Hệ thống tài khoản theo Thông tư 99/2025/TT-BTC và tác động đến kiểm soát nội bộ doanh nghiệp

HCM THANH ADI

9 thg 12, 2025

Ngày 27/10/2025, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 99/2025/TT-BTC về chế độ kế toán doanh nghiệp, có hiệu lực từ ngày 01/01/2026, thay thế cho Thông tư 200/2014/TT-BTC. Một trong những nội dung quan trọng nhất của Thông tư 99/2025/TT-BTC là Hệ thống tài khoản kế toán mới được quy định tại Phụ lục II, kèm theo nhiều thay đổi liên quan đến quy trình kế toán, lưu trữ chứng từ và yêu cầu kiểm soát nội bộ.

Sự thay đổi này không chỉ mang tính kỹ thuật trong hạch toán mà còn ảnh hưởng toàn diện đến hệ thống kiểm soát nội bộ (KSNB), quy trình vận hành, phân quyền và cả hệ thống phần mềm kế toán của doanh nghiệp.

1. Những điểm mới nổi bật của Hệ thống tài khoản theo Thông tư 99/2025/TT-BTC

Thông tư 99/2025/TT-BTC đã thiết kế lại cấu trúc Hệ thống tài khoản kế toán theo hướng hiện đại, phù hợp hơn với sự thay đổi của môi trường kinh doanh, chính sách thuế và định hướng hội nhập chuẩn mực kế toán quốc tế. Những điểm mới nổi bật của hệ thống tài khoản được thể hiện qua các nội dung sau:

Cập nhật và bổ sung danh mục tài khoản mới: Thông tư bổ sung một số tài khoản nhằm phản ánh kịp thời các nghiệp vụ kinh tế phát sinh trong bối cảnh mới, tiêu biểu như các tài khoản liên quan đến tài sản sinh học và chi phí thuế theo cơ chế thuế tối thiểu toàn cầu. Đồng thời, một số tài khoản hiện hành được gộp, tách hoặc đổi tên nhằm đảm bảo phản ánh đúng bản chất kinh tế của nghiệp vụ, hạn chế trùng lặp và nâng cao tính thống nhất trong ghi nhận kế toán.

Quy chuẩn rõ hơn hệ thống tài khoản cấp 1 và cấp 2: Hệ thống tài khoản được thiết kế gồm khoảng 71 tài khoản cấp 1, kèm theo nhiều tài khoản cấp 2 và cấp 3 với nội dung, kết cấu và nguyên tắc hạch toán được mô tả chi tiết hơn so với trước đây. Việc quy chuẩn này giúp doanh nghiệp phân loại nghiệp vụ chính xác, nâng cao tính minh bạch, đồng thời tăng khả năng so sánh thông tin tài chính giữa các kỳ và giữa các doanh nghiệp.

Tăng tính linh hoạt trong thiết kế tài khoản chi tiết: Thông tư 99 cho phép doanh nghiệp chủ động mở thêm các tài khoản cấp thấp hơn để phục vụ yêu cầu quản trị nội bộ, phân tích chi tiết chi phí, doanh thu hoặc tài sản, với điều kiện việc mở rộng này không trái với kết cấu và nội dung phản ánh của tài khoản gốc. Quy định này góp phần vừa đảm bảo tính thống nhất của hệ thống tài khoản, vừa tạo sự linh hoạt phù hợp với đặc thù hoạt động của từng doanh nghiệp.

2. Tác động tới công tác hạch toán kế toán.

Việc thay đổi Hệ thống tài khoản theo Thông tư 99/2025/TT-BTC kéo theo nhiều điều chỉnh quan trọng trong công tác hạch toán kế toán hằng ngày của doanh nghiệp, thể hiện cụ thể qua các nội dung sau:

Chuyển đổi mã tài khoản (mapping) từ hệ thống cũ sang hệ thống mới: Đây là bước bắt buộc khi áp dụng Thông tư 99. Doanh nghiệp cần thực hiện kiểm tra, đối chiếu số dư các tài khoản, đảm bảo việc chuyển đổi đúng bản chất nghiệp vụ và số liệu chính xác; đồng thời chạy thử hệ thống trước khi áp dụng chính thức để hạn chế sai sót.
Thay đổi kết cấu báo cáo tài chính và báo cáo nội bộ: Hệ thống chỉ tiêu được thiết kế lại theo tài khoản mới dẫn đến việc doanh nghiệp phải cập nhật mẫu biểu báo cáo, điều chỉnh cách tổng hợp và trình bày số liệu để đảm bảo phù hợp và nhất quán với quy định mới.
Chuẩn hóa quy trình ghi sổ và quản lý chứng từ: Một số tài khoản mới yêu cầu thông tin chi tiết hơn, do đó công tác lập, luân chuyển và lưu trữ chứng từ kế toán cần được chuẩn hóa, đảm bảo đầy đủ dữ liệu phục vụ hạch toán và kiểm tra, đối chiếu.
Cập nhật phần mềm kế toán/ERP: Các phần mềm kế toán và hệ thống ERP phải được chỉnh sửa, bổ sung danh mục tài khoản mới, đồng thời điều chỉnh logic hạch toán để đảm bảo ghi nhận tự động đúng quy định của Thông tư 99.

Nhìn chung, những thay đổi trên đòi hỏi doanh nghiệp phải có sự chuẩn bị đồng bộ và phối hợp chặt chẽ giữa bộ phận kế toán, bộ phận công nghệ thông tin và ban quản lý, nhằm đảm bảo quá trình chuyển đổi diễn ra suôn sẻ và hạn chế rủi ro sai sót trong giai đoạn áp dụng ban đầu.

3. Tác động đến hệ thống kiểm soát nội bộ doanh nghiệp

Không chỉ dừng lại ở việc thay đổi kỹ thuật hạch toán, Thông tư 99/2025/TT-BTC còn tạo ra những tác động đáng kể đến hệ thống kiểm soát nội bộ (KSNB) trong doanh nghiệp. Việc hệ thống tài khoản được thiết kế lại theo hướng chi tiết, minh bạch và tiệm cận thông lệ quốc tế đòi hỏi doanh nghiệp phải rà soát, điều chỉnh đồng bộ các yếu tố kiểm soát liên quan. Cụ thể:

3.1. Phân quyền và phân tách nhiệm vụ

Việc áp dụng hệ thống tài khoản mới theo Thông tư 99/2025/TT-BTC đòi hỏi doanh nghiệp phải tổ chức lại quy trình hạch toán theo hướng rõ ràng – minh bạch – có kiểm soát, trong đó trọng tâm là nguyên tắc phân quyền và phân tách nhiệm vụ. Cụ thể, doanh nghiệp cần chú trọng các nội dung sau:

Thứ nhất, phân định rõ vai trò và trách nhiệm trong toàn bộ quy trình kế toán, từ lập chứng từ, kiểm tra tính hợp lệ, phê duyệt đến ghi sổ, bảo đảm mỗi khâu được giao cho các cá nhân hoặc bộ phận khác nhau;
Thứ hai, kiểm soát rủi ro tập trung quyền hạn, tuyệt đối tránh tình trạng một người đồng thời vừa khởi tạo nghiệp vụ, vừa phê duyệt và vừa hạch toán, do đây là nguyên nhân làm gia tăng rủi ro gian lận và sai sót trọng yếu;
Thứ ba, cập nhật và hoàn thiện hệ thống văn bản nội bộ, bao gồm mô tả công việc, quy chế phân quyền và quy trình nghiệp vụ kế toán, nhằm bảo đảm sự phù hợp với hệ thống tài khoản mới.

Song song với đó, doanh nghiệp cần thiết lập quyền truy cập trên phần mềm kế toán theo nguyên tắc vai trò – chức năng, kết hợp áp dụng cơ chế phê duyệt nhiều cấp đối với các nghiệp vụ có giá trị lớn hoặc tính chất nhạy cảm, đồng thời tăng cường hoạt động giám sát và kiểm tra định kỳ để đánh giá mức độ tuân thủ phân quyền và phân tách nhiệm vụ trong thực tế, qua đó nâng cao hiệu quả của hệ thống kiểm soát nội bộ.

3.2. Kiểm soát chứng từ và đối chiếu số dư

Việc triển khai hệ thống tài khoản mới theo Thông tư 99/2025/TT-BTC đặt ra yêu cầu cao hơn đối với công tác kiểm soát chứng từ và đối chiếu số dư tài khoản, nhằm đảm bảo tính đầy đủ, chính xác và nhất quán của thông tin kế toán. Theo đó, doanh nghiệp cần tập trung thực hiện một số nội dung trọng tâm sau: (i) thiết lập quy trình đối chiếu số dư định kỳ theo tháng hoặc quý đối với các tài khoản trọng yếu như tiền, các khoản phải thu – phải trả, hàng tồn kho và tài sản cố định, qua đó kịp thời phát hiện và xử lý các chênh lệch; (ii) tăng cường kiểm soát chứng từ đầu vào, bảo đảm chứng từ được lập đầy đủ thông tin cần thiết để phân loại nghiệp vụ và hạch toán đúng theo kết cấu của hệ thống tài khoản mới; và (iii) hoàn thiện quy trình lưu trữ, đánh chỉ mục (indexing) và tra cứu chứng từ, đặc biệt trong trường hợp doanh nghiệp áp dụng hình thức lưu trữ điện tử, nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho công tác kiểm tra nội bộ, đối chiếu số liệu và kiểm toán.

3.3. Ảnh hưởng đến hệ thống phần mềm kế toán/ERP

Trong bối cảnh áp dụng hệ thống tài khoản mới theo Thông tư 99/2025/TT-BTC, phần mềm kế toán/ERP tiếp tục giữ vai trò là trung tâm dữ liệu và công cụ kiểm soát quan trọng của hệ thống KSNB. Vì vậy, doanh nghiệp cần thực hiện nhiều điều chỉnh mang tính hệ thống, bao gồm: (i) cập nhật đầy đủ danh mục tài khoản mới, đồng thời bảo đảm tính liên tục và khả năng đối chiếu dữ liệu lịch sử trong quá trình chuyển đổi; (ii) rà soát, thiết lập lại mô hình phân quyền người dùng theo vai trò, chức năng và mức độ trách nhiệm, gắn với nguyên tắc phân tách nhiệm vụ; (iii) đảm bảo phần mềm hỗ trợ nhật ký hệ thống (tracking log) để ghi nhận, theo dõi và truy vết toàn bộ thao tác của người sử dụng, phục vụ công tác kiểm tra, giám sát; (iv) tổ chức kiểm thử toàn diện các bút toán tự động, luồng xử lý dữ liệu và các báo cáo liên quan trước khi vận hành chính thức nhằm hạn chế sai lệch số dư và rủi ro sai sót; và (v) tăng cường đào tạo, hướng dẫn người dùng về các thay đổi trong hệ thống tài khoản và cách thức hạch toán trên phần mềm, qua đó nâng cao tính tuân thủ và hiệu quả vận hành.

3.4. Yêu cầu bổ sung về quản trị và báo cáo

Việc triển khai Thông tư 99 đặt ra yêu cầu cao hơn đối với năng lực quản trị và chất lượng hệ thống báo cáo của doanh nghiệp. Theo đó, doanh nghiệp cần rà soát, xây dựng mới hoặc cập nhật các văn bản quản lý nội bộ như quy chế quản trị, quy chế tài chính, quy trình kế toán và các hướng dẫn nghiệp vụ, bảo đảm thống nhất với hệ thống tài khoản mới. Song song với đó, hệ thống báo cáo quản trị cần được nâng cấp theo chiều sâu, không chỉ dừng ở việc phản ánh số liệu mà còn tập trung vào phân tích chi phí, giải thích biến động số dư, theo dõi xu hướng và nhận diện các giao dịch bất thường hoặc rủi ro tiềm ẩn. Đồng thời, doanh nghiệp cần thiết lập cơ chế cung cấp thông tin kịp thời, đầy đủ và dễ tiếp cận cho bộ phận Kiểm toán nội bộ hoặc Ban kiểm soát, tạo điều kiện thuận lợi cho việc kiểm tra, đánh giá mức độ tuân thủ và hiệu quả vận hành của hệ thống KSNB, qua đó nâng cao tính minh bạch, tăng cường kiểm soát rủi ro và hiệu quả quản trị doanh nghiệp.

4. Rủi ro nếu doanh nghiệp không chuyển đổi kịp thời

Việc chuyển đổi sang Hệ thống tài khoản mới theo Thông tư 99/2025/TT-BTC là yêu cầu mang tính bắt buộc, có ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng thông tin tài chính và hiệu quả quản trị doanh nghiệp. Trong trường hợp doanh nghiệp không triển khai kịp thời hoặc thiếu sự chuẩn bị đầy đủ, quá trình áp dụng có thể phát sinh nhiều rủi ro liên quan đến công tác hạch toán kế toán, hệ thống kiểm soát nội bộ và việc tuân thủ các quy định pháp lý. Những rủi ro này không chỉ làm suy giảm độ tin cậy của báo cáo tài chính mà còn tác động tiêu cực đến hoạt động vận hành và uy tín của doanh nghiệp đối với các bên liên quan.

Các rủi ro nếu doanh nghiệp không chuyển đổi kịp thời Hệ thống tài khoản theo Thông tư 99/2025/TT-BTC gồm:

Sai sót trọng yếu trên báo cáo tài chính: Việc mapping giữa tài khoản cũ và tài khoản mới không chính xác có thể dẫn đến ghi nhận sai bản chất kinh tế của nghiệp vụ, làm sai lệch các chỉ tiêu kế toán và giảm tính trung thực, hợp lý của thông tin tài chính.
Gia tăng rủi ro gian lận và thất thoát tài sản: Khi hệ thống kiểm soát nội bộ không được cập nhật đồng bộ với cấu trúc tài khoản và quy trình hạch toán mới, các thủ tục kiểm soát hiện hành trở nên kém hiệu quả, từ đó tạo ra kẽ hở cho gian lận và sai sót.
Rủi ro về tuân thủ pháp lý: Doanh nghiệp có thể không đáp ứng đầy đủ các yêu cầu của cơ quan thuế và cơ quan quản lý nhà nước, dẫn đến các hệ quả như bị truy thu, xử phạt hành chính, yêu cầu giải trình hoặc điều chỉnh lại số liệu đã báo cáo.
Gián đoạn hoạt động kế toán và quản trị: Trường hợp phần mềm kế toán/ERP không được cập nhật và kiểm thử kịp thời có thể gây gián đoạn quá trình ghi sổ, tổng hợp và lập báo cáo, ảnh hưởng đến tiến độ công việc cũng như chất lượng thông tin phục vụ công tác quản lý.
Gia tăng chi phí và suy giảm uy tín doanh nghiệp: Việc chậm chuyển đổi có thể làm phát sinh chi phí khắc phục lớn về sau, gây áp lực cho bộ phận kế toán và làm giảm mức độ tin cậy của doanh nghiệp trong mắt nhà đầu tư, đối tác, kiểm toán viên và các bên liên quan.

Việc không chuyển đổi hoặc chuyển đổi chậm Hệ thống tài khoản theo Thông tư 99/2025/TT-BTC có thể để lại nhiều hệ quả tiêu cực cho doanh nghiệp, không chỉ giới hạn ở các rủi ro về sai sót kế toán và vi phạm nghĩa vụ tuân thủ pháp lý, mà còn tác động sâu rộng đến hiệu quả quản trị, khả năng kiểm soát nội bộ và mức độ tin cậy của thông tin tài chính. Trong bối cảnh yêu cầu minh bạch và chuẩn hóa ngày càng cao, những hạn chế này có thể làm suy giảm uy tín của doanh nghiệp trong mắt cơ quan quản lý, nhà đầu tư, đối tác và kiểm toán viên. Do đó, doanh nghiệp cần chủ động tiếp cận việc chuyển đổi như một quá trình quản trị thay đổi, xây dựng lộ trình triển khai bài bản, tổ chức thực hiện đồng bộ giữa con người – quy trình – hệ thống, đồng thời tăng cường kiểm soát và đánh giá thường xuyên nhằm đảm bảo việc áp dụng Hệ thống tài khoản mới được thực hiện hiệu quả, đúng quy định và góp phần nâng cao chất lượng quản trị tài chính doanh nghiệp.