Doanh nghiệp chế xuất có được hoàn thuế GTGT? – Quy định và các trường hợp ngoại lệ

HCM Giao ACC

24 thg 1, 2026

Doanh nghiệp chế xuất (EPE – Export Processing Enterprise) là doanh nghiệp hoạt động trong khu phi thuế quan và chịu cơ chế quản lý thuế riêng biệt. Đối với thuế giá trị gia tăng (GTGT), quy định hiện hành xác định rõ các trường hợp thuộc đối tượng không chịu thuế, áp dụng thuế suất 0%, và các trường hợp phát sinh quyền hoàn thuế. Việc hiểu đúng từng nhóm giúp xác định liệu doanh nghiệp chế xuất có thuộc diện hoàn thuế GTGT hay không.

1. Vị trí pháp lý của doanh nghiệp chế xuất trong chính sách thuế GTGT

Theo Luật Thuế GTGT và Thông tư 219/2013/TT-BTC, doanh nghiệp chế xuất được xem là khu phi thuế quan. Hàng hóa và dịch vụ trao đổi giữa doanh nghiệp nội địa với EPE được coi là quan hệ xuất khẩu – nhập khẩu, trừ các trường hợp cung ứng dịch vụ tiêu dùng trong nội địa.
Từ đặc điểm này, phần lớn hoạt động của doanh nghiệp chế xuất không phát sinh thuế GTGT đầu vào và không có thuế GTGT đầu ra, dẫn đến việc không hình thành số thuế âm để đề nghị hoàn theo cơ chế thông thường.

2. Các trường hợp không phát sinh hoàn thuế GTGT

2.1. Giao dịch hàng hóa từ nội địa vào doanh nghiệp chế xuất
Hàng hóa bán từ doanh nghiệp nội địa vào doanh nghiệp chế xuất đáp ứng đủ điều kiện được áp dụng thuế suất 0%. Thuế GTGT không phát sinh ở cả người mua lẫn người bán (nếu hồ sơ xuất khẩu đầy đủ), do đó không hình thành khoản thuế đầu vào có thể hoàn.
2.2. Doanh nghiệp chế xuất tiêu dùng hàng hóa, dịch vụ miễn thuế trong khu phi thuế quan
Hoạt động nhập khẩu máy móc, nguyên liệu, vật tư phục vụ sản xuất xuất khẩu theo loại hình miễn thuế được quản lý bằng hồ sơ hải quan, không thuộc diện tính thuế GTGT → không có thuế GTGT đầu vào để hoàn.
2.3. Doanh nghiệp chế xuất sử dụng dịch vụ tiêu dùng trong Việt Nam
Các dịch vụ như vận tải nội địa, logistics, sửa chữa trong nước, điện – nước – viễn thông… chịu thuế GTGT theo mức thuế suất thông thường. Đây là khoản thuế GTGT đầu vào được tính vào chi phí, không phải khoản thuế được hoàn theo cơ chế xuất khẩu vì không liên quan đến hoạt động cung cấp hàng hóa hoặc dịch vụ xuất khẩu.

3. Các trường hợp doanh nghiệp chế xuất có thể được hoàn thuế GTGT

Mặc dù phần lớn hoạt động của EPE không phát sinh hoàn thuế, pháp luật vẫn xác định hai nhóm trường hợp doanh nghiệp chế xuất được hoàn thuế GTGT khi đáp ứng điều kiện theo Luật Thuế GTGT và Thông tư 219.
3.1. Trường hợp doanh nghiệp chế xuất cung cấp dịch vụ xuất khẩu
Một số dịch vụ được coi là dịch vụ xuất khẩu và áp dụng thuế suất 0%, bao gồm:
Dịch vụ cung ứng cho tổ chức nước ngoài và được tiêu dùng ngoài lãnh thổ Việt Nam
Dịch vụ sửa chữa tàu bay, tàu biển cho tổ chức nước ngoài
Các dịch vụ thuộc nhóm xuất khẩu theo quy định tại Điều 9 Thông tư 219/2013/TT-BTC
Khi cung ứng các dịch vụ này, doanh nghiệp chế xuất có thể phát sinh thuế GTGT đầu vào liên quan. Nếu thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ và phát sinh số thuế âm, doanh nghiệp chế xuất thuộc diện hoàn thuế GTGT đối với dịch vụ xuất khẩu.
Điều kiện áp dụng thuế suất 0% bao gồm:
Hợp đồng ký với tổ chức nước ngoài
Chứng từ thanh toán qua ngân hàng
Chứng từ chứng minh dịch vụ được tiêu dùng ngoài Việt Nam
Hóa đơn hợp lệ từ nhà cung cấp
Khi đáp ứng đồng thời các điều kiện trên, doanh nghiệp chế xuất thuộc diện hoàn thuế theo cơ chế hoàn của dịch vụ xuất khẩu.
3.2. Trường hợp doanh nghiệp chế xuất xuất khẩu hàng hóa áp dụng thuế suất 0% và có thuế GTGT đầu vào phát sinh
Hàng hóa do doanh nghiệp chế xuất sản xuất và xuất khẩu theo tờ khai hải quan được áp dụng thuế suất 0%.
Trong một số tình huống, doanh nghiệp chế xuất phát sinh thuế GTGT đầu vào từ các hàng hóa, dịch vụ không thuộc phạm vi miễn thuế (ví dụ: dịch vụ phục vụ hoạt động xuất khẩu nhưng tiêu dùng trong nội địa). Trường hợp thuế GTGT đầu vào đáp ứng điều kiện khấu trừ và số thuế đầu vào lớn hơn thuế GTGT đầu ra của hàng xuất khẩu (thuế suất 0%), doanh nghiệp chế xuất có thể được hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu.
Điều kiện hoàn thuế bao gồm:
Tờ khai hải quan xuất khẩu đã thông quan
Hợp đồng xuất khẩu và chứng từ thanh toán quốc tế
Hóa đơn GTGT đầu vào hợp lệ
Quan hệ giữa hàng hóa xuất khẩu và đầu vào chịu thuế được chứng minh đầy đủ

4. Hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với doanh nghiệp chế xuất

Khi thuộc một trong hai trường hợp được hoàn, doanh nghiệp chế xuất lập hồ sơ hoàn thuế theo quy định, bao gồm:
Giấy đề nghị hoàn thuế GTGT
Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa – dịch vụ mua vào
Hợp đồng xuất khẩu hoặc hợp đồng cung cấp dịch vụ cho tổ chức nước ngoài
Chứng từ thanh toán qua ngân hàng
Tờ khai hải quan xuất khẩu (đối với hàng hóa)
Tài liệu chứng minh dịch vụ được tiêu dùng ngoài Việt Nam (đối với dịch vụ xuất khẩu)
Các tài liệu liên quan khác theo yêu cầu của cơ quan thuế

5. Kết luận

Doanh nghiệp chế xuất không phải là đối tượng thường xuyên phát sinh hoàn thuế GTGT, do đặc thù miễn thuế trong khu phi thuế quan và phần lớn giao dịch không chịu thuế GTGT. Tuy nhiên, pháp luật vẫn ghi nhận hai nhóm trường hợp doanh nghiệp chế xuất có quyền hoàn thuế, gồm:
Cung cấp dịch vụ xuất khẩu 0% phát sinh thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện
Xuất khẩu hàng hóa 0% kèm theo thuế GTGT đầu vào hợp lệ phát sinh từ hoạt động phục vụ xuất khẩu
Việc phân biệt đúng các trường hợp không chịu thuế, chịu thuế và thuế suất 0% là cơ sở để xác định quyền hoàn thuế của doanh nghiệp chế xuất theo quy định hiện hành.