Bị thanh tra thuế đột xuất – Doanh nghiệp cần làm gì trong 24 giờ đầu?

DAD JP THANH

9 thg 2, 2026

Thanh tra thuế không chỉ là một thủ tục hành chính. Đối với nhiều doanh nghiệp, đây có thể trở thành một biến cố tài chính nếu không được chuẩn bị kỹ lưỡng.

Thực tế cho thấy, phần lớn rủi ro không đến từ việc “bị thanh tra”, mà đến từ việc doanh nghiệp thiếu hệ thống kiểm soát nội bộ và không chuẩn bị hồ sơ đầy đủ khi thanh tra thuế diễn ra.

Vậy hậu quả cụ thể là gì? Và doanh nghiệp cần chuẩn bị gì để hạn chế tối đa rủi ro truy thu thuế?

I. HẬU QUẢ KHI DOANH NGHIỆP KHÔNG CHUẨN BỊ TỐT KHI THANH TRA THUẾ

1. Truy thu thuế nhiều năm kèm tiền chậm nộp

Khi cơ quan thuế phát hiện sai sót, doanh nghiệp có thể bị:

Truy thu thuế GTGT
Điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế TNDN
Truy thu thuế TNCN chưa khấu trừ đầy đủ

Ngoài số thuế phải nộp bổ sung, doanh nghiệp còn phải chịu tiền chậm nộp tính theo số ngày phát sinh nghĩa vụ thuế. Nếu sai sót kéo dài nhiều năm, tổng số tiền có thể tăng đáng kể, ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền.

2. Bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế

Doanh nghiệp có thể bị:

Phạt do khai sai dẫn đến thiếu thuế
Phạt do sử dụng hóa đơn không hợp lệ
Phạt do kê khai không đúng quy định

Trong trường hợp vi phạm nghiêm trọng, hồ sơ có thể bị chuyển sang cơ quan điều tra.

3. Ảnh hưởng dòng tiền và kế hoạch tài chính

Một quyết định truy thu thuế lớn có thể:

Làm gián đoạn kế hoạch đầu tư
Ảnh hưởng khả năng thanh toán
Gây áp lực tài chính đột ngột

Đặc biệt đối với doanh nghiệp vừa và nhỏ, rủi ro thanh tra thuế có thể tác động mạnh đến hoạt động kinh doanh.

4. Ảnh hưởng uy tín doanh nghiệp

Kết luận thanh tra thuế có thể:

Ảnh hưởng đánh giá tín nhiệm khi vay vốn
Tác động đến quá trình gọi vốn
Làm giảm niềm tin từ đối tác và cổ đông

5. Gia tăng tần suất kiểm tra trong tương lai

Doanh nghiệp từng có sai phạm có thể bị đưa vào nhóm rủi ro cao, từ đó tăng khả năng bị thanh tra hoặc kiểm tra trong các năm tiếp theo.

II. THANH TRA THUẾ LÀ GÌ? VÌ SAO DOANH NGHIỆP BỊ LỰA CHỌN?

Thanh tra thuế là hoạt động kiểm tra việc tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế trong một giai đoạn nhất định.

Doanh nghiệp có thể bị thanh tra thuế vì:

Nằm trong kế hoạch thanh tra định kỳ
Có dấu hiệu rủi ro theo hệ thống quản lý rủi ro của cơ quan thuế
Có biến động bất thường về doanh thu hoặc chi phí
Có hồ sơ hoàn thuế
Có giao dịch liên kết

Bị thanh tra không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp vi phạm. Tuy nhiên, nếu không chuẩn bị hồ sơ thanh tra thuế đầy đủ, rủi ro truy thu có thể phát sinh.

III. DOANH NGHIỆP CẦN CHUẨN BỊ GÌ KHI BỊ THANH TRA THUẾ?

1. Rà soát quyết định thanh tra

Khi nhận quyết định, doanh nghiệp cần:

Xác định phạm vi năm thanh tra
Xác định các sắc thuế liên quan (GTGT, TNDN, TNCN…)
Phân công đầu mối làm việc

Việc hiểu rõ phạm vi giúp chuẩn bị hồ sơ trọng tâm.

2. Thực hiện rà soát nội bộ

Trước khi đoàn thanh tra làm việc chính thức, doanh nghiệp nên:

Kiểm tra lại tờ khai thuế
Đối chiếu sổ sách kế toán
Xem xét khả năng khai bổ sung nếu phát hiện sai sót

Chủ động điều chỉnh sớm giúp giảm mức xử phạt.

3. Checklist hồ sơ thanh tra thuế

Hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp

Hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp là tập hợp các tài liệu pháp lý quan trọng, xác định tư cách pháp lý và hoạt động hợp pháp của doanh nghiệp, gồm:

Đăng ký kinh doanh, Giấy chứng nhận đầu tư (nếu có)
Căn cước công dân/hộ chiếu của người đại diện theo pháp luật
Quy chế tài chính, quy chế lương thưởng của công ty
Đăng ký phương pháp khấu hao tài sản cố định với cơ quan thuế
Kết quả đăng ký tài khoản ngân hàng

Hồ sơ sổ sách kế toán

Hồ sơ sổ sách kế toán là tập hợp các sổ sách dùng để ghi chép nghiệp vụ kinh tế phát sinh của doanh nghiệp, gồm:

Sổ nhật ký chung
Sổ quỹ tiền mặt
Sổ nhật ký mua hàng
Sổ cái tài khoản (tất cả tài khoản phát sinh)
Sổ chi tiết tài khoản
Sổ quỹ tiền mặt
Sổ tiền gửi ngân hàng
Bảng trích khấu hao tài sản cố định
Bảng phân bổ công cụ dụng cụ
Chi phí trả trước
Bảng định mức nguyên vật liệu
Bảng dự toán quyết toán công trình
Bảng chi tiết nhập xuất tồn hàng hóa
Sổ tổng hợp, chi tiết công nợ phải thu
Sổ tổng hợp, chi tiết công nợ phải trả
Sổ chi tiết tiền vay

Lưu ý: Sổ sách phải được ghi chép đầy đủ, chính xác, chữ ký đầy đủ và lưu trữ theo quy định.

Chứng từ kế toán

Chứng từ kế toán là tài liệu ghi nhận các giao dịch kinh tế, gồm:

Hóa đơn mua vào, bán ra
Tờ khai hải quan, giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước
Phiếu thu, phiếu chi
Phiếu nhập kho
Phiếu kế toán khác
Bảng kê thu mua hàng hóa không có hóa đơn 01/TNDN
Sổ phụ tài khoản ngân hàng
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt
Chứng từ kế toán trình lên cơ quan thuế cần hợp pháp, có đầy đủ nội dung, chữ ký và con dấu, và được lưu trữ khoa học để dễ tra cứu.

Hồ sơ khai thuế

Hồ sơ khai thuế là tập hợp các tài liệu mà người nộp thuế lập và gửi đến cơ quan thuế để kê khai nghĩa vụ thuế, gồm:

Tờ khai thuế giá trị gia tăng
Tờ khai thuế vãng lai, thuế nhà thầu
Bảng kê hóa đơn hàng hóa, dịch vụ mua vào – bán ra
Thông báo phát hành hóa đơn, hợp đồng đặt in hóa đơn
Báo cáo tài chính
Quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp
Quyết toán thuế thu nhập cá nhân

Bạn cần kiểm tra kỹ các số liệu kê khai, đảm bảo chính xác, trung thực, khớp với sổ sách và chứng từ kế toán.

Hồ sơ lương, thưởng

Hồ sơ lương – thưởng gồm các chứng từ, tài liệu liên quan đến chi trả lương và thưởng cho người lao động, gồm:

Hồ sơ của người lao động
Hợp đồng lao động
Quyết định bổ nhiệm, quyết định tăng lương
Bảng chấm công
Bảng thanh toán tiền lương
Đăng ký giảm trừ gia cảnh
Bảng cam kết 02/CK-TNCN nếu có
Bảng đăng ký mã số thuế cá nhân cho người lao động
Bảng thông báo bảo hiểm và chứng từ nộp tiền bảo hiểm

Lưu trữ đầy đủ hồ sơ để chứng minh chi phí lương thưởng được trừ khi tính thuế TNDN, và tuân thủ quy định bảo hiểm xã hội, y tế, thất nghiệp.

Hồ sơ công nợ

Hồ sơ công nợ là tập hợp tài liệu về các khoản phải thu và phải trả của doanh nghiệp, gồm:

Hợp đồng kinh tế đầu vào, đầu ra
Phụ lục hợp đồng kinh tế
Biên bản đối chiếu công nợ

Doanh nghiệp cần theo dõi công nợ chặt chẽ và định kỳ đối chiếu với khách hàng, nhà cung cấp để đảm bảo số liệu chính xác.

Hồ sơ vay nợ

Hồ sơ vay nợ là tài liệu liên quan đến các khoản vay vốn và thanh toán, gồm:

Hợp đồng vay
Chứng từ thanh toán nợ gốc và lãi vay

Doanh nghiệp nên lưu giữ đầy đủ hợp đồng vay vốn và chứng từ thanh toán để chứng minh các khoản chi phí liên quan đến vay nợ.

IV. CASE STUDY THỰC TẾ KHI DOANH NGHIỆP BỊ THANH TRA THUẾ

Case Study 1: Hóa đơn từ nhà cung cấp rủi ro

Một doanh nghiệp thương mại bị thanh tra thuế trong 3 năm. Cơ quan thuế phát hiện một số nhà cung cấp đã ngừng hoạt động.

Dù doanh nghiệp có hợp đồng và thanh toán ngân hàng, cơ quan thuế vẫn loại thuế GTGT đầu vào vì cho rằng không chứng minh được giao dịch thực tế.

Hệ quả:

Không được khấu trừ thuế GTGT
Chi phí bị loại khi tính thuế TNDN
Truy thu và phạt

Bài học:

Doanh nghiệp cần thẩm định nhà cung cấp và lưu hồ sơ giao nhận đầy đủ.

Case Study 2: Truy thu thuế TNCN do phụ cấp ngoài hệ thống

Một doanh nghiệp dịch vụ chi phụ cấp và thưởng nhưng không kê khai đầy đủ thuế TNCN.

Cơ quan thuế đối chiếu sao kê ngân hàng và phát hiện chênh lệch kéo dài nhiều năm.

Hệ quả:

Truy thu thuế TNCN
Tiền chậm nộp
Phạt khai sai

Bài học:

Cần đồng bộ dữ liệu giữa HR và kế toán, chuẩn hóa chính sách lương thưởng.

V. CHIẾN LƯỢC GIẢM THIỂU RỦI RO THANH TRA THUẾ

Để hạn chế rủi ro khi thanh tra thuế, doanh nghiệp nên:

Rà soát thuế định kỳ
Chuẩn hóa hệ thống lưu trữ hồ sơ
Kiểm tra nhà cung cấp thường xuyên
Thực hiện kiểm toán nội bộ trước quyết toán năm
Cập nhật quy định thuế mới

Thanh tra thuế là phép thử năng lực quản trị tài chính. Doanh nghiệp càng chuẩn hóa hệ thống, rủi ro truy thu càng giảm.

FAQ – CÂU HỎI THƯỜNG GẶP VỀ THANH TRA THUẾ

1. Thanh tra thuế kéo dài bao lâu?

Tùy phạm vi và quy mô doanh nghiệp, thời gian có thể từ vài ngày đến vài tuần.

2. Có được khai bổ sung trước khi thanh tra không?

Có, trước khi công bố quyết định chính thức.

3. Những khoản chi nào dễ bị loại?

Chi phí thiếu chứng từ, không phục vụ hoạt động kinh doanh, phụ cấp chưa kê khai thuế TNCN.

4. Không đồng ý với kết luận thanh tra thì làm gì?

Doanh nghiệp có quyền giải trình hoặc khiếu nại theo quy định.

Công ty AGS cảm ơn bạn đã dành thời gian để đọc bài viết này. Hy vọng bạn đã có được những thông tin bổ ích. Hãy tiếp tục theo dõi chúng tôi để cập nhật thêm nhiều thông tin cũng như cơ hội việc làm tại AGS nhé.