Giao dịch liên kết: Quy định và Hướng dẫn mới nhất 2025

AGS MINH ADI

5 thg 5, 2025

Trong bối cảnh hội nhập sâu rộng, các doanh nghiệp ngày càng phát sinh nhiều giao dịch mang tính chất xuyên biên giới và nội bộ tập đoàn. Giao dịch liên kết – một khái niệm không còn xa lạ – đã trở thành chủ đề quan trọng trong quản trị thuế và tuân thủ pháp luật tại Việt Nam.

Công ty TNHH Kế toán - Kiểm toán AGS, một trong những đơn vị hàng đầu chuyên cung cấp dịch vụ kế toán, kiểm toán và tư vấn thuế - tài chính, luôn đặt trọng tâm vào việc cập nhật và chia sẻ kiến thức chuyên môn thiết thực. Với chất lượng dịch vụ uy tín cùng bề dày kinh nghiệm, AGS không ngừng hỗ trợ các cá nhân trong tổ chức nâng cao hiểu biết, bắt kịp thay đổi pháp lý, đặc biệt trong lĩnh vực giao dịch liên kết – vốn ngày càng được kiểm soát chặt chẽ bởi cơ quan thuế.

Trong bài viết này, AGS sẽ cùng bạn tìm hiểu tổng quan về giao dịch liên kết, các quy định pháp lý hiện hành cũng như những điểm cập nhật quan trọng trong năm 2025.

Giao dịch liên kết: Quy định và Hướng dẫn mới nhất 2025

1. Giao dịch liên kết là gì?

Giao dịch liên kết (related party transaction) là các giao dịch phát sinh giữa các bên có quan hệ liên kết với nhau. Theo khoản 22 Điều 3 Luật Quản lý thuế 2019, giao dịch liên kết là giao dịch giữa các bên có quan hệ liên kết. Quan hệ liên kết được xác định dựa trên các tiêu chí về sở hữu vốn, quyền kiểm soát, mối quan hệ gia đình hoặc các hình thức kiểm soát khác.

Cụ thể, theo khoản 1 Điều 5 Nghị định 132/2020/NĐ-CP, các bên có quan hệ liên kết là các bên có mối quan hệ thuộc một trong các trường hợp:

Một bên tham gia trực tiếp hoặc gián tiếp vào việc điều hành, kiểm soát, góp vốn hoặc đầu tư vào bên kia.
Các bên trực tiếp hay gián tiếp cùng chịu sự điều hành, kiểm soát, góp vốn hoặc đầu tư của một bên khác.

Như vậy, giao dịch liên kết là giao dịch giữa các bên có mối quan hệ đặc biệt, có thể ảnh hưởng đến giá cả và lợi nhuận của các bên liên quan.

2. Các trường hợp được xem là có quan hệ liên kết

Theo khoản 2 Điều 5 Nghị định 132/2020/NĐ-CP, các trường hợp được xem là có quan hệ liên kết bao gồm:

Một doanh nghiệp nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp kia.
Cả hai doanh nghiệp đều có ít nhất 25% vốn góp của chủ sở hữu do một bên thứ ba nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp.
Một doanh nghiệp là cổ đông lớn nhất về vốn góp của chủ sở hữu và nắm giữ trực tiếp hoặc gián tiếp ít nhất 10% tổng số cổ phần của doanh nghiệp kia.
Một doanh nghiệp bảo lãnh hoặc cho một doanh nghiệp khác vay vốn dưới bất kỳ hình thức nào với điều kiện khoản vốn vay ít nhất bằng 25% vốn góp của chủ sở hữu của doanh nghiệp đi vay và chiếm trên 50% tổng giá trị các khoản nợ trung và dài hạn của doanh nghiệp đi vay.
Một doanh nghiệp chỉ định thành viên ban lãnh đạo điều hành hoặc nắm quyền kiểm soát của một doanh nghiệp khác với điều kiện số lượng các thành viên được doanh nghiệp thứ nhất chỉ định chiếm trên 50% tổng số thành viên ban lãnh đạo điều hành hoặc nắm quyền kiểm soát của doanh nghiệp thứ hai; hoặc một thành viên được doanh nghiệp thứ nhất chỉ định có quyền quyết định các chính sách tài chính hoặc hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp thứ hai.
Hai doanh nghiệp cùng có trên 50% thành viên ban lãnh đạo hoặc cùng có một thành viên ban lãnh đạo có quyền quyết định các chính sách tài chính hoặc hoạt động kinh doanh được chỉ định bởi một bên thứ ba.
Hai doanh nghiệp được điều hành hoặc chịu sự kiểm soát về nhân sự, tài chính và hoạt động kinh doanh bởi các cá nhân có mối quan hệ gia đình như vợ, chồng; cha mẹ; con cái; anh chị em ruột; ông bà; cháu; cô, dì, chú, bác, cậu và cháu ruột.
Hai cơ sở kinh doanh có mối quan hệ trụ sở chính và cơ sở thường trú hoặc cùng là cơ sở thường trú của tổ chức, cá nhân nước ngoài.
Các doanh nghiệp chịu sự kiểm soát của một cá nhân thông qua vốn góp của cá nhân này vào doanh nghiệp đó hoặc trực tiếp tham gia điều hành doanh nghiệp.
Các trường hợp khác trong đó doanh nghiệp chịu sự điều hành, kiểm soát, quyết định trên thực tế đối với hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp kia.

3. Các loại giao dịch liên kết phổ biến

Các giao dịch liên kết thường gặp trong thực tế bao gồm:

Mua, bán, trao đổi hàng hóa, dịch vụ giữa các bên liên kết.
Cho thuê, mượn tài sản giữa các bên liên kết.
Chuyển giao, chuyển nhượng tài sản hữu hình và vô hình.
Vay, cho vay, bảo lãnh tài chính và các dịch vụ tài chính khác.
Thỏa thuận chia sẻ chi phí, sử dụng chung nguồn lực như tài sản, vốn, lao động.
Các giao dịch khác có thể ảnh hưởng đến lợi nhuận chịu thuế của các bên liên kết.

Việc xác định và quản lý các giao dịch liên kết là cần thiết để đảm bảo tính minh bạch và công bằng trong hoạt động kinh doanh, cũng như tuân thủ các quy định pháp luật về thuế.

4. Quy định pháp luật về giao dịch liên kết

4.1 Nguyên tắc xác định giá giao dịch liên kết

Theo khoản 5 Điều 42 Luật Quản lý thuế 2019, nguyên tắc xác định giá giao dịch liên kết là:

Giá giao dịch liên kết phải được xác định theo nguyên tắc độc lập, tức là giá được xác định như giữa các bên không có quan hệ liên kết trong điều kiện tương tự.
Không làm giảm thu nhập chịu thuế và không làm tăng chi phí được trừ của người nộp thuế.

Người nộp thuế có trách nhiệm kê khai, xác định giá giao dịch liên kết và thực hiện kê khai thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết theo các phụ lục ban hành kèm theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP.

4.2 Miễn trừ và đơn giản hóa kê khai

Theo quy định tại Nghị định 132/2020/NĐ-CP, người nộp thuế được miễn kê khai xác định giá giao dịch liên kết và lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết trong các trường hợp sau:

Chỉ phát sinh giao dịch với các bên liên kết là đối tượng nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tại Việt Nam, áp dụng cùng mức thuế suất và không bên nào được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.
Doanh nghiệp có quy mô nhỏ, rủi ro về thuế thấp theo quy định của pháp luật.

Tuy nhiên, người nộp thuế vẫn phải kê khai căn cứ miễn trừ tại các mục tương ứng trong phụ lục ban hành kèm theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP.

5. Hướng dẫn thực hiện kê khai giao dịch liên kết

5.1 Hồ sơ kê khai

Người nộp thuế có phát sinh giao dịch liên kết phải lập và nộp các phụ lục sau cùng với tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp:

Phụ lục I: Thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết.
Phụ lục II: Danh sách các giao dịch liên kết và phương pháp xác định giá giao dịch liên kết.
Phụ lục III: Thông tin về phương pháp xác định giá giao dịch liên kết và các tài liệu liên quan.

Thời hạn nộp các phụ lục này là cùng thời điểm nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp hàng năm.

5.2 Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết

Ngoài việc kê khai, người nộp thuế còn phải lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, bao gồm:

Hồ sơ quốc gia: Thông tin về hoạt động kinh doanh, cơ cấu tổ chức, chiến lược kinh doanh và các giao dịch liên kết của người nộp thuế tại Việt Nam.
Hồ sơ toàn cầu: Thông tin về hoạt động kinh doanh, cơ cấu tổ chức, chiến lược kinh doanh và các giao dịch liên kết của tập đoàn hoặc nhóm công ty mà người nộp thuế là thành viên.
Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia: Thông tin về doanh thu, lợi nhuận và thuế thu nhập của từng thành viên trong tập đoàn hoặc nhóm công ty.

Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết phải được lập đầy đủ và lưu giữ tại doanh nghiệp để cung cấp cho cơ quan thuế khi có yêu cầu.

Case study: Doanh nghiệp bị truy thu thuế do giao dịch liên kết

Một doanh nghiệp FDI trong lĩnh vực sản xuất linh kiện tử bị cơ quan thuế thanh tra. Tuy rằng là chi phí thật, giao dịch thật nhưng doanh nghiệp vẫn bị loại hơn 20 tỷ đồng chi phí và truy thu - phạt - chậm nộp tổng công 8,2 tỷ đồng.
Nguyên nhân không phải do gian lận. mà do sai sót trong kê khai và hồ sơ giao dịch liên kết.

1. Nguyên nhân 1: Không chứng minh được phí dịch vụ nội bộ

“Chi phí có thật, nhưng không chứng minh được lợi ích thực tế”.
Doanh nghiệp chi phí quản lý và hỗ trợ kỹ thuật cho công ty mẹ nước ngoài. Nhưng khi thanh tra yêu cầu hồ sơ:

- Không có báo cáo chi tiết dịch vụ,
- Không có email hay bằng chứng thực hiện,
- Không chứng minh được nhân sự nào, thời gian nào thực hiện dịch vụ.

Vì vậy, cơ quan thuế đã loại toàn bộ chi phí hơn 12 tỷ đồng vì “không chứng minh được lợi ích”.

2. Nguyên nhân 2: Không lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết

“Có giao dịch mà không lập hồ sơ, thì sẽ bị ấn định thuế”.
Doanh nghiệp phát sinh giao dịch vay vốn nội bộ và mua linh kiện từ công ty liên kết.
Nhưng:

- Không lập hồ sơ Local file,
- Không nộp Master file khi được yêu cầu,
- Không có báo cáo so sánh giá thị trường (Benchmarking).

Kết quả, cơ quan thuế ấn định lại tỷ suất lợi nhuận 5% doanh thu, khiến thu nhập chịu thuế tăng thêm 15 tỷ đồng.

Sai 1 bước - Mất cả quả trình

Bài học rút ra ở đây là gì?

- Kê khai đúng thôi chưa đủ, doanh nghiệp phải có hồ sơ chứng minh hợp lý.
- Chi phí thật thôi chưa đủ, phải có chứng cứ dịch vụ và lợi ích kinh tế.
- Không lập hồ sơ theo chuẩn OECD, rủi ro ấn định thuế là chắc chắn.

Công ty AGS cảm ơn bạn đã dành thời gian để đọc bài viết này. Hy vọng bạn đã có được những thông tin bổ ích. Hãy tiếp tục theo dõi chúng tôi để cập nhật thêm nhiều thông tin cũng như cơ hội việc làm tại AGS nhé.