Quy trình khai báo và nộp thuế hải quan điện tử hiện nay

HCM Thùy ACC

24 thg 1, 2026

Bạn là một doanh nghiệp (hoặc cá nhân nhập khẩu / xuất khẩu) mới bắt đầu bước vào lĩnh vực xuất nhập khẩu, hoặc bạn đã từng làm thủ tục hải quan nhưng còn lúng túng, lo sợ sai sót, mất thời gian. Bạn muốn tìm hiểu cách khai báo và nộp thuế hải quan điện tử — sao cho chính xác – nhanh chóng – tuân đúng quy định mới nhất — để hàng hóa thông quan suôn sẻ, chi phí tối ưu.

Trong bài viết này, AGS sẽ hướng dẫn bạn quy trình khai báo hải quan điện tử (VNACCS/VCIS), cách nộp thuế hải quan điện tử, những lưu ý quan trọng, và các thay đổi mới cần biết (2024 – 2025).

1. Bối cảnh & căn cứ pháp lý áp dụng

Trước khi đi vào quy trình, bạn nên hiểu rõ nền tảng pháp lý và hệ thống kỹ thuật đang vận hành:

Theo luật Hải quan và các nghị định, từ lâu việc khai báo hải quan bằng hình thức điện tử (qua hệ thống VNACCS / VCIS) hầu như là bắt buộc đối với doanh nghiệp, ngoại trừ các trường hợp đặc biệt (ví dụ hệ thống sự cố, hàng biên giới, hàng viện trợ...)
Hệ thống VNACCS/VCIS cho phép truy nhập 24/7, truyền nhận, xử lý tờ khai điện tử, phân luồng kiểm tra tự động (xanh, vàng, đỏ)
Về nộp thuế điện tử, hiện nay doanh nghiệp có thể nộp thuế hải quan thông qua Cổng thanh toán điện tử hải quan (epayment) mà không cần phải đến kho bạc hoặc cơ quan hải quan.
Ngoài ra, các quy định mới “giảm thủ tục, minh bạch hóa” từ Chính phủ và Bộ Tài chính giúp doanh nghiệp thuận lợi hơn trong khai hải quan.

2. Chuẩn bị trước khi khai báo

Trước khi bạn nhập dữ liệu vào hệ thống, việc chuẩn bị hồ sơ & điều kiện kỹ thuật rất quan trọng để tránh sai sót, bị phân luồng đỏ, hoặc phải sửa bổ sung:

Hồ sơ, chứng từ cần chuẩn bị
- Hợp đồng thương mại (Sales/ Purchase Contract)
- Hoá đơn thương mại (Commercial Invoice)
- Phiếu đóng gói (Packing List)
- Vận đơn (Bill of Lading/ Airway Bill)
- Chứng nhận xuất xứ (C/O) nếu muốn hưởng ưu đãi thuế
- Giấy phép nhập khẩu (nếu hàng thuộc diện quản lý chuyên ngành)
- Các chứng từ kiểm định, kiểm dịch nếu có yêu cầu
- Những chứng từ bổ sung nếu được yêu cầu (catalog, thông số kỹ thuật, giấy chứng nhận chất lượng…)
- Bản kê chi tiết hàng hóa nếu cần
Điều kiện kỹ thuật & tài khoản sử dụng hệ thống
- Doanh nghiệp cần có tài khoản khai hải quan (VNACCS/VCIS) và đã được cấp mã doanh nghiệp, mật khẩu.
- Chữ ký số (token, USB token) hợp lệ, đã đăng ký với cơ quan hải quan.
- Máy tính, phần mềm khai báo (ví dụ máy khách kết nối ECUS, hay phần mềm tương thích với VNACCS) đã được cài đặt và cập nhật phiên bản mới nhất
- Kết nối internet ổn định, hệ thống có khả năng ký số, truyền dữ liệu điện tử
- Nếu nộp thuế điện tử: doanh nghiệp cần đăng ký nộp thuế điện tử, ủy quyền trích nợ tài khoản ngân hàng, đăng ký email, số điện thoại giao dịch với cổng thanh toán thuế điện tử hải quan
Kiểm tra nội dung trước khi khai
- Đảm bảo thông tin doanh nghiệp: mã số thuế, tên, địa chỉ, mã chi cục hải quan
- Mã HS đúng với loại hàng hóa. Sai mã HS có thể dẫn đến mức thuế sai và bị yêu cầu sửa lại hoặc kiểm tra bổ sung.
- Trị giá tính thuế, đơn giá, tổng số lượng, đơn vị tính đúng
- Hóa đơn, vận đơn, C/O, hợp đồng phù hợp với tờ khai
- Bổ sung thông tin ưu đãi nếu có

3. Quy trình khai báo hải quan điện tử (VNACCS / VCIS)

Dưới đây là các bước chi tiết từ khi nhập dữ liệu đến khi tờ khai được hệ thống chấp thuận:

Bước	Nội dung	Ghi chú / yêu cầu
Bước 1: Nhập tờ khai điện tử (IDC / EDC)	Người khai hải quan đăng nhập hệ thống, chọn loại tờ khai phù hợp (nhập khẩu EDC, xuất khẩu IDC, hoặc các loại hình khác) và nhập toàn bộ thông tin theo mẫu	Nếu có sai sót, sử dụng nghiệp vụ IDB / EDB để sửa trước khi đăng ký tờ khai
Bước 2: Gửi đăng ký tờ khai	Sau khi nhập xong, kiểm tra lại các thông tin, ký số và gửi hệ thống đăng ký tờ khai	Hệ thống sẽ kiểm tra điều kiện doanh nghiệp (ví dụ doanh nghiệp nợ, doanh nghiệp tạm ngưng hoạt động) để xác định có được phép đăng ký tờ khai hay không. Nếu không đủ điều kiện, tờ khai bị phản hồi lỗi.
Bước 3: Phân luồng tờ khai	Hệ thống tự động phân tờ khai vào luồng xanh / vàng / đỏ	- Luồng xanh: không kiểm tra — có thể thông quan nhanh. - Luồng vàng: kiểm tra hồ sơ giấy. - Luồng đỏ: kiểm tra thực tế hàng hóa.
Bước 4: Nếu tờ khai luồng xanh	- Nếu thuế phải nộp = 0 hoặc đã đảm bảo bằng hạn mức / bảo lãnh: hệ thống cấp “Quyết định thông quan”. - Nếu thuế > 0 và khai nộp thuế ngay: hệ thống xuất “Chứng từ thu thuế” và nếu ngân hàng xác nhận đã trích nợ, hệ thống thông quan.
Bước 5: Nếu luồng vàng / đỏ	- Người khai nhận phản hồi phân luồng, địa điểm kiểm tra. - Chuẩn bị hồ sơ giấy bổ sung hoặc trình hàng hóa thực tế để kiểm tra. - Sau khi kiểm tra xong, nếu mọi thứ đúng, thực hiện bước nộp thuế / hoàn thiện thủ tục thông quan.
Bước 6: Hoàn thành thông quan & nhận hàng	Sau khi thuế được xác nhận đã nộp (nếu có) và các kiểm tra được hoàn tất, hệ thống cấp “Quyết định thông quan”, hàng hóa được giải phóng, doanh nghiệp nhận hàng	Theo quy định, kiểm tra hồ sơ phải hoàn thành trong tối đa 2 giờ làm việc, kiểm tra thực tế tối đa 8 giờ làm việc (dự kiến, có thể gia hạn trong trường hợp phức tạp)

Ghi chú thêm: Việc khai báo tờ khai trước khi hàng về (pre-declaration) được khuyến khích để rút ngắn thời gian thông quan.

4. Quy trình nộp thuế hải quan điện tử

Quy trình nộp thuế điện tử tương đối đơn giản nếu doanh nghiệp đã đăng ký đúng từ trước:

Đăng ký nộp thuế điện tử
Doanh nghiệp truy cập Công thanh toán điện tử hải quan (epayment) - thường địa chỉ như: https://epayment.custom.gov.vn/epaymentportal/login - đăng ký tài khoản, thông tin ngân hàng để trích nợ tự động, email/ số điện thoại giao dịch.

Kê khai và nộp bảng kê thuế (Mẫu 01/BKNT)
Sau khi hệ thống hải quan xác định số thuế, doanh nghiệp thực hiện kê bảng kê Mẫu 01/BKNT trên cổng thanh toán điện tử hải quan, xác nhận số tiền, chọn ngân hàng ủy quyền trích nợ, ký số và gửi lệnh nộp.
Ngân hàng trích nợ, chuyển tiền
Sau khi nhận lệnh từ hệ thống hải quan, ngân hàng thực hiện trích nợ từ tài khoản doanh nghiệp và chuyển tiền vào tài khoản thuế của ngân sách nhà nước.
Xác nhận nộp thuế & thông quan
Khi hệ thống hải quan nhận được thông báo thành công từ ngân hàng, nó sẽ cập nhật nghĩa vụ thuế đã hoàn thành. Nếu tờ khai đang chờ thông quan (luồng xanh hoặc sau kiểm tra luồng đỏ/vàng), hệ thống sẽ tiếp tục cấp quyết định thông quan nếu các điều kiện khác đã được đáp ứng.
Hạch toán thuế
Cuối cùng, hệ thống sẽ hạch toán số thuế đã thu vào ngân sách, và doanh nghiệp lưu chứng từ giao dịch và biên lai điện tử từ cổng để đối chiếu, tra cứu sau này.

5. Những thay đổi & cập nhật mới (2024 – 2025) cần chú ý

Có thông tin cho rằng từ ngày 7/8/2025, doanh nghiệp có thể nộp thuế hải quan hoàn toàn điện tử qua cổng thanh toán điện tử hải quan, giúp nâng cao hiệu quả và giảm tiếp xúc thủ công (cần kiểm chứng qua nguồn chính thức)
Chính phủ và Bộ Tài chính đã đưa ra các quy định mới nhằm đơn giản hóa thủ tục, minh bạch hơn trong khai hải quan điện tử, giảm chi phí, tăng tính tự động.
Trong quy định mới, mỗi vận đơn chỉ được khai trên một tờ khai nhập khẩu. Nếu một vận đơn dùng cho nhiều tờ khai, người khai phải thông báo tách vận đơn trước khi đăng ký tờ khai.
Các doanh nghiệp cần theo dõi cập nhật biểu thuế, quy tắc xác định xuất xứ, các FTA mới và chính sách ưu đãi thuế để áp đúng khi khai báo.
Hệ thống tin học hải quan có thể được cập nhật, nâng cấp để kết nối tốt hơn với ngân hàng, cổng thanh toán, hệ thống dữ liệu quốc tế (nâng độ tự động hóa) — doanh nghiệp nên cập nhật phần mềm khai báo kịp thời.

6. Lưu ý quan trọng & mẹo thực tế

Trước khi gửi tờ khai, kiểm tra kỹ tất cả chỉ tiêu: mã HS, mô tả hàng, thuế suất, trị giá, đơn vị tính, số lượng, tên hàng, hợp đồng, C/O… để tránh bị hệ thống từ chối hoặc yêu cầu sửa.
Nếu tờ khai bị phân luồng đỏ/vàng, chuẩn bị hồ sơ, chứng từ gốc và phối hợp với cán bộ hải quan để kiểm tra nhanh chóng.
Khai báo trước khi hàng về (pre-declaration) giúp rút ngắn thời gian thông quan khi hàng đến cảng/quay cửa khẩu.
Lịch sử tuân thủ tốt (ít sai sót, thanh khoản thuế đúng hạn) thường giúp tờ khai ít bị phân luồng kiểm tra.
Luôn cập nhật phần mềm khai báo điện tử, thư viện mã HS mới, chương trình ký số, giao thức liên kết với ngân hàng.
Lưu giữ tất cả chứng từ điện tử: tờ khai, biên lai nộp thuế, quyết định thông quan, phản hồi hệ thống để đối chiếu sau này nếu cần.
Khi doanh nghiệp mới, không quen hệ thống, cân nhắc hợp tác với đơn vị dịch vụ hải quan hoặc đại lý khai hải quan để đảm bảo đúng quy trình, tránh rủi ro.

Công ty AGS cảm ơn bạn đã dành thời gian để đọc bài viết này. Hy vọng bạn đã có được những thông tin bổ ích. Hãy tiếp tục theo dõi chúng tôi để cập nhật thêm nhiều thông tin cũng như cơ hội việc làm tại AGS nhé.