Cẩm nang toàn diện về giao dịch liên kết và bí quyết tránh bẫy truy thu thuế cho doanh nghiệp

Trong bối cảnh hội nhập sâu rộng, các doanh nghiệp ngày càng phát sinh nhiều giao dịch mang tính chất xuyên biên giới và nội bộ tập đoàn. Giao dịch liên kết – một khái niệm không còn xa lạ – đã trở thành chủ đề quan trọng trong quản trị thuế và tuân thủ pháp luật tại Việt Nam.
Công ty TNHH Kế toán - Kiểm toán AGS, một trong những đơn vị hàng đầu chuyên cung cấp dịch vụ kế toán, kiểm toán và tư vấn thuế - tài chính, luôn đặt trọng tâm vào việc cập nhật và chia sẻ kiến thức chuyên môn thiết thực.

Với chất lượng dịch vụ uy tín cùng bề dày kinh nghiệm, AGS không ngừng hỗ trợ các cá nhân trong tổ chức nâng cao hiểu biết, bắt kịp thay đổi pháp lý, đặc biệt trong lĩnh vực giao dịch liên kết – vốn ngày càng được kiểm soát chặt chẽ bởi cơ quan thuế.
Trong bài viết này, AGS sẽ cùng bạn tìm hiểu tổng quan về giao dịch liên kết, các quy định pháp lý hiện hành cũng như những điểm cập nhật quan trọng trong năm 2025.

1. Bản chất của giao dịch liên kết

Để hiểu rõ về giao dịch liên kết, trước hết chúng ta cần làm rõ định nghĩa pháp lý cũng như bản chất kinh tế đằng sau mối quan hệ này.
Theo quy định tại khoản 22 Điều 3 Luật Quản lý thuế 2019, giao dịch liên kết được hiểu là các giao dịch phát sinh giữa các bên có quan hệ liên kết với nhau trong quá trình sản xuất, kinh doanh.

Cụ thể hơn, các bên có quan hệ liên kết là các doanh nghiệp, tổ chức cùng thuộc một hệ thống tập đoàn, hoặc có sự ràng buộc chặt chẽ với nhau thông qua các tiêu chí cốt lõi bao gồm: quyền sở hữu vốn góp, quyền kiểm soát điều hành nhân sự, hoặc chịu ảnh hưởng mang tính chất quyết định từ một bên thứ ba.
Theo khoản 1 Điều 5 Nghị định 132/2020/NĐ-CP, mối quan hệ này thường được chia thành hai nhánh chính:

• Một bên tham gia trực tiếp hoặc gián tiếp vào công tác điều hành, kiểm soát, góp vốn hoặc đầu tư vào bên còn lại.
  
• Các bên cùng chịu sự điều hành, kiểm soát, góp vốn hoặc đầu tư một cách trực tiếp hoặc gián tiếp từ một bên thứ ba khác.
  

Bản chất kinh tế của giao dịch liên kết nằm ở chỗ: do các bên có mối liên hệ đặc biệt về lợi ích, các giao dịch mua bán, trao đổi, vay mượn giữa họ không hoàn toàn tuân theo cơ chế thị trường tự do.

Một tập đoàn có thể chủ động định giá hàng hóa, dịch vụ giữa các công ty thành viên cao hơn hoặc thấp hơn giá thị trường nhằm mục đích dịch chuyển lợi nhuận từ nơi có thuế suất cao sang nơi có thuế suất thấp (hoặc nơi đang được ưu đãi thuế), từ đó làm giảm tổng nghĩa vụ thuế của cả tập đoàn. Chính vì vậy, pháp luật thuế yêu cầu các giao dịch này phải được theo dõi, kê khai và điều chỉnh theo những nguyên tắc hết sức đặc thù.

2. Tiêu chí xác định các bên có quan hệ liên kết

Quy định pháp lý tại Việt Nam, cụ thể là khoản 2 Điều 5 Nghị định 132/2020/NĐ-CP, đã định lượng rất rõ ràng các trường hợp được xem là có quan hệ liên kết. Việc nắm vững các tiêu chí định lượng và định tính này giúp doanh nghiệp tự rà soát xem mình có thuộc đối tượng phải kê khai giao dịch liên kết hay không. Các trường hợp điển hình bao gồm:

Tiêu chí về tỷ lệ nắm giữ vốn góp và cổ phần

• Trường hợp 1: Một doanh nghiệp nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp tối thiểu 25% vốn góp của chủ sở hữu đối với doanh nghiệp kia.

• Trường hợp 2: Cả hai doanh nghiệp đều có tối thiểu 25% vốn góp của chủ sở hữu do một bên thứ ba nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp.

• Trường hợp 3: Một doanh nghiệp là cổ đông lớn nhất về vốn góp của chủ sở hữu và đồng thời nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 10% tổng số cổ phần của doanh nghiệp kia.

Tiêu chí về quan hệ vay vốn và bảo lãnh tài chính

Đây là một trong những tiêu chí mà rất nhiều doanh nghiệp nội địa Việt Nam dễ rơi vào diện liên kết nhất mà không hề hay biết. Cụ thể:

• Trường hợp 4: Một doanh nghiệp bảo lãnh hoặc cho một doanh nghiệp khác vay vốn dưới bất kỳ hình thức nào, với điều kiện khoản vốn vay ít nhất bằng 25% vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp đi vay và đồng thời chiếm trên 50% tổng giá trị các khoản nợ trung và dài hạn của doanh nghiệp đi vay.

Tiêu chí về điều hành, kiểm soát nhân sự và hoạt động

• Trường hợp 5: Một doanh nghiệp chỉ định thành viên ban lãnh đạo điều hành hoặc nắm quyền kiểm soát của một doanh nghiệp khác, với số lượng thành viên được chỉ định chiếm trên 50% tổng số thành viên ban lãnh đạo hoặc một thành viên được chỉ định có quyền quyết định trực tiếp các chính sách tài chính, hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp thứ hai.

• Trường hợp 6: Hai doanh nghiệp cùng có trên 50% thành viên ban lãnh đạo hoặc cùng có một thành viên ban lãnh đạo có quyền quyết định các chính sách tài chính, hoạt động kinh doanh được chỉ định bởi một bên thứ ba.

Tiêu chí về mối quan hệ gia đình và cá nhân

• Trường hợp 7: Hai doanh nghiệp được điều hành hoặc chịu sự kiểm soát về nhân sự, tài chính, hoạt động kinh doanh bởi các cá nhân có mối quan hệ gia đình ruột thịt gần gũi, bao gồm: vợ, chồng; cha mẹ, con cái; anh chị em ruột; ông bà, cháu; cô, dì, chú, bác, cậu và cháu ruột.

• Trường hợp 8: Các doanh nghiệp chịu sự kiểm soát của một cá nhân thông qua vốn góp của cá nhân này vào doanh nghiệp đó hoặc cá nhân đó trực tiếp tham gia điều hành doanh nghiệp.

Các hình thức tổ chức và kiểm soát thực tế khác

• Trường hợp 9: Hai cơ sở kinh doanh có mối quan hệ giữa trụ sở chính và cơ sở thường trú, hoặc cùng là các cơ sở thường trú của một tổ chức, cá nhân nước ngoài.

• Trường hợp 10: Các trường hợp khác mà trên thực tế doanh nghiệp chịu sự điều hành, kiểm soát, quyết định đối với hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp kia.

3. Các loại giao dịch liên kết phổ biến trong doanh nghiệp

Trong hoạt động vận hành hằng ngày của các tập đoàn, giao dịch liên kết có biểu hiện rất đa dạng ở nhiều loại hình tài sản và dịch vụ khác nhau:

• Mua bán, trao đổi hàng hóa, vật tư, nguyên vật liệu: Phổ biến ở các doanh nghiệp sản xuất FDI, khi họ nhập khẩu nguyên liệu từ công ty mẹ ở nước ngoài hoặc xuất khẩu thành phẩm cho các công ty phân phối cùng tập đoàn trên toàn cầu.

• Cung cấp và sử dụng dịch vụ: Bao gồm dịch vụ quản lý doanh nghiệp, hỗ trợ kỹ thuật, dịch vụ tiếp thị, nghiên cứu thị trường, hỗ trợ công nghệ thông tin được chia sẻ giữa các bên liên kết.

• Cho thuê, cho mượn tài sản: Việc điều động máy móc, thiết bị, nhà xưởng hoặc phương tiện vận tải giữa các doanh nghiệp thành viên để tối ưu hóa công suất sử dụng.

• Chuyển giao tài sản vô hình: Giao dịch nhượng quyền thương mại (franchise), chuyển giao công nghệ, bản quyền phần mềm, công thức sáng chế hoặc sử dụng nhãn hiệu hàng hóa độc quyền.

• Giao dịch tài chính (vay, cho vay, bảo lãnh): Các hoạt động điều chuyển dòng tiền nội bộ tập đoàn, công ty mẹ cho công ty con vay vốn lưu động hoặc đứng ra bảo lãnh các khoản vay tại ngân hàng thương mại.

• Thỏa thuận chia sẻ chi phí (Cost Contribution Arrangements - CCA): Các bên liên kết cùng nhau góp vốn, tài sản hoặc lao động để cùng nghiên cứu phát triển (R&D) hoặc khai thác một nguồn lực chung, sau đó phân bổ chi phí dựa trên lợi ích kỳ vọng thu được.

4. Khung pháp lý điều chỉnh giao dịch liên kết tại Việt Nam

Hệ thống văn bản pháp lý kiểm soát giao dịch liên kết tại Việt Nam ngày càng hoàn thiện, chặt chẽ và tiệm cận với các tiêu chuẩn quốc tế (như hướng dẫn của OECD về giá chuyển nhượng).

Nguyên tắc xác định giá độc lập

Theo quy định tại khoản 5 Điều 42 Luật Quản lý thuế 2019, tất cả các giao dịch liên kết đều phải tuân thủ nghiêm ngặt nguyên tắc giao dịch độc lập (Arm's Length Principle).

Nghĩa là, mức giá hoặc tỷ suất lợi nhuận áp dụng trong giao dịch giữa các bên liên kết phải tương đương với mức giá hoặc tỷ suất lợi nhuận áp dụng trong các giao dịch tương đương giữa các bên hoàn toàn độc lập, diễn ra trong các điều kiện thị trường tương tự. Pháp luật quy định rõ ràng rằng các thỏa thuận liên kết không được làm giảm thu nhập chịu thuế hoặc làm tăng chi phí được trừ một cách bất hợp lý của người nộp thuế tại Việt Nam.

Quy định về trần chi phí lãi vay được trừ

Một điểm cực kỳ quan trọng được kế thừa và quy định rõ tại Nghị định 132/2020/NĐ-CP là việc khống chế trần chi phí lãi vay được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với đơn vị có phát sinh giao dịch liên kết.

Công thức tính toán chi phí lãi vay được trừ tuân theo nguyên tắc sau:
Tổng chi phí lãi vay ròng sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay được trừ vào chi phí hợp lý không vượt quá 30% của tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh cộng chi phí lãi vay ròng cộng chi phí khấu hao trong kỳ (hay còn gọi là chỉ số EBITDA điều chỉnh). Phần chi phí lãi vay vượt mức 30% này sẽ bị loại khỏi chi phí được trừ khi tính thuế TNDN trong kỳ, nhưng doanh nghiệp được phép chuyển sang các kỳ tính thuế tiếp theo liên tục không quá 05 năm.

Các trường hợp được miễn trừ và đơn giản hóa thủ tục kê khai

Không phải tất cả doanh nghiệp có quan hệ liên kết đều phải thực hiện toàn bộ các thủ tục lập hồ sơ chứng minh giá chuyển nhượng phức tạp. Nghị định 132/2020/NĐ-CP quy định một số trường hợp được miễn lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, ví dụ như:

• Doanh nghiệp chỉ phát sinh giao dịch với các bên liên kết đều là đối tượng nộp thuế TNDN tại Việt Nam, áp dụng cùng một mức thuế suất thuế TNDN và đồng thời không bên nào thuộc diện được hưởng ưu đãi thuế trong kỳ tính thuế đó.
  
• Doanh nghiệp đáp ứng các tiêu chí về quy mô doanh thu (dưới 50 tỷ đồng) và tổng giá trị giao dịch liên kết phát sinh trong kỳ thấp (dưới 30 tỷ đồng).
  
• Doanh nghiệp thực hiện đơn giản hóa dựa trên việc đạt được các tỷ suất lợi nhuận thuần theo quy định cụ thể của ngành nghề (phân phối, sản xuất, gia công).
  

Tuy nhiên, cần đặc biệt chú ý rằng việc được miễn lập hồ sơ xác định giá không đồng nghĩa với việc được miễn kê khai. Doanh nghiệp vẫn bắt buộc phải kê khai đầy đủ các thông tin và căn cứ miễn trừ của mình vào các Phụ lục đính kèm tờ khai quyết toán thuế TNDN.

5. Hướng dẫn chi tiết quy trình kê khai và lập hồ sơ

Công tác tuân thủ nghĩa vụ kê khai giao dịch liên kết đòi hỏi sự chuẩn xác về mặt số liệu tài chính và tuân thủ chặt chẽ về mặt thời gian.

Các phụ lục bắt buộc phải nộp

Khi thực hiện quyết toán thuế TNDN hằng năm, người nộp thuế có phát sinh giao dịch liên kết phải lập và nộp bộ phụ lục kèm theo bao gồm:

• Phụ lục I: Kê khai thông tin về quan hệ liên kết và các thông tin tóm tắt về giá trị giao dịch liên kết.
• Phụ lục II: Danh mục các thông tin, tài liệu cần cung cấp tại Hồ sơ quốc gia.
• Phụ lục III: Danh mục các thông tin, tài liệu cần cung cấp tại Hồ sơ toàn cầu.
• Phụ lục IV: Bản kê khai thông tin Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia.

Thời hạn nộp các phụ lục này trùng với thời hạn nộp Tờ khai quyết toán thuế TNDN năm (chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính).

Cấu trúc bộ Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (Transfer Pricing Documentation)

Bên cạnh việc nộp các phụ lục trực tuyến, doanh nghiệp thuộc đối tượng bắt buộc phải tự lập và lưu trữ bộ Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết tại văn phòng. Bộ hồ sơ này là bằng chứng pháp lý cao nhất để giải trình với cơ quan thuế khi có thanh tra, kiểm tra, bao gồm 3 cấu phần:

• Hồ sơ quốc gia (Local File): Mô tả chi tiết về thực tế hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp tại Việt Nam, chuỗi cung ứng, chiến lược cạnh tranh, danh sách các đối thủ độc lập so sánh và phương pháp xác định giá được lựa chọn (phương pháp so sánh giá giao dịch độc lập, phương pháp giá bán lại, phương pháp giá vốn cộng lãi, hoặc phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận...).

• Hồ sơ toàn cầu (Master File): Cung cấp bức tranh toàn cảnh về mô hình hoạt động kinh doanh toàn cầu của toàn bộ tập đoàn, sơ đồ sở hữu, nguồn thu nhập, các tài sản vô hình cốt lõi và chính sách phân bổ tài chính của tập đoàn.

• Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR - Country-by-Country Report): Báo cáo phân bổ chi tiết về doanh thu, lợi nhuận, số thuế thu nhập đã nộp và hoạt động kinh doanh thực tế của từng thực thể thành viên tập đoàn ở từng quốc gia.

6. Case study thực tế: Bài học xương máu từ việc bị truy thu thuế do sai sót hồ sơ liên kết

Để giúp các doanh nghiệp cái nhìn trực quan hơn về mức độ nghiêm trọng khi vi phạm quy định về giao dịch liên kết, hãy cùng phân tích một trường hợp thực tế của một doanh nghiệp FDI hoạt động trong lĩnh vực sản xuất linh kiện điện tử tại Việt Nam.
Doanh nghiệp này trong kỳ thanh tra thuế đã bị cơ quan quản lý loại bỏ hơn 20 tỷ đồng chi phí được trừ và ra quyết định truy thu, phạt vi phạm hành chính, tính tiền chậm nộp với tổng số tiền lên đến 8,2 tỷ đồng.

Điều đáng nói ở đây là toàn bộ các giao dịch của doanh nghiệp đều dựa trên chi phí có thật, hoạt động mua bán thật và không có dấu hiệu gian lận trốn thuế bằng hóa đơn bất hợp pháp. Lỗi lớn nhất khiến doanh nghiệp chịu tổn thất tài chính nặng nề xuất phát hoàn toàn từ những sai sót nghiêm trọng trong công tác giải trình và thiết lập hồ sơ giao dịch liên kết.

Sai lầm trong việc chứng minh phí dịch vụ quản lý nội bộ tập đoàn

Doanh nghiệp phát sinh khoản chi trả chi phí quản lý doanh nghiệp và hỗ trợ kỹ thuật cho công ty mẹ ở nước ngoài với số tiền hàng chục tỷ đồng mỗi năm. Mặc dù hợp đồng dịch vụ được ký kết rất đầy đủ, dòng tiền thanh toán qua ngân hàng quốc tế rõ ràng, nhưng khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình, doanh nghiệp đã thất bại hoàn toàn vì phạm phải nguyên tắc: "Chi phí có thật, nhưng không chứng minh được lợi ích thực tế đem lại cho hoạt động kinh doanh tại Việt Nam".

Doanh nghiệp không lưu trữ các bằng chứng chứng minh dịch vụ đã thực sự được thực hiện, ví dụ như: danh sách email trao đổi công việc, biên bản nghiệm thu chi tiết từng đợt hỗ trợ kỹ thuật, nhật ký làm việc của các chuyên gia nước ngoài, hoặc tài liệu đào tạo công nghệ. Do đó, toàn bộ khoản chi phí này bị cơ quan thuế đánh giá là không phục vụ trực tiếp cho hoạt động tạo ra doanh thu chịu thuế tại Việt Nam và bị loại bỏ thẳng tay khỏi chi phí hợp lý khi tính thuế TNDN.

Sai lầm trong việc lựa chọn đối tượng so sánh độc lập

Trong bộ Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (Local File) tự lập, doanh nghiệp đã lựa chọn phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận và chọn ra một danh sách gồm 5 doanh nghiệp độc lập để làm cơ sở chứng minh tỷ suất lợi nhuận của mình là phù hợp với thị trường. Tuy nhiên, khi kiểm tra dữ liệu, cơ quan thuế đã bác bỏ toàn bộ danh sách này do doanh nghiệp chọn sai tiêu chí bộ mã ngành kinh doanh, quy mô vốn và các đặc tính về điều kiện rủi ro kinh tế của các công ty so sánh không tương đồng.

Sau khi bác bỏ cơ sở dữ liệu của doanh nghiệp, cơ quan thuế đã sử dụng quyền ấn định thuế, áp dụng cơ sở dữ liệu độc quyền của ngành thuế để ấn định lại mức tỷ suất lợi nhuận ngành, dẫn đến kết quả doanh nghiệp bị tăng số thuế TNDN phải nộp một cách đáng kể.
Bài học rút ra cho các doanh nghiệp là:

• Luôn xây dựng hệ thống chứng từ, bằng chứng (chứng cứ chứng minh dòng dịch vụ) một cách liên tục và chặt chẽ đối với mọi giao dịch nội bộ.
  
• Việc lập hồ sơ giao dịch liên kết cần được thực hiện bởi các chuyên gia có kinh nghiệm sâu sắc để đảm bảo tính logic, khoa học và khả năng bảo vệ thành công số liệu trước cơ quan thanh tra.
  

7. Giải pháp quản trị rủi ro giao dịch liên kết hiệu quả cho doanh nghiệp

Để chủ động ứng phó và giảm thiểu các rủi ro tiềm ẩn liên quan đến giao dịch liên kết, ban điều hành doanh nghiệp nên áp dụng đồng bộ các giải pháp sau:

• Tự rà soát (Health Check) định kỳ: Kế toán doanh nghiệp cần phối hợp với các đơn vị tư vấn độc lập để kiểm tra lại toàn bộ hệ thống hợp đồng, cấu trúc sở hữu vốn và các khoản vay nhằm phát hiện sớm các mối quan hệ liên kết vô tình phát sinh trong năm tài chính.

• Xây dựng chính sách giá nội bộ vững chắc: Ngay từ đầu năm tài chính, tập đoàn cần lập khung chính sách giá chuyển nhượng nội bộ rõ ràng, đảm bảo biên lợi nhuận của công ty con tại Việt Nam nằm trong khoảng quartile (khoảng giao dịch độc lập) an toàn của thị trường.

• Chuẩn bị hồ sơ chứng minh từ sớm: Đừng đợi đến khi có quyết định thanh tra thuế mới bắt đầu cuống cuồng lập hồ sơ. Hãy hoàn thiện bộ Hồ sơ quốc gia và Hồ sơ toàn cầu song song với tiến độ khóa sổ báo cáo tài chính hằng năm.

• Áp dụng Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá (APA): Đối với các tập đoàn lớn có các giao dịch liên kết phức tạp và kéo dài, doanh nghiệp có thể cân nhắc nộp đơn xin áp dụng cơ chế APA với cơ quan thuế để đạt được sự thống nhất trước về phương pháp định giá, từ đó có được sự an toàn và ổn định tuyệt đối về mặt pháp lý thuế trong dài hạn.

Giao dịch liên kết luôn là một bài toán khó nhưng hoàn toàn có thể giải được nếu doanh nghiệp chủ động tiếp cận bằng sự thấu hiểu luật pháp và một chiến lược quản trị minh bạch, bài bản.

Công ty AGS cảm ơn bạn đã dành thời gian để đọc bài viết này. Hy vọng bạn đã có được những thông tin bổ ích. Hãy tiếp tục theo dõi chúng tôi để cập nhật thêm nhiều thông tin cũng như cơ hội việc làm tại AGS nhé.

Nguồn: https://thuvienphapluat.vn/phap-luat-doanh-nghiep/cau-hoi-thuong-gap/giao-dich-lien-ket-la-gi-cach-xac-dinh-giao-dich-lien-ket-6216.html

Thông tin khác