Hướng dẫn công ty quyết toán thuế thu nhập cá nhân cho người lao động

HCM KHOI ACC

22 thg 1, 2026

Quyết toán thuế thu nhập cá nhân (TNCN) cho người lao động là công việc quan trọng mà doanh nghiệp cần thực hiện định kỳ hằng năm, tuy nhiên trên thực tế không ít kế toán vẫn gặp lúng túng trong việc xác định đối tượng quyết toán, hồ sơ cần chuẩn bị và thời hạn nộp theo quy định. Nếu thực hiện sai hoặc thiếu, doanh nghiệp có thể phát sinh rủi ro bị xử phạt và ảnh hưởng đến quyền lợi của người lao động. Trong bài viết này, Công ty AGS sẽ hướng dẫn chi tiết cách doanh nghiệp quyết toán thuế thu nhập cá nhân cho người lao động đúng quy định, dễ hiểu và dễ áp dụng, giúp kế toán chủ động hơn trong quá trình thực hiện.

Hướng dẫn công ty quyết toán thuế thu nhập cá nhân cho người lao động

1. Công ty quyết toán thuế thu nhập cá nhân cho người lao động khi nào?

Căn cứ khoản 6 Điều 8 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, quy định về việc cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công được ủy quyền cho tổ chức trả thu nhập thực hiện quyết toán thuế thu nhập cá nhân thay trong các trường hợp sau:

Cá nhân chỉ có thu nhập từ tiền lương, tiền công theo hợp đồng lao động có thời hạn từ 03 tháng trở lên tại một tổ chức trả thu nhập và thực tế đang làm việc tại tổ chức đó vào thời điểm ủy quyền quyết toán thuế (bao gồm cả trường hợp làm việc không đủ 12 tháng trong năm).

Ví dụ: Trong năm 2025, bà D ký hợp đồng lao động có thời hạn 03 tháng trở lên với hai công ty. Như vậy, bà D không đủ điều kiện ủy quyền quyết toán thuế thu nhập cá nhân cho một trong hai công ty này.

Cá nhân ký hợp đồng lao động từ 03 tháng trở lên tại một tổ chức trả thu nhập và thực tế đang làm việc tại đó tại thời điểm ủy quyền quyết toán thuế (bao gồm cả trường hợp làm việc không đủ 12 tháng trong năm), đồng thời có thu nhập vãng lai tại các nơi khác, bình quân tính theo tháng trong năm không vượt quá 12 triệu đồng, đã được tổ chức trả thu nhập khấu trừ thuế 10% và không có yêu cầu quyết toán thuế với phần thu nhập này.

Ví dụ: Năm 2025, bà C có thu nhập từ tiền lương, tiền công theo hợp đồng dài hạn tại Công ty X, đồng thời có thu nhập vãng lai từ các tổ chức khác là 108 triệu đồng đã bị khấu trừ thuế thu nhập cá nhân 10%.

Thu nhập vãng lai bình quân tháng trong năm 2025 của bà C là 9 triệu đồng/tháng (108 triệu đồng : 12 tháng = 9 triệu đồng/tháng), nhỏ hơn 12 triệu đồng/tháng. Nếu bà C thuộc diện phải quyết toán thuế và không yêu cầu quyết toán thuế đối với khoản vãng lai, bà C được ủy quyền quyết toán thuế năm 2025 cho Công ty X. Lưu ý, Công ty X chỉ tiến hành quyết toán thuế thay cho phần thu nhập do Công ty X trả.

Cá nhân được điều chuyển từ tổ chức cũ sang tổ chức mới trong trường hợp tổ chức cũ thực hiện chia, tách, hợp nhất, sáp nhập hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.

Vào cuối năm, nếu người lao động thực hiện ủy quyền quyết toán thuế, tổ chức mới có trách nhiệm thu lại các chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân do tổ chức cũ cấp (nếu có) nhằm tổng hợp thu nhập, số thuế đã khấu trừ và thực hiện quyết toán thuế thay cho cá nhân đối với cả phần thu nhập do tổ chức cũ chi trả.

2. Hướng dẫn công ty quyết toán thay thuế thu nhập cá nhân cho người lao động

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ khai quyết toán thuế

Tổ chức, cá nhân trả thu nhập lập và hoàn thiện hồ sơ khai quyết toán thuế theo quy định. Thời hạn nộp hồ sơ chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính.

Trường hợp nếu ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai thuế trùng với ngày nghỉ theo quy định thì ngày cuối cùng của thời hạn được tính là ngày làm việc liền kề sau ngày nghỉ đó.

Theo quy định tại Thông tư 80/20221/TT-BTC, doanh nghiệp nộp hồ sơ quyết toán năm thuế thu nhập cá nhân tại Chi cục Thuế quản lý trực tiếp, hồ sơ bao gồm các thành phần sau:

Tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân: Mẫu số 02/QTT-TNCN ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC sửa đổi.
Phụ lục bảng kê chi tiết cá nhân thuộc diện tính thuế theo biểu lũy tiến từng phần: Mẫu số 05-1/BK-QTT-TNCN ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC sửa đổi.
Phụ lục bảng kê chi tiết cá nhân thuộc diện tính theo thuế suất toàn phần: Mẫu số 05-2/BK-QTT-TNCN ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC sửa đổi.
Phụ lục bảng kê chi tiết người phụ thuộc giảm trừ gia cảnh: Mẫu số 05-3/BK-QTT-TNCN ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC sửa đổi.
Giấy ủy quyền quyết toán thuế thu nhập cá nhân: Mẫu số 08/UQ-QTT-TNCN ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC) – áp dụng cho các cá nhân ủy quyền cho doanh nghiệp quyết toán thay.
Giấy ủy quyền thực hiện thủ tục (nếu có): Sử dụng khi người thực hiện không phải là người đại diện theo pháp luật.

Bước 2: Nộp và tiếp nhận hồ sơ tại cơ quan thuế

Nộp trực tiếp hoặc qua đường bưu chính: Cơ quan thuế tiếp nhận và giải quyết hồ sơ theo quy định.
Nộp qua giao dịch điện tử: Việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận, giải quyết hồ sơ và trả kết quả (nếu có) được thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan thuế.

3. Cách xử lý số thuế TNCN nộp thừa/nộp thiếu của NLĐ

a. Trong trường hợp nộp thừa:

Căn cứ khoản 2 Điều 28 Thông tư 111/2013/TT-BTC có quy định hoàn thuế như sau:

2. Đối với cá nhân đã ủy quyền quyết toán thuế cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện quyết toán thay thì việc hoàn thuế của cá nhân được thực hiện thông qua tổ chức, cá nhân trả thu nhập. Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện bù trừ số thuế nộp thừa, nộp thiếu của các cá nhân. Sau khi bù trừ, nếu còn số thuế nộp thừa thì được bù trừ vào kỳ sau hoặc hoàn thuế nếu có đề nghị hoàn trả.

Như vậy, sau khi thực hiện bù trừ số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa hoặc nộp thiếu giữa các cá nhân tại tổ chức trả thu nhập, nếu vẫn còn số thuế TNCN nộp thừa thì số thuế nộp thừa này được bù trừ vào kỳ kê khai thuế tiếp theo hoặc được hoàn trả nếu cá nhân có đề nghị hoàn thuế theo quy định.

b. Trong trường hợp nộp thiếu:

Căn cứ theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 về khai bổ sung hồ sơ khai thuế như sau:

Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.

2. Khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế thì người nộp thuế vẫn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế; cơ quan thuế thực hiện xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này.

Đồng thời, căn cứ theo quy định tại điều 59 Luật quản lý thuế 2019 về xử lý đối với việc chậm nộp tiền:

1. Các trường hợp phải nộp tiền chậm nộp bao gồm:

…

b) Người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm tăng số tiền thuế phải nộp hoặc cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện khai thiếu số tiền thuế phải nộp thì phải nộp tiền chậm nộp đối với số tiền thuế phải nộp tăng thêm kể từ ngày kế tiếp ngày cuối cùng thời hạn nộp thuế của kỳ tính thuế có sai, sót hoặc kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế của tờ khai hải quan ban đầu;

…

2. Mức tính tiền chậm nộp và thời gian tính tiền chậm nộp được quy định như sau:

a) Mức tính tiền chậm nộp bằng 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp;

b) Thời gian tính tiền chậm nộp được tính liên tục kể từ ngày tiếp theo ngày phát sinh tiền chậm nộp quy định tại khoản 1 Điều này đến ngày liền kề trước ngày số tiền nợ thuế, tiền thu hồi hoàn thuế, tiền thuế tăng thêm, tiền thuế ấn định, tiền thuế chậm chuyển đã nộp vào ngân sách nhà nước.

Theo đó, trường hợp doanh nghiệp phát hiện nộp thiếu thuế thu nhập cá nhân của người lao động, doanh nghiệp được thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm, tính từ ngày kết thúc hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế phát sinh sai sót. Tuy nhiên, việc khai bổ sung phải thực hiện trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp.

Trường hợp cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, doanh nghiệp vẫn có quyền khai bổ sung hồ sơ khai thuế nhưng có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế.

Đối với trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai thuế thu nhập cá nhân làm tăng số thuế phải nộp, doanh nghiệp có trách nhiệm nộp số tiền thuế phát sinh bổ sung và nộp tiền chậm nộp với mức 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế nộp chậm.

4. Lưu ý khi công ty quyết toán thay thuế thu nhập cá nhân

a. Thời hạn nộp hồ sơ:

Theo quy định tại khoản 2 Điều 44 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và hướng dẫn tại Công văn số 13762/CTHN-HKDCN ngày 22/3/2023, thời hạn nộp hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN như sau:Thời hạn nộp hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch.

Trường hợp thời hạn nộp trùng với ngày nghỉ theo quy định, thời hạn sẽ là ngày làm việc tiếp theo sau ngày nghỉ theo quy định của Bộ luật Dân sự.

Như vậy, đối với tổ chức trả thu nhập, thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế TNCN năm 2025 trong năm 2026 là ngày 31/3/2026.

b. Lưu trữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ

Căn cứ khoản 1 Điều 41 Luật Kế toán năm 2015 (đang có hiệu lực thi hành), đơn vị kế toán có trách nhiệm lưu giữ chứng từ kế toán trong thời hạn nhất định nhằm phục vụ công tác kiểm tra, thanh tra, đối chiếu cũng như các mục đích pháp lý khác. Thời hạn lưu trữ đối với chứng từ kế toán được quy định cụ thể như sau:

Chứng từ kế toán mang giá trị pháp lý, kinh tế, lịch sử phải được lưu trữ vĩnh viễn.
Đối với chứng từ kế toán sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính, sổ kế toán và báo cáo tài chính năm, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác: Ít nhất 10 năm.
Đối với tài liệu kế toán dùng cho quản lý, điều hành của đơn vị kế toán, gồm cả chứng từ kế toán không sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính: Ít nhất 5 năm.

Như vậy, việc đã hoàn thành nghĩa vụ quyết toán thuế không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp được phép tiêu hủy hoặc ngừng lưu trữ chứng từ. Doanh nghiệp vẫn phải duy trì việc lưu trữ đủ hồ sơ, chứng từ theo đúng thời hạn pháp luật quy định để đảm bảo tuân thủ nghĩa vụ pháp lý.

c. Trường hợp phát hiện sai sót sau khi nộp, kê khai bổ sung giải trình ngay với Cơ quan Thuế

Căn cứ theo khoản 4 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP hướng dẫn người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế có sai sót theo quy định và thực hiện theo mẫu quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Người nộp thuế khai bổ sung như sau:

Trường hợp khai bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế thì chỉ phải nộp Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan, không phải nộp Tờ khai bổ sung.
Trường hợp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế của tháng, quý có sai, sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế năm.
Trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế năm; riêng trường hợp khai bổ sung tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thì đồng thời phải khai bổ sung tờ khai tháng, quý có sai, sót tương ứng.

Người nộp thuế khai bổ sung dẫn đến tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được ngân sách nhà nước hoàn trả thì phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc số tiền thuế đã được hoàn thừa và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).

Trường hợp khai bổ sung chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì phải kê khai vào kỳ tính thuế hiện tại. Người nộp thuế chỉ được khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế tiếp theo và chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

d. Từ 1/7/2025: Số định danh cá nhân sẽ thay thế mã số thuế cá nhân, doanh nghiệp cần chuẩn hóa cho người lao động

Căn cứ theo điểm b khoản 1 và khoản 5 Điều 5 Thông tư 86/2024/TT-BTC quy định về cấu trúc mã số thuế dành cho hộ gia đình, hộ kinh doanh, cá nhân như sau:

b) Mã số thuế dành cho hộ gia đình, hộ kinh doanh, cá nhân là mã số thuế do cơ quan thuế cấp đối với các trường hợp quy định tại điểm a, đ, e, h khoản 4 Điều này; là số định danh cá nhân do Bộ Công an cấp theo quy định của pháp luật về căn cước đối với trường hợp sử dụng số định danh cá nhân thay cho mã số thuế theo quy định tại khoản 5 Điều này.

Đồng thời, căn cứ theo quy định tại khoản 2 Điều 38 Thông tư 86/2024/TT-BTC về hiệu lực thi hành như sau:

2. Mã số thuế do cơ quan thuế cấp cho cá nhân, hộ gia đình, hộ kinh doanh được thực hiện đến hết ngày 30/6/2025. Kể từ ngày 01/7/2025, người nộp thuế, cơ quan quản lý thuế, cơ quan, tổ chức, cá nhân khác có liên quan đến việc sử dụng mã số thuế theo quy định tại Điều 35 Luật Quản lý thuế thực hiện sử dụng số định danh cá nhân thay cho mã số thuế.

Như vậy, từ ngày 01/07/2025, số định danh cá nhân sẽ thay thế hoàn toàn mã số thuế cá nhân. Do đó, doanh nghiệp có trách nhiệm rà soát và chuẩn hóa thông tin số định danh cá nhân cho toàn bộ người lao động để đảm bảo dữ liệu thuế được đồng bộ và tuân thủ quy định, cụ thể:

Thực hiện đối chiếu, cập nhật thông tin số định danh cá nhân cho từng người lao động trong hệ thống quản lý thuế;
Chủ động phối hợp, hướng dẫn người lao động bổ sung, điều chỉnh thông tin khi có thay đổi hoặc chưa đầy đủ;
Đảm bảo tất cả hồ sơ liên quan đến quyết toán thuế thu nhập cá nhân từ 1/7/2025 sử dụng đúng số định danh cá nhân thay cho mã số thuế cũ.

Công ty quyết toán thuế thu nhập cá nhân đúng quy định không chỉ đảm bảo tuân thủ các nghĩa vụ pháp lý mà còn góp phần bảo vệ quyền lợi cho doanh nghiệp và người lao động. Việc thực hiện đầy đủ, chính xác các thủ tục quyết toán sẽ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro bị xử phạt và nâng cao uy tín trên thị trường. Chủ động cập nhật thay đổi pháp luật về thuế là yếu tố quan trọng giúp công ty phát triển bền vững.

Công ty AGS cảm ơn bạn đã dành thời gian theo dõi bài viết. Hy vọng những hướng dẫn trên sẽ giúp doanh nghiệp và kế toán thực hiện quyết toán thuế TNCN cho người lao động một cách thuận lợi và đúng quy định. Đừng quên theo dõi AGS để cập nhật thêm nhiều kiến thức kế toán – thuế hữu ích nhé.