17 vấn đề thanh tra thuế thường kiểm tra tại doanh nghiệp | AGS Việt Nam

AGS NGOC

28 thg 1, 2026

Thanh tra và kiểm tra thuế luôn là một trong những vấn đề khiến doanh nghiệp lo ngại, đặc biệt là các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài. Khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, doanh nghiệp phải chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, chứng từ và giải trình nhiều nội dung liên quan đến kế toán – thuế. Chỉ một sai sót nhỏ cũng có thể dẫn đến việc bị truy thu thuế và xử phạt. Trong bài viết này, Công ty Kế toán AGS Việt Nam sẽ chia sẻ những vấn đề thanh tra thuế thường quan tâm tại doanh nghiệp, giúp doanh nghiệp chủ động phòng ngừa rủi ro.

Những vấn đề thanh tra thuế thường quan tâm tại doanh nghiệp |Phần 1|

1. Lỗi hóa đơn mua hàng

Theo hướng dẫn tại Thông tư 39/2014/TT-BTC quy định chi tiết về hóa đơn bán hàng và cung cấp dịch vụ. Bên bán có thể xảy ra những lỗi sau

Bảng kê không có dấu của bên bán (HĐ 0152 – 09/01/13),
Không có thông tin đơn vị bán hàng, mua hàng,
Thiếu Thông tin : Người bán hàng, Người mua hàng, Thủ trưởng đơn vị…

Như vậy, khi nhận hóa đơn, kế toán cần kiểm tra chi tiết các thông tin, tránh bị phạt những lỗi về chứng từ này. Vấn đê này doanh nghiệp cần chú ý.

2. Vay và chi phí lãi vay

Cơ quan thuế sẽ đặc biệt quan tâm đến các khoản vay của doanh nghiệp, cụ thể:

Số lượng tiền vay vốn trên vốn
Vay ngắn hạn hay dài hạn
Khoản vay có phù hợp với tinh hình sản xuất kinh doanh

Khi đó, kế toán cần chuẩn bị đầy đủ thông tin để xử lý các vấn đề này.

3. Thủ tục tăng vốn và cơ cấu vốn

Việc doanh nghiệp xin tăng vốn và thay đổi cơ cấu vốn luôn ảnh hưởng lớn đến hoạt động. Cần chú ý đến:

Thời điểm tăng/ giảm vốn chủ sở hữu
Lý do tăng/ giảm vốn
Hinh thức tăng/ giảm vốn
Khả năng chứng minh vốn chủ sở hữu
Hạch toán hình thức vốn chính xác

Những thông tin này cần chính xác và minh bạch để dễ giải quyết khi bị thanh tra.

4. Góp vốn / đầu tư vào kênh khác

Nghiệp vụ lấy vốn doanh nghiệp góp vốn hoặc đầu tư vào trường hợp khác sẽ phải rất rõ ràng với thuế. Đặc biêt tại thời điểm góp vốn, cần chú ý:

Phân chia lãi lỗ rõ ràng
Tỉ lệ vốn góp được hạch toán cụ thể
Các văn bản chấp thuận góp vốn
Lợi nhuận từ hoạt động đầu tư

Nếu đầu tư chỉ phát sinh lỗ, có thể gây ra xem xét vê hoạt động trốn thuế của doanh nghiệp

5. Chi phí ăn uống, tiếp khách

Chi phí ăn uống, tiếp khách là loại hình chi phí mà cơ quan Thuế nào cũng quan tâm. Chi phí này chỉ hợp lý với các thông tin:

Thông tin nhà hàng, địa điểm thời gian chính xác
Các thông tin trên hóa đơn đầy đủ.

Thông tin trên hóa đơn phải bao gồm:

Tên dịch vụ: Dịch vụ ăn uống
Ghi đầy đủ bảng kê đi kèm với hóa đơn dịch vụ
Hóa đơn phải ghi đầy đủ thông tin mới được tính là phù hợp.

Ngoài ra cần chú ý: Chi phí ăn uống, tiếp khách không được vượt quá 15% tổng chi phí được trừ.

6. Chi phí xăng xe

Chi phí xăng xe phát sinh của doanh nghiệp phải kiểm tra thực sự kỹ :

Có thực sự hợp lý đối với tiêu hao nhiên liệu của 1 xe ô tô (khoảng bao nhiêu lít xăng/ 100 km)?
Có đủ những tài liệu hỗ trợ: Nhật trình xe phục vụ, ghi rõ quãng đường đi đến, chỉ số công tơ mét, tình trạng xe, nhiên liệu…để quản lý chi phí và tránh các rủi ro bị loại thuế GTGT, chi phí được trừ khi Cơ quan thuế thanh kiểm tra.

Với doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ vận tải :

Chi phí xăng xe: Phù hợp với doanh thu của doanh nghiệp ( Tỉ lệ 10 ~ 30 %)
Chi phí phải xem xét và được xác nhận với bên dùng dịch vụ

7. Chi phí cước vận chuyển, đi lại

Chi phí vận chuyển là chi phí phát sinh nhiều cho doanh nghiệp. Chi phí này cũng có thể sinh nhiều vấn đề. Doanh nghiệp cần chuẩn bị kỹ những chi tiết sau:

Hợp đồng vận chuyển: Nếu thuê cố định 1 bên vận tải
Bảng kê cước vận chuyển: Theo hợp đồng, chuyến
Hỗ trợ đi lại cho nhân viên: Chính sách đầy đủ, chứng từ cho nhân viên
Khi cơ quan thuế thanh kiểm tra, nếu không cung cấp được các chứng từ chứng minh các khoản chi phí cước vận chuyển là khoản chi thực tế phát sinh, phục vụ hoạt động SXKD, chứng minh cung đường đi – đến, số lượng hàng hóa vận chuyển…thì các hóa đơn này sẽ bị loại thuế GTGT, truy thu thuế TNDN.
Chi phí phải xem xét và được xác nhận với bên dùng dịch vụ

8. Chi phí lương của chủ sở hữu

Tại tiết d, điểm 2.5, khoản 2, Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính, có hiệu lực từ ngày 02/08/2014, hướng dẫn các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm:

“d) Tiền lương, tiền công của chủ doanh nghiệp tư nhân, chủ công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên (do một cá nhân làm chủ); thù lao trả cho các sáng lập viên, thành viên của hội đồng thành viên, hội đồng quản trị mà những người này không trực tiếp tham gia điều hành sản xuất, kinh doanh.”

Như vậy, với các công ty chủ sở hữu thuộc những điều trên, không được kê khai chi phí. Nếu kê khai, cơ quan Thuế sẽ loại bỏ và tính tiền chậm nộp.

9. Chi phí tiền lương

Chi phí tiền lương là một trong những chi phí ngày càng được chú ý trong thời gian gần đây. Doanh nghiệp cần chú ý những vấn đề sau:

Đảm bảo lao động có hợp đồng
Bảo hiểm xã hội với nhân viên theo đúng luật
Kiểm tra và xác nhận tình hình Thuế TNCN

Với chi phí lương, đặc biệt DN sản xuất, xây dựng, sẽ bị kiểm tra rất kỹ. Doanh nghiệp cần đặc biệt chú ý.

10. Khấu hao tài sản cố định

Tài sản cố định cần được trích khấu thao theo đúng tiêu chuẩn:

Nhất quán mức trích khấu hao hàng tháng, hàng năm
Khung thời gian khấu hao theo quy định
Phương pháp tính khấu hao

Tài sản cố định phải là loại thiết bị, công cụ theo tiêu chuẩn Thông tư số 45/2013/TT-BTC.

11. Phân bổ cung cụ dụng cụ

Kế toán phải hiểu rõ bản chất của tài sản để phân bố cho chính xác (Vật tư Tiêu hao, công cụ, dụng cụ, tài sản cố định)

Điều chuyển từ tài sản cố định sang công cụ dụng cụ
Chi phí phân bổ công cụ, dụng cụ phải đúng theo loại hình chi phí

12. Giá nhập/xuất kho hàng hóa

Hàng hóa nhập vào kho cần thực hiện đúng:

Hạch toán đúng vào tài khoản 156 (Hàng hóa)
Giá nhập kho: Giá mua hàng hoá + Chi phí phát sinh từ hoạt động mua hàng hóa – Các khoản giảm trừ (giảm giá, khuyến mại…)
Kiểm tra kỹ giá vốn hàng bán, giá xuất kho

13. Báo cáo hàng hóa tồn kho

Hàng hóa tồn kho là hàng hóa của doanh nghiệp kinh doanh dựa trên hóa đơn chứng từ mua vào/ bán ra. Hàng hóa tồn kho phải thực sự chú ý:

Không để tình trạng “âm kho” ( Hóa đơn bán ra có trước hóa đơn đầu vào) -> Xuất hóa đơn đúng ngày
Kho hàng phải hợp lý với tình trạng kinh doanh
Với một số loại hình kinh doanh tiêu hao: Tỉ lệ xuất kho/ hủy trên số lượng mua vào phải hợp lý

14. Tỷ lệ giá vốn hàng bán trên doanh thu

Tỷ lệ giá vốn hàng bán phải hợp lý với tình hình kinh doanh.

Với doanh nghiệp thương mại, tỉ lệ này chiếm tối đa 80%
Các loại hình khác, tỉ lệ sẽ thấp hơn
Phải ghi nhận chuẩn giá hàng hóa nhập kho (Nếu tăng hoặc giảm sẽ ảnh hưởng đến tỉ lệ này)

Trong trường hợp: Giá vốn hàng bán của đơn vị lớn hơn hoặc bằng doanh thu. Khi cơ quan thuế kiểm tra, thanh quyết toán có thể ấn định giá trên cơ sở giá giao dịch thông thường trên thị trường. Ngoài ra, đối với các doanh nghiệp có doanh thu lớn, giá vốn hàng bán chiếm tỷ lệ cao, lỗ kéo dài… cơ quan thuế thường nghi ngờ doanh nghiệp có hành vi gian lận thuế, trốn thuế và có thể bị xử phạt truy thu 1 – 3 lần ( Điều 107, 108 Luật Quản lý thuế).

15. Phân bổ chi phí hội nghị khách hàng

Cần chú ý chuẩn bị đầy đủ hồ sơ cho những chi phí này, bao gồm

Kế hoạch thực hiện hội nghị khách hàng
Hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán (nêu rõ kinh phí, địa điểm, thời gian thực hiện)
Danh sách khách mời, thông tin của khách mời.
Các hình ảnh, video…chứng minh.

Khi có đủ các giấy tờ chứng minh, cơ quan Thuế mới chấp nhận cho các chi phí này là chi phí được khấu trừ.

16. Các nghiệp vụ dư có tài khoản 131

Có những vấn đề có thể phát sinh với tài khoản 131 trong trường hợp này:

Phải thu khách hàng với số tiên lớn
Khách hàng ứng trước tiền mua hàng
Ký quỹ với việc phân phối
Số dư tài khoản kéo dài

Với các nghiệp vụ này, sẽ phải kiểm tra lại việc cung cấp hợp đồng, chứng từ thu, chi tiền, giải trình do có khả năng trốn doanh thu.

17. Phân bổ chi phí hàng khuyến mãi/ cho / tặng

Hàng khuyến mãi/ cho / tặng với doanh nghiệp phân phối/ thương mại là một trong những mặt hàng sẽ rất được chú ý. Do đó cần lưu ý chuẩn bị đầy đủ hồ sơ:

Hồ sơ xin khuyến mại lên Sở công thương
Chương trình khuyến mại thực tế
Bằng chứng hình ảnh (nhập vào, xuất ra)
Chứng từ hóa đơn liên quan

Kết luận

Qua những nội dung trên, có thể thấy cơ quan thuế ngày càng kiểm tra chặt chẽ và đi sâu vào bản chất hoạt động của doanh nghiệp. Việc nắm rõ các vấn đề thanh tra thuế thường quan tâm và chuẩn bị hồ sơ kế toán, chứng từ đầy đủ, minh bạch sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro và tránh các khoản phạt không đáng có. AGS Việt Nam khuyến nghị doanh nghiệp nên rà soát định kỳ công tác kế toán – thuế và chủ động tham vấn chuyên gia để đảm bảo tuân thủ đúng quy định pháp luật.