Sự khác biệt giữa doanh nghiệp EPE và doanh nghiệp FDI thông thường

HCM HÂN ACC

24 thg 1, 2026

Trong bối cảnh Việt Nam ngày càng thu hút vốn đầu tư nước ngoài, doanh nghiệp FDI và doanh nghiệp chế xuất (EPE) là hai mô hình phổ biến nhưng thường bị nhầm lẫn trong thực tế vận hành, đặc biệt ở góc độ kế toán – thuế – hải quan. Việc hiểu chưa đúng bản chất của từng mô hình có thể dẫn đến sai sót nghiêm trọng trong kê khai thuế, quản lý hàng hóa và tuân thủ pháp luật.
Bài viết dưới đây phân tích chi tiết sự khác biệt giữa doanh nghiệp EPE và doanh nghiệp FDI thông thường trên nhiều khía cạnh quan trọng.

1. Khái niệm và bản chất pháp lý

Doanh nghiệp FDI thông thường:

Doanh nghiệp FDI là doanh nghiệp được thành lập tại Việt Nam có nhà đầu tư nước ngoài góp vốn, mua cổ phần hoặc thành lập mới theo Luật Đầu tư. Doanh nghiệp FDI hoạt động như một doanh nghiệp trong nước, chỉ khác về yếu tố vốn đầu tư.
FDI thông thường có thể:
Sản xuất, thương mại, dịch vụ
Bán hàng trong nước và xuất khẩu
Tham gia đầy đủ các quan hệ kinh tế nội địa

Doanh nghiệp EPE (Doanh nghiệp chế xuất):

Doanh nghiệp EPE là doanh nghiệp FDI được công nhận hoạt động trong khu phi thuế quan, với mục tiêu chính là sản xuất để xuất khẩu. EPE có thể nằm trong khu chế xuất hoặc ngoài khu chế xuất nhưng phải đáp ứng điều kiện kiểm soát hải quan riêng biệt.
Về bản chất:
EPE được xem như nằm ngoài lãnh thổ hải quan Việt Nam
Mọi giao dịch với doanh nghiệp nội địa được coi là xuất – nhập khẩu

2. Phạm vi hoạt động và thị trường tiêu thụ

Điểm mấu chốt là:
👉 EPE không được tự do bán hàng vào thị trường Việt Nam như FDI thông thường.

3. Sự khác biệt về thuế GTGT

Doanh nghiệp FDI:

Áp dụng thuế GTGT theo quy định chung (0%, 5%, 10%)
Kê khai, khấu trừ, hoàn thuế GTGT
Xuất hóa đơn GTGT khi bán hàng nội địa

Doanh nghiệp EPE:

Thuộc khu phi thuế quan → không chịu thuế GTGT
Không kê khai, không khấu trừ thuế GTGT đầu vào
Khi bán vào nội địa:
Bên mua nội địa phải mở tờ khai hải quan
Thực hiện nghĩa vụ thuế GTGT, thuế nhập khẩu

Đây là điểm khác biệt rất lớn khiến kế toán EPE phải xử lý chứng từ khác hoàn toàn so với FDI.

4. Thuế nhập khẩu và cơ chế hải quan

Doanh nghiệp FDI

Nhập khẩu nguyên vật liệu theo chế độ thông thường
Có thể phải nộp thuế nhập khẩu
Không cần thanh khoản định mức hải quan

Doanh nghiệp EP: Miễn thuế nhập khẩu đối với nguyên vật liệu dùng cho sản xuất xuất khẩu
Phải:

Đăng ký định mức
Theo dõi tồn kho hải quan
Thanh khoản tờ khai
Chịu giám sát thường xuyên của cơ quan hải quan
Sai sót trong quản lý định mức hoặc chênh lệch số liệu có thể dẫn đến truy thu thuế và xử phạt nặng.

5. Tổ chức kế toán và quản lý số liệu

Kế toán doanh nghiệp FDI

Tập trung vào kế toán tài chính, thuế
Quản lý hàng tồn kho theo sổ sách
Ít phải đối chiếu với số liệu hải quan

Kế toán doanh nghiệp EPE

Phải đồng thời quản lý:
Kế toán tài chính
Xuất nhập khẩu
Báo cáo hải quan
Số liệu tồn kho:
Phải khớp giữa sổ kế toán – báo cáo hải quan – định mức

Rủi ro cao nếu:
Hạch toán sai
Không theo dõi chi tiết nguyên vật liệu
Do đó, kế toán EPE được đánh giá là mảng chuyên sâu và áp lực cao.

6. Ưu đãi đầu tư và ràng buộc pháp lý

Ưu đãi của EPE

Miễn thuế nhập khẩu
Không chịu thuế GTGT
Có thể được ưu đãi thuế TNDN
Ràng buộc đi kèm
Bị hạn chế kinh doanh nội địa
Thanh tra, kiểm tra thường xuyên
Yêu cầu tuân thủ nghiêm ngặt quy định hải quan

Trong khi đó, FDI thông thường ít ưu đãi hơn nhưng linh hoạt hơn trong hoạt động kinh doanh.

7. Rủi ro thường gặp khi hiểu sai mô hình

Nhầm EPE với FDI → xuất sai hóa đơn
Không theo dõi định mức → truy thu thuế nhập khẩu
Chênh lệch tồn kho kế toán – hải quan
Áp dụng sai chính sách thuế GTGT
Đây là các lỗi phổ biến dẫn đến rủi ro pháp lý và tài chính lớn cho doanh nghiệp.

8. Nên lựa chọn mô hình nào?

Chọn EPE khi:
Doanh nghiệp sản xuất xuất khẩu
Có hệ thống kiểm soát kế toán – hải quan tốt
Muốn tối ưu thuế nhập khẩu và GTGT
Chọn FDI thông thường khi:
Có kế hoạch kinh doanh nội địa
Cần sự linh hoạt trong mua bán
Không muốn bị ràng buộc bởi cơ chế phi thuế quan

9. Kết luận

Doanh nghiệp EPE và doanh nghiệp FDI thông thường khác nhau không chỉ về tên gọi mà còn về bản chất pháp lý, cơ chế thuế, hải quan và cách tổ chức kế toán. Việc lựa chọn và vận hành đúng mô hình ngay từ đầu đóng vai trò then chốt trong việc giảm rủi ro, tối ưu chi phí và đảm bảo tuân thủ pháp luật.