Thuế GTGT đối với mua vào – bán ra của doanh nghiệp chế xuất (EPE)

HCM Giao ACC

24 thg 1, 2026

Doanh nghiệp chế xuất (EPE) thuộc khu phi thuế quan nên thuế GTGT mua vào – bán ra được xử lý theo nguyên tắc xuất nhập khẩu: mua từ nội địa thường không chịu thuế GTGT nếu là hàng hóa đưa vào khu phi thuế quan, còn các dịch vụ dùng trong nội địa vẫn chịu thuế. Khi bán ra, hàng bán cho nội địa được xem là nhập khẩu và không lập hóa đơn GTGT, còn bán ra nước ngoài hoặc vào khu phi thuế quan khác thì áp dụng thuế suất 0% nếu đủ hồ sơ.

1. Thuế GTGT đầu vào của doanh nghiệp chế xuất

1.1. Nhập khẩu từ nước ngoài (import)
Hàng hóa, nguyên liệu, máy móc nhập khẩu vào EPE để sản xuất xuất khẩu → không chịu thuế GTGT nhập khẩu.
Khi chuyển mục đích sử dụng vào nội địa hoặc dùng cho hoạt động không phục vụ xuất khẩu → phải khai nộp VAT nhập khẩu tại thời điểm chuyển mục đích.
1.2. Mua hàng hóa từ doanh nghiệp nội địa
Hàng hóa đưa vào doanh nghiệp chế xuất (EPE) được áp dụng thuế suất GTGT 0% khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện như có hợp đồng mua bán, có tờ khai hải quan xuất vào EPE, hóa đơn điện tử thể hiện rõ giao dịch với khu phi thuế quan và chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Trong đó, tờ khai hải quan là điều kiện then chốt; nếu thiếu tờ khai, giao dịch sẽ không đủ cơ sở áp thuế suất 0% dù các chứng từ khác đã đầy đủ.
1.3. Mua dịch vụ từ doanh nghiệp nội địaThuế GTGT đối với dịch vụ cung cấp cho doanh nghiệp chế xuất phụ thuộc hoàn toàn vào địa điểm tiêu dùng dịch vụ, không phải địa chỉ của đơn vị cung cấp. Nếu dịch vụ được sử dụng trong khu phi thuế quan — như thi công, bảo trì hoặc sửa chữa máy móc ngay tại EPE — thì áp thuế suất 0%. Ngược lại, các dịch vụ tiêu dùng ngoài khu phi thuế quan, chẳng hạn tư vấn, quảng cáo, kho bãi nội địa hoặc thuê văn phòng bên ngoài, đều chịu thuế suất 10%. Vì dịch vụ không thể thực hiện thủ tục hải quan như hàng hóa, việc xác định thuế suất chỉ dựa trên nơi thực tế phát sinh và sử dụng dịch vụ.
1.4. Điện – nước – viễn thông – internet
Thuế GTGT đối với giao dịch liên quan đến doanh nghiệp chế xuất được xác định theo điểm sử dụng hoặc cung ứng thực tế. Nếu hàng hóa hay dịch vụ được sử dụng ngay trong khu phi thuế quan, giao dịch có thể áp dụng thuế suất 0% hoặc thuộc đối tượng không chịu thuế tùy từng loại. Ngược lại, nếu điểm đo, điểm giao nhận hoặc địa điểm cung ứng nằm ngoài khu phi thuế quan, doanh nghiệp thường phải áp dụng thuế suất GTGT 10% như giao dịch nội địa thông thường.

2. Thuế GTGT đầu ra của doanh nghiệp chế xuất

Khi doanh nghiệp chế xuất bán hàng ra bên ngoài khu phi thuế quan, cách xử lý thuế GTGT phụ thuộc hoàn toàn vào nơi tiêu thụ. Với hàng xuất khẩu ra nước ngoài, thuế suất áp dụng là 0% nếu bộ hồ sơ xuất khẩu đầy đủ, gồm tờ khai hải quan, hợp đồng, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, vận đơn và các tài liệu liên quan. Trường hợp bán hàng cho một doanh nghiệp chế xuất khác cũng được xử lý như giao dịch xuất khẩu và áp thuế suất 0%, với điều kiện phải có tờ khai hải quan EPE → EPE. Ngược lại, khi bán hàng vào nội địa, pháp luật coi hàng từ EPE đưa vào nội địa là hàng nhập khẩu, vì vậy bên mua nội địa phải mở tờ khai nhập khẩu và nộp thuế nhập khẩu (nếu có) cùng thuế GTGT khâu nhập khẩu. Doanh nghiệp chế xuất không được lập hóa đơn GTGT mà sử dụng hóa đơn bán hàng. Bản chất của quy định này là hàng hóa từ EPE không được xem là nằm trong lãnh thổ thuế GTGT Việt Nam. Đối với việc bán phế liệu, phế phẩm vào nội địa, EPE vẫn phải thực hiện thủ tục hải quan và các khoản thuế nhập khẩu, thuế GTGT được tính tương tự như đối với hàng nhập khẩu thông thường.

3. Hồ sơ bắt buộc để áp thuế suất 0%

Khi nội địa bán hàng hóa vào doanh nghiệp chế xuất (EPE), bộ chứng từ cần đầy đủ để được áp thuế suất phù hợp, bao gồm hợp đồng mua bán, tờ khai hải quan xuất vào EPE, hóa đơn điện tử, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và biên bản giao nhận nếu có. Đối với dịch vụ cung ứng và sử dụng ngay trong EPE, doanh nghiệp phải có hợp đồng, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và các tài liệu chứng minh dịch vụ thực sự được thực hiện trong khu phi thuế quan. Các chứng từ này là cơ sở xác định thuế suất và đảm bảo tính hợp lệ khi cơ quan thuế hoặc hải quan kiểm tra.

4. Các nhầm lẫn phổ biến

Một số hiểu lầm phổ biến về thuế GTGT của doanh nghiệp chế xuất cần lưu ý. Thứ nhất, cho rằng EPE không bao giờ chịu VAT là sai — EPE vẫn có thể phát sinh VAT (ví dụ VAT nhập khẩu hoặc VAT 10% đối với một số dịch vụ tiêu dùng nội địa). Thứ hai, suy nghĩ rằng mọi dịch vụ cung cấp cho EPE đều áp 0% là không chính xác; phải xác định nơi tiêu dùng dịch vụ — dịch vụ dùng trong khu phi thuế quan có thể áp 0%, còn dịch vụ tiêu dùng ngoài khu thường chịu 10%. Thứ ba, quan niệm chỉ cần hóa đơn khi bán hàng nội địa cho EPE là thiếu cơ sở pháp lý; để áp 0% cho hàng hóa bán vào EPE cần có tờ khai hải quan cùng các chứng từ khác. Cuối cùng, EPE xuất hóa đơn GTGT khi bán vào nội địa cũng là hiểu nhầm — trong thực tế EPE lập hóa đơn bán hàng; thuế nhập khẩu và VAT khâu nhập khẩu do bên mua nội địa kê khai, nộp.

5. Bảng tổng hợp thuế GTGT cho doanh nghiệp chế xuất

Tóm lược các quy định về thuế GTGT đối với doanh nghiệp chế xuất có thể nhìn từ bản chất của từng dòng hàng. Khi nội địa bán hàng hóa vào EPE, giao dịch được áp thuế 0% nhưng bắt buộc phải có tờ khai hải quan để chứng minh hàng đi vào khu phi thuế quan; trong khi đó, dịch vụ tiêu dùng trong EPE có thể áp 0% nếu chứng minh được địa điểm sử dụng, còn dịch vụ tiêu dùng ngoài EPE luôn chịu thuế 10%. Với đầu ra, hàng hóa từ EPE xuất ra nước ngoài hoặc bán sang một EPE khác đều được xem như xuất khẩu và áp thuế suất 0%. Riêng trường hợp bán vào nội địa, pháp luật coi đây là hàng nhập khẩu, nên bên mua phải mở tờ khai nhập khẩu và nộp thuế nhập khẩu cùng VAT nhập khẩu; EPE chỉ lập hóa đơn bán hàng. Đối với phế liệu, phế phẩm bán vào nội địa, EPE vẫn phải làm thủ tục hải quan và số thuế được tính như hàng nhập khẩu thông thường.

Kết luận

Thuế GTGT đối với doanh nghiệp chế xuất có cơ chế hoàn toàn khác với doanh nghiệp nội địa vì EPE được xem như nằm ngoài lãnh thổ thuế GTGT. Do đó, việc xác định đúng bản chất giao dịch — hàng hay dịch vụ, điểm tiêu dùng ở đâu, có thực hiện hải quan hay không — quyết định trực tiếp đến thuế suất và loại chứng từ bắt buộc. Sai sót thường xuất phát từ việc áp dụng quy tắc nội địa cho EPE hoặc thiếu tờ khai hải quan khi bán hàng vào khu phi thuế quan. Khi nắm vững cấu trúc thuế theo từng luồng giao dịch và duy trì chứng từ đầy đủ, doanh nghiệp có thể hạn chế rủi ro bị truy thu, đồng thời đảm bảo tuân thủ đúng quy định hải quan và thuế.