Kê khai thuế TNDN cho thương mại điện tử toàn cầu – Bài toán mới của doanh nghiệp số Việt Nam

VCA Yến ACC

22 thg 10, 2025

Khi doanh nghiệp Việt Nam bán hàng ra thế giới hay cung cấp dịch vụ số cho khách hàng quốc tế, câu chuyện thuế không còn dừng lại ở “kê khai bao nhiêu”, mà là “kê khai ở đâu và như thế nào cho đúng luật”. Từ ngày 01/10/2025, Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 chính thức có hiệu lực, mang đến hàng loạt quy định mới về kê khai thuế TNDN cho hoạt động thương mại điện tử xuyên biên giới – và đây chính là điều mọi doanh nghiệp số cần nắm vững.

1. Thương mại điện tử toàn cầu – Cơ hội lớn, thách thức thuế mới

Sự phát triển mạnh mẽ của thương mại điện tử toàn cầu giúp doanh nghiệp Việt Nam dễ dàng tiếp cận khách hàng ở nhiều quốc gia. Từ việc bán hàng qua Shopee Global, Amazon, Alibaba, đến cung cấp dịch vụ số trên TikTok, Facebook, Google, biên giới kinh doanh dần được xóa nhòa.

Tuy nhiên, khi doanh thu phát sinh xuyên quốc gia, nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) trở thành một vấn đề không thể bỏ qua.

Câu hỏi đặt ra là:

Làm sao để kê khai thuế TNDN đúng quy định, minh bạch, mà vẫn tối ưu lợi nhuận trong thời đại kinh doanh số?

2. Cơ sở pháp lý – Luật 67/2025/QH15

Ngày 14/6/2025, Quốc hội thông qua Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15, có hiệu lực từ 01/10/2025.

Luật này thay đổi đáng kể trong việc quản lý và kê khai thuế TNDN cho hoạt động thương mại điện tử và kinh doanh xuyên biên giới, cụ thể:

Mở rộng phạm vi áp dụng cho doanh nghiệp nước ngoài có thu nhập từ người dùng Việt Nam.
Đưa khái niệm “cơ sở thường trú kỹ thuật số (Digital Permanent Establishment)” vào luật, cho phép đánh thuế cả các nền tảng không hiện diện vật lý tại Việt Nam.
Yêu cầu doanh nghiệp trong nước có giao dịch quốc tế kê khai, hạch toán và báo cáo thuế minh bạch hơn.

Từ đây, “kê khai thuế TNDN” không còn chỉ là việc nội bộ của kế toán, mà trở thành bài toán chiến lược trong quản trị doanh nghiệp số.

3. Ai phải kê khai thuế TNDN trong thương mại điện tử xuyên biên giới?

3.1 Doanh nghiệp Việt Nam

Khi bán hàng, cung cấp dịch vụ cho khách hàng ở nước ngoài, doanh nghiệp vẫn phải kê khai thuế TNDN tại Việt Nam đối với toàn bộ lợi nhuận.

Nếu đã nộp thuế tại quốc gia khác, doanh nghiệp được khấu trừ số thuế đã nộp theo hiệp định tránh đánh thuế hai lần (DTA).

3.2 Doanh nghiệp nước ngoài

Nếu có doanh thu từ khách hàng Việt Nam (dù không có văn phòng tại Việt Nam), thì theo Luật 67/2025/QH15, họ vẫn phải đăng ký mã số thuế và kê khai thuế TNDN tại Việt Nam.

Ví dụ: Google, Netflix, Amazon Web Services, Meta… đều phải nộp thuế TNDN trên phần thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

4. Cách xác định thu nhập chịu thuế

Theo Luật mới, thu nhập chịu thuế TNDN được tính như sau:

Thu nhập chịu thuế = Doanh thu tính thuế - Chi phí được trừ - Các khoản lỗ kết chuyển

Doanh thu tính thuế: Bao gồm tất cả khoản thu từ:

Bán hàng hóa, dịch vụ, phần mềm, quảng cáo, nội dung số.
Hoa hồng sàn thương mại điện tử hoặc phí giao dịch từ người dùng Việt Nam.

Chi phí được trừ:

Chi phí máy chủ, vận chuyển, logistics, phí nền tảng, quảng cáo.
Phí bản quyền, chi phí phần mềm, nếu có chứng từ thanh toán hợp lệ và hóa đơn điện tử.

Không được trừ nếu:

Thanh toán cho đối tác nước ngoài nhưng không khấu trừ thuế nhà thầu (FCT).
Không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

5. Kê khai và hạch toán thuế TNDN

a) Doanh nghiệp trong nước

Ghi nhận doanh thu và chi phí từ thương mại điện tử xuyên biên giới vào các tài khoản 511, 632, 642, 911 theo Thông tư 133/2016 hoặc 200/2014.
Kê khai tạm tính hàng quý theo mẫu 01A/TNDN, và quyết toán năm bằng mẫu 03/TNDN.
Nếu có thu nhập từ nước ngoài, kê khai thêm mẫu 03-3/TNDN để khấu trừ thuế.

b) Doanh nghiệp nước ngoài

Đăng ký mã số thuế và kê khai điện tử qua Cổng thông tin Tổng cục Thuế.
Nếu không kê khai, nền tảng hoặc ngân hàng thanh toán sẽ khấu trừ và nộp thay.
Thuế TNDN có thể tính theo tỷ lệ phần trăm doanh thu (thường 5% với dịch vụ số).

6. Lưu ý khi làm kế toán và kê khai

Theo dõi riêng doanh thu và chi phí từ thương mại điện tử xuyên biên giới.

Đảm bảo chứng từ hợp lệ: hóa đơn điện tử, hợp đồng dịch vụ, chứng từ thanh toán quốc tế.

Đối chiếu doanh thu thực tế với nền tảng (Shopee, Amazon, TikTok Shop, v.v.) để tránh sai lệch.

Kiểm tra nghĩa vụ thuế nhà thầu khi thanh toán cho tổ chức nước ngoài.

Lưu trữ dữ liệu điện tử tối thiểu 10 năm, phục vụ kiểm tra sau này.

Kê khai thuế TNDN cho thương mại điện tử toàn cầu là bài toán mới của doanh nghiệp số Việt Nam trong thời kỳ hội nhập. Luật 67/2025/QH15 không chỉ siết chặt quản lý mà còn thúc đẩy doanh nghiệp hướng tới minh bạch, chuyên nghiệp và hội nhập quốc tế. Doanh nghiệp cần hiểu rõ quy định, chuẩn hóa hệ thống kế toán và phối hợp chặt chẽ với cơ quan thuế – đó chính là chìa khóa giúp bạn kinh doanh toàn cầu mà vẫn tuân thủ đầy đủ nghĩa vụ thuế tại Việt Nam.

Công ty AGS cảm ơn bạn đã dành thời gian để đọc bài viết này. Hy vọng bạn đã có được những thông tin bổ ích. Hãy tiếp tục theo dõi chúng tôi để cập nhật thêm nhiều thông tin cũng như cơ hội việc làm tại AGS nhé.