiện nay, quản trị rủi ro thuế không chỉ là yêu cầu tuân thủ pháp luật mà còn là yếu tố quyết định sự bền vững của doanh nghiệp xuất nhập khẩu.