Phụ phí năng lượng: Doanh nghiệp xử lý thuế GTGT ra sao?

HCM ĐOAN TRANG ACC
4 thg 8, 2026
Biến động giá nhiên liệu trong thời gian gần đây khiến nhiều doanh nghiệp phải phát sinh thêm các khoản phụ thu để bù đắp chi phí vận hành. Một trong những vướng mắc được quan tâm là liệu khoản “phụ phí năng lượng” thu thêm ngoài giá bán hàng hóa có được ghi thành dòng riêng trên hóa đơn hay không và thuế GTGT áp dụng cho khoản này được xác định như thế nào. Đây là vấn đề có ảnh hưởng trực tiếp đến việc lập hóa đơn, kê khai thuế và quản trị rủi ro pháp lý của doanh nghiệp.

1. Tình huống thực tế: Doanh nghiệp thương mại có được ghi “Phụ phí năng lượng”?

Theo nội dung được Bộ Tài chính dẫn lại từ Thuế cơ sở 14 Thành phố Hồ Chí Minh, một doanh nghiệp thương mại kinh doanh máy móc, thiết bị công nghiệp phát sinh thêm khoản “Phụ phí năng lượng” do chi phí nhiên liệu tăng cao. Khoản này được khách hàng chấp thuận thanh toán ngoài giá trị hàng hóa chính và yêu cầu thể hiện thành một dòng riêng trên hóa đơn. Doanh nghiệp đặt ra ba câu hỏi quan trọng:
- Không có chức năng kinh doanh năng lượng thì có được ghi dòng “Phụ phí năng lượng” trên hóa đơn hay không?
- Khoản phụ phí này áp dụng thuế suất GTGT nào?
- Nếu không thể ghi “Phụ phí năng lượng” thì có thể ghi “Phụ phí vận chuyển” thay thế hay không?
Đây là tình huống khá phổ biến đối với các doanh nghiệp thương mại, sản xuất hoặc phân phối khi chi phí nhiên liệu và logistics tăng mạnh nhưng hợp đồng ban đầu chưa phản ánh đầy đủ các chi phí phát sinh.

2. Căn cứ pháp lý liên quan

Để hướng dẫn doanh nghiệp xử lý đúng đối với khoản “Phụ phí năng lượng” thu thêm ngoài giá bán hàng hóa, Thuế cơ sở 14 TP.HCM đã viện dẫn nhiều văn bản pháp luật quan trọng liên quan đến giá tính thuế GTGT, nội dung hóa đơn và thuế suất áp dụng. Đây là những căn cứ pháp lý có ý nghĩa quyết định trong việc xác định bản chất khoản phụ thu, cách thể hiện trên hóa đơn điện tử cũng như mức thuế GTGT doanh nghiệp phải kê khai và nộp.

https://tapchiketoankiemtoan.vn/thu-them-phu-phi-nang-luong-doanh-nghiep-phai-tinh-thue-gtgt-nhu-the-nao-d6368.html

2.1. Khoản 1 Điều 14 Nghị định 181/2025/NĐ-CP

Trước hết, khoản 1 Điều 14 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định nguyên tắc xác định giá tính thuế GTGT, trong đó nhấn mạnh rằng giá tính thuế bao gồm cả các khoản phụ thu và phí thu thêm ngoài giá hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh được hưởng. Quy định này là cơ sở để xem xét liệu khoản “phụ phí năng lượng” có phải là một phần của doanh thu bán hàng và thuộc đối tượng tính thuế GTGT hay không.

2.2. Điểm b khoản 7 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP

Bên cạnh đó, điểm b khoản 7 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Nghị định 123/2020/NĐ-CP quy định khá chi tiết về nội dung bắt buộc trên hóa đơn, đặc biệt là yêu cầu về tên hàng hóa, dịch vụ phải phản ánh đúng nội dung giao dịch thực tế. Quy định này có vai trò quan trọng trong việc xác định doanh nghiệp có thể ghi nhận khoản thu thêm dưới tên “Phụ phí năng lượng” hay cần diễn giải theo cách khác phù hợp hơn với bản chất giao dịch và hồ sơ hợp đồng giữa các bên.

2.3. Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15

Ngoài ra, Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 quy định các mức thuế suất GTGT 0%, 5% và 10% đối với từng nhóm hàng hóa, dịch vụ, đồng thời yêu cầu cơ sở kinh doanh phải xác định đúng mức thuế suất tương ứng với hàng hóa, dịch vụ thực tế phát sinh. Đây là căn cứ quan trọng để xác định khoản phụ thu có được áp dụng cùng mức thuế suất với hàng hóa chính hay phải áp dụng một mức thuế suất khác theo quy định của pháp luật thuế GTGT.

2.4. Khoản 1 Điều 1 Nghị định 174/2025/NĐ-CP

Cuối cùng, khoản 1 Điều 1 Nghị định 174/2025/NĐ-CP quy định về chính sách giảm thuế GTGT theo Nghị quyết 204/2025/QH15, trong đó xác định các nhóm hàng hóa, dịch vụ được giảm thuế và các trường hợp không thuộc diện giảm thuế. Điều này đặc biệt cần thiết đối với những doanh nghiệp đang kinh doanh các mặt hàng có thể thuộc diện được giảm thuế GTGT từ mức 10% theo chính sách hỗ trợ của Nhà nước, bởi khoản phụ thu liên quan đến giao dịch bán hàng cũng cần được xem xét trong mối quan hệ với chính sách giảm thuế đang áp dụng cho hàng hóa, dịch vụ đó.

Như vậy, việc xử lý khoản “Phụ phí năng lượng” không thể chỉ căn cứ vào tên gọi của khoản thu mà phải đối chiếu đồng thời nhiều quy định pháp luật về thuế GTGT và hóa đơn điện tử. Các văn bản nêu trên tạo thành cơ sở pháp lý thống nhất để xác định bản chất kinh tế của khoản phụ thu, cách ghi nhận trên hóa đơn và mức thuế GTGT phù hợp với hàng hóa, dịch vụ thực tế mà doanh nghiệp cung cấp, từ đó giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro về kê khai thuế và lập hóa đơn không đúng quy định.

3. Giá tính thuế GTGT có bao gồm khoản phụ phí không?

Một trong những vấn đề quan trọng khi doanh nghiệp thu thêm “phụ phí năng lượng” là xác định khoản tiền này có thuộc giá tính thuế GTGT hay không. Theo khoản 1 Điều 14 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, giá tính thuế đối với hàng hóa, dịch vụ bao gồm cả các khoản phụ thu và phí thu thêm ngoài giá hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh được hưởng. Quy định này cho thấy pháp luật thuế GTGT không chỉ căn cứ vào giá bán chính của hàng hóa, dịch vụ mà còn tính đến các khoản thu thêm có liên quan trực tiếp đến giao dịch bán hàng hoặc cung cấp dịch vụ.
Điều này có ý nghĩa rất quan trọng đối với trường hợp doanh nghiệp phát sinh “phụ phí năng lượng” do chi phí nhiên liệu tăng cao. Nếu khoản tiền này được doanh nghiệp thu thêm từ khách hàng để bù đắp chi phí phát sinh trong quá trình thực hiện hợp đồng bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ, thì về nguyên tắc khoản phụ phí đó được xem là một phần của giá tính thuế GTGT và phải kê khai, tính thuế cùng với doanh thu của giao dịch chính.
Ngược lại, pháp luật chỉ loại trừ khỏi giá tính thuế GTGT đối với những khoản thu không liên quan đến hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ của cơ sở kinh doanh, chẳng hạn như tiền bồi thường, tiền thưởng, các khoản thu hộ, chi hộ hoặc các khoản thu tài chính khác. Vì vậy, việc xác định khoản “phụ phí năng lượng” có thuộc đối tượng tính thuế GTGT hay không cần dựa trên bản chất kinh tế thực tế của khoản thu, tức là xem khoản tiền đó có gắn với hoạt động bán hàng và mang lại lợi ích cho doanh nghiệp hay chỉ là khoản thu hộ hoặc khoản thu không liên quan đến doanh thu kinh doanh.

4. Bản chất khoản phụ phí

Trong tình huống nêu trên, doanh nghiệp phát sinh khoản “phụ phí năng lượng” do chi phí nhiên liệu biến động làm tăng chi phí giao hàng, vận hành hoặc thực hiện hợp đồng bán hàng hóa. Khoản tiền này được khách hàng thanh toán thêm nhằm bù đắp phần chi phí phát sinh liên quan trực tiếp đến việc thực hiện giao dịch mua bán giữa hai bên. Vì vậy, xét về bản chất kinh tế, đây không phải là khoản thu hộ, chi hộ cho bên thứ ba, cũng không phải là khoản thu tài chính độc lập tách rời khỏi hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp.

Do khoản phụ phí có mối liên hệ trực tiếp với hoạt động bán hàng hóa và việc thực hiện nghĩa vụ cung cấp hàng hóa theo hợp đồng, nên theo nguyên tắc quản lý thuế, khoản tiền này được xem là một khoản phụ thu phát sinh từ giao dịch bán hàng hóa. Căn cứ khoản 1 Điều 14 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, các khoản phụ thu và phí thu thêm ngoài giá bán mà cơ sở kinh doanh được hưởng đều thuộc giá tính thuế GTGT. Do đó, trong trường hợp này, “phụ phí năng lượng” về nguyên tắc phải được tính vào giá tính thuế GTGT cùng với giá trị hàng hóa chính, thay vì được xem là một khoản thu riêng không thuộc đối tượng tính thuế GTGT.

5. Quy định về nội dung hóa đơn đối với khoản “Phụ phí năng lượng”

5.1. Nội dung hóa đơn phải phản ánh đúng giao dịch thực tế

Theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Nghị định 123/2020/NĐ-CP, hóa đơn điện tử phải thể hiện tên hàng hóa, dịch vụ bằng tiếng Việt và phản ánh đúng nội dung giao dịch kinh tế phát sinh thực tế giữa bên bán và bên mua. Quy định này nhằm bảo đảm tính minh bạch của hóa đơn, tạo cơ sở cho việc quản lý thuế, đối chiếu doanh thu và kiểm tra chứng từ khi cần thiết.
Điểm cần lưu ý là pháp luật không quy định tên hàng hóa, dịch vụ trên hóa đơn phải trùng hoàn toàn với ngành nghề đăng ký kinh doanh của doanh nghiệp. Yếu tố quan trọng nhất là nội dung ghi trên hóa đơn phải phản ánh đúng bản chất của khoản thu phát sinh, có đầy đủ căn cứ chứng minh và phù hợp với hồ sơ giao dịch thực tế.

5.2. Doanh nghiệp không kinh doanh năng lượng có được ghi “Phụ phí năng lượng”?

Trong trường hợp doanh nghiệp không hoạt động trong lĩnh vực kinh doanh năng lượng nhưng phát sinh khoản thu thêm để bù đắp chi phí nhiên liệu tăng cao trong quá trình thực hiện hợp đồng bán hàng, doanh nghiệp có thể xem xét ghi nhận khoản thu này trên hóa đơn với nội dung phù hợp với thực tế giao dịch giữa các bên.
Tuy nhiên, việc sử dụng cụm từ “Phụ phí năng lượng” cần được cân nhắc cẩn trọng để tránh gây hiểu nhầm rằng doanh nghiệp đang cung cấp một loại hàng hóa hoặc dịch vụ năng lượng độc lập. Nội dung trên hóa đơn nên được diễn giải theo hướng thể hiện đây là khoản phụ thu liên quan đến việc thực hiện hợp đồng bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ, thay vì tạo cảm giác đây là một hoạt động kinh doanh riêng biệt không đúng với bản chất giao dịch.

5.3. Những lưu ý quan trọng khi lập hóa đơn

Để hạn chế rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra, doanh nghiệp cần bảo đảm rằng nội dung ghi trên hóa đơn phù hợp với hợp đồng, phụ lục hợp đồng hoặc các thỏa thuận bằng văn bản với khách hàng. Đồng thời, hồ sơ kèm theo nên thể hiện rõ căn cứ phát sinh và phương pháp xác định khoản phụ phí, chẳng hạn như thông báo điều chỉnh chi phí, bảng tính phụ phí hoặc thỏa thuận về việc hỗ trợ chi phí nhiên liệu tăng thêm. Việc chuẩn bị đầy đủ hồ sơ không chỉ giúp doanh nghiệp giải trình tính hợp lý của khoản phụ thu mà còn hỗ trợ chứng minh rằng khoản tiền này phát sinh từ giao dịch bán hàng hóa thực tế và được hạch toán, kê khai thuế đúng quy định.

6. Thuế suất GTGT áp dụng cho “Phụ phí năng lượng”

6.1. Điều 9 Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15

Luật quy định ba mức thuế suất chính:0% đối với một số hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu và trường hợp đặc biệt:
  • 5% đối với nhóm hàng hóa, dịch vụ được quy định cụ thể.
  • 10% đối với hàng hóa, dịch vụ không thuộc hai nhóm trên.
Đồng thời, khoản 4 Điều 9 quy định rằng nếu cơ sở kinh doanh không xác định được riêng từng mức thuế suất thì phải áp dụng mức thuế suất cao nhất của hàng hóa, dịch vụ kinh doanh.

6.2. Khoản phụ thu đi theo hàng hóa chính

Do khoản phụ phí năng lượng là khoản phụ thu gắn với hoạt động bán hàng hóa, nên nguyên tắc xác định thuế suất thường phụ thuộc vào hàng hóa, dịch vụ thực tế mà doanh nghiệp cung cấp. Ví dụ:Nếu doanh nghiệp bán máy móc, thiết bị chịu thuế suất 10%, thì khoản phụ thu liên quan đến giao dịch này cũng tính theo mức thuế suất tương ứng của hàng hóa chính. Nếu hàng hóa thuộc diện được giảm thuế GTGT theo Nghị định 174/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp cần đối chiếu xem mặt hàng đó có thuộc danh mục không được giảm thuế hay không để xác định mức thuế suất thực tế phải áp dụng.
Thuế cơ sở 14 TP.HCM cũng nhấn mạnh rằng việc xác định thuế suất phải căn cứ vào hàng hóa, dịch vụ thực tế của doanh nghiệp và đối chiếu Điều 9 Luật Thuế GTGT cùng Nghị định 174/2025/NĐ-CP.

6.3. Có thể đổi thành “Phụ phí vận chuyển” để xuất hóa đơn không?

Đây là điểm nhiều doanh nghiệp thường lựa chọn để “an toàn”, nhưng cần hết sức thận trọng. Nếu doanh nghiệp thực tế không cung cấp dịch vụ vận chuyển độc lập hoặc khoản tiền thu thêm không phải là phí vận chuyển theo thỏa thuận, thì việc ghi “Phụ phí vận chuyển” chỉ để thuận tiện xuất hóa đơn có thể dẫn đến:
  • Nội dung hóa đơn không phản ánh đúng bản chất giao dịch.
  • Khó khăn khi giải trình với cơ quan thuế.
  • Rủi ro bị đánh giá là lập hóa đơn không đúng nội dung kinh tế phát sinh.
Do đó, nguyên tắc quan trọng là tên gọi trên hóa đơn phải phù hợp với bản chất khoản thu thực tế, thay vì lựa chọn một tên gọi khác chỉ vì doanh nghiệp cho rằng dễ xuất hóa đơn hơn.

6.4. Doanh nghiệp nên xử lý thực tế như thế nào?

Để hạn chế rủi ro về hóa đơn và thuế GTGT, doanh nghiệp có thể thực hiện theo các bước sau:B1: Bổ sung thỏa thuận với khách hàng. Trong hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng nên quy định rõ: 
  • Điều kiện phát sinh phụ phí.
  • Cách xác định mức phụ phí.
  • Mục đích bù đắp chi phí năng lượng hoặc chi phí vận hành tăng thêm.
  • Thời điểm tính và thanh toán khoản phụ phí.
  • Thể hiện rõ trên hóa đơn

Khoản phụ thu có thể được ghi thành một dòng riêng, nhưng cần:

  • Diễn giải rõ đây là khoản phụ thu liên quan đến hợp đồng bán hàng hóa.
  • Thống nhất với nội dung trong hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng.
  • Kê khai thuế GTGT tương ứng với hàng hóa, dịch vụ liên quan.
  • Lưu đầy đủ hồ sơ chứng minh
Doanh nghiệp nên lưu:
  • Hợp đồng và phụ lục hợp đồng.
  • Thông báo điều chỉnh giá hoặc phụ phí.
  • Email/thỏa thuận với khách hàng.
  • Bảng tính chi phí phát sinh làm căn cứ thu phụ phí.
Những tài liệu này sẽ giúp chứng minh tính hợp lý và hợp pháp của khoản phụ thu khi cơ quan thuế kiểm tra.

7. Kết luận

Từ hướng dẫn của Thuế cơ sở 14 TP.HCM có thể rút ra một số nguyên tắc quan trọng:Khoản “phụ phí năng lượng” thu thêm ngoài giá bán hàng hóa, nếu liên quan trực tiếp đến hoạt động bán hàng, thuộc giá tính thuế GTGT theo khoản 1 Điều 14 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Doanh nghiệp có thể thể hiện khoản phụ thu thành dòng riêng trên hóa đơn, nhưng nội dung phải phản ánh đúng bản chất giao dịch thực tế và phù hợp với quy định về nội dung hóa đơn tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP. Thuế suất GTGT không được xác định theo tên gọi “phụ phí năng lượng”, mà phải căn cứ vào hàng hóa, dịch vụ thực tế của doanh nghiệp theo Điều 9 Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 và chính sách giảm thuế tại Nghị định 174/2025/NĐ-CP. Doanh nghiệp không nên tự ý đổi tên thành “Phụ phí vận chuyển” nếu thực tế không phát sinh dịch vụ vận chuyển tương ứng, vì điều này có thể làm sai lệch nội dung hóa đơn.
Trong bối cảnh chi phí nhiên liệu và logistics còn nhiều biến động, việc xây dựng thỏa thuận phụ phí rõ ràng, lập hóa đơn đúng bản chất và xác định thuế GTGT phù hợp với hàng hóa thực tế sẽ giúp doanh nghiệp vừa bảo đảm tuân thủ pháp luật, vừa hạn chế đáng kể rủi ro về hóa đơn và thuế trong quá trình thanh tra, kiểm tra sau này.
Nguồn: Thu thêm "Phụ phí năng lượng", doanh nghiệp phải tính thuế GTGT như thế nào? - https://tapchiketoankiemtoan.vn/thu-them-phu-phi-nang-luong-doanh-nghiep-phai-tinh-thue-gtgt-nhu-the-nao-d6368.html

Thông tin khác

Previous Post