Thay đổi giữa Thông tư 99 và Thông tư 200: kế toán cần lưu ý gì?

Khi công tác kế toán doanh nghiệp ngày càng được yêu cầu minh bạch hơn, ổn định hơn và phù hợp với chuẩn mực quốc tế hơn, thì sự đổi mới trong chế độ kế toán doanh nghiệp là điều thiết yếu. Vào ngày 27/10/2025, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 99/2025/TT-BTC, chính thức thay thế phần lớn nội dung của Thông tư 200/2014/TT-BTC từ ngày 01/01/2026 cho năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau ngày này. 

Do vậy, đối với các kế toán viên – đặc biệt là ở các doanh nghiệp nhỏ và vừa – việc nắm rõ “điểm khác” và “lưu ý triển khai” là rất quan trọng để tránh sai sót, đảm bảo tuân thủ và hỗ trợ quản trị doanh nghiệp hiệu quả hơn.

Dưới đây là một số điểm mới quan trọng của Thông tư 99 so với Thông tư 200 mà kế toán cần lưu ý:

Thông tư 99/2025/TT-BTC có hiệu lực thi hành từ 01/01/2026 và áp dụng cho năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau ngày này. 

Thông tư 99 thay thế Thông tư 200/2014/TT-BTC (và một số văn bản sửa đổi, bổ sung liên quan) trong phần lớn nội dung. 

Doanh nghiệp cần xác định rõ kỳ kế toán, năm tài chính mà mình áp dụng để tránh áp dụng lẫn lộn giữa hai chế độ cũ & mới.

Thông tư 99 mở rộng quyền chủ động cho doanh nghiệp trong việc thiết kế biểu mẫu chứng từ kế toán, sổ kế toán phù hợp với đặc điểm hoạt động. 

Ví dụ: doanh nghiệp được phép “thiết kế thêm hoặc sửa đổi, bổ sung biểu mẫu chứng từ kế toán so với biểu mẫu hướng dẫn tại Phụ lục” của Thông tư 99. 

Việc này cho phép linh hoạt hơn nhưng đồng thời đặt yêu cầu cao hơn về tính “phản ánh đầy đủ, kịp thời, trung thực, minh bạch” của thông tin. 

Kế toán cần rà soát lại hệ thống sổ sách, biểu mẫu hiện tại: có phù hợp với Thông tư mới không? Cần ban hành lại “Quy chế hạch toán kế toán” nếu có sửa đổi biểu mẫu/sổ sách. 

Thông tư 99 cho phép doanh nghiệp chủ động hơn trong việc điều chỉnh, bổ sung hệ thống tài khoản kế toán, mở các tài khoản chi tiết phù hợp với hoạt động sản xuất kinh doanh – quản trị nội bộ. 

Ví dụ: “Bổ sung một số tài khoản mới và chức năng mới … đặc biệt trong lĩnh vực nông nghiệp, xuất nhập khẩu và thuế tiêu thụ đặc biệt.” 

Với Thông tư 200 trước đây, HTTK có phần chi tiết cố định hơn. Việc này đặt ra yêu cầu kế toán cần: (i) đánh giá HTTK hiện tại của doanh nghiệp xem có cần sửa đổi, (ii) ban hành quy chế hạch toán nếu có sửa đổi.

Việc thay đổi HTTK cần thực hiện trước đầu kỳ năm tài chính mới và đảm bảo tính ổn định – không “nhảy” mỗi tháng gây khó kiểm soát.

Thông tư 99 dành nhiều điều để quy định rõ hơn việc xác định đơn vị tiền tệ trong kế toán, thay đổi đơn vị tiền tệ nếu có sự thay đổi lớn về hoạt động quản lý, kinh doanh. 

Khi doanh nghiệp chọn ngoại tệ làm đơn vị kế toán (trong trường hợp được đáp ứng điều kiện), Thông tư 99 quy định rõ nguyên tắc chuyển đổi, trình bày số liệu so sánh. 

Điều này là khác với Thông tư 200 – vốn quy định chặt hơn việc sử dụng VND hoặc ngoại tệ khi được chấp thuận riêng. 

Kế toán cần lưu ý nếu doanh nghiệp có giao dịch ngoại tệ mạnh hoặc có chi phí/thu nhập bằng ngoại tệ, cần xem xét lại đơn vị tiền tệ kế toán và tác động tới số liệu so sánh giữa các kỳ.

Thông tư 99 mở rộng phạm vi điều chỉnh, không chỉ “ghi sổ, báo cáo tài chính” mà còn bao gồm “quản trị và kiểm soát nội bộ”. 

Điều này có nghĩa kế toán trưởng và ban lãnh đạo doanh nghiệp cần chú ý đến: quy chế quản trị nội bộ, phân định rõ quyền và trách nhiệm các bộ phận liên quan đến kế toán – tài chính.

Với việc doanh nghiệp được chủ động hơn, đồng nghĩa với việc họ chịu trách nhiệm cao hơn: phải đảm bảo thông tin kế toán “đầy đủ, khách quan, không có sai sót” như yêu cầu trong Báo cáo tài chính. 

Dưới đây là các bước và lưu ý cụ thể dành cho kế toán viên và doanh nghiệp khi chuẩn bị chuyển đổi hoặc áp dụng chế độ mới:

Xác định năm áp dụng

Doanh nghiệp cần xác định kỳ kế toán của mình có bắt đầu từ hoặc sau 01/01/2026 hay không – nếu có, áp dụng Thông tư 99. 

Nếu doanh nghiệp vẫn đang kỳ năm tài chính hiện hành chưa bắt đầu sau ngày trên, cần quyết định có chuyển sang Thông tư 99 từ đầu kỳ mới hay tiếp tục Thông tư 200 cho năm đó.

Nếu thay đổi giữa kỳ, cần tuân thủ nguyên tắc ghi nhận lại số liệu so sánh và thuyết minh rõ. 

Rà soát hệ thống chứng từ, sổ sách

Xem lại biểu mẫu chứng từ, sổ kế toán hiện nay: có phù hợp với Phụ lục của Thông tư 99 hay có cần thiết kế lại?

Ban hành Quy chế hạch toán kế toán nếu có sửa đổi về biểu mẫu, sổ sách hoặc HTTK như yêu cầu tại Thông tư 99. 

Cập nhật phần mềm kế toán nếu cần – đảm bảo phần mềm đáp ứng được các thay đổi của Thông tư 99 (HTTK, báo cáo, sổ sách).

Đảm bảo ký chứng từ, lưu trữ tuân thủ quy định mới (như “không được ký thừa ủy quyền”, “một nghiệp vụ lập một chứng từ”…) theo Thông tư 99. 

Điều chỉnh HTTK nếu cần thiết

Đánh giá xem doanh nghiệp có nhu cầu mở thêm tài khoản chi tiết để hỗ trợ quản trị hoặc phản ánh đúng nghiệp vụ mới hay không.

Nếu mở/sửa tài khoản: ban hành bổ sung “Quy chế hạch toán kế toán” – nêu rõ lý do và trách nhiệm. 

Kiểm soát việc thay đổi: đảm bảo không làm ảnh hưởng tới khả năng so sánh giữa các kỳ hoặc gây nhầm lẫn trong báo cáo.

Lưu ý về đơn vị tiền tệ kế toán (nếu áp dụng ngoại tệ)

Xem xem doanh nghiệp có thuộc trường hợp được chọn ngoại tệ làm đơn vị tiền tệ chưa – nếu có, cần xem Điều 31 Thông tư 99. 

Nếu thay đổi đơn vị tiền tệ: thực hiện tại đầu kỳ mới, dùng tỷ giá ngân hàng thương mại để chuyển đổi số dư và trình bày so sánh. 

Trong phần “Bản thuyết minh Báo cáo tài chính”, cần giải trình rõ lý do và ảnh hưởng của việc thay đổi.

Nếu doanh nghiệp vẫn dùng VND: đảm bảo tuân thủ quy định mới về đơn vị tiền tệ và ghi nhận đúng.

Đào tạo và phổ biến cho bộ phận kế toán – tài chính

Tổ chức buổi đào tạo nội bộ hoặc mời chuyên gia trình bày sự khác biệt giữa Thông tư 99 và 200.

Soạn tài liệu nội bộ (checklist, bảng so sánh) để các thành viên kế toán và kiểm toán nội bộ hiểu rõ.

Kiểm thử: chọn một nghiệp vụ và thực hiện theo Thông tư 99 thử trước kỳ áp dụng chính thức để chuẩn bị.

Kiểm tra nội bộ & chuẩn bị báo cáo cho năm đầu áp dụng

Trong năm đầu áp dụng Thông tư 99, cần đặc biệt kiểm tra các nghiệp vụ phức tạp (như hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp) – vì Thông tư 99 có bổ sung hướng dẫn rõ hơn. 

Chuẩn bị phần “Thuyết minh Báo cáo tài chính” để giải thích những thay đổi lớn, nếu có.

Đảm bảo năm đầu tiên không bị thiếu sót trong việc trình bày, chuyển đổi số liệu – tránh các sai sót bị phát hiện khi kiểm toán hoặc cơ quan thuế kiểm tra.

Doanh nghiệp chuyển đổi giữa kỳ mà không thuyết minh hoặc không điều chỉnh so sánh dẫn đến bị cảnh báo khi kiểm toán. (Lưu ý: Thông tư 7/2027 yêu cầu rõ nguyên tắc khi thay đổi chính sách kế toán hoặc thay đổi chế độ kế toán) 

Nhầm lẫn giữa HTTK cũ và mới, dẫn đến số liệu báo cáo bị không khớp.

Thiếu ban hành quy chế hạch toán kế toán khi có sửa đổi biểu mẫu hoặc HTTK → doanh nghiệp chịu trách nhiệm pháp lý.

Chủ quan không cập nhật phần mềm kế toán – dẫn tới lỗi khi xuất báo cáo hoặc kết nối kiểm toán.

Bỏ qua phần trình bày và giải trình trong “Thuyết minh Báo cáo tài chính” – mà Thông tư 99 yêu cầu rõ hơn việc giải trình bất thường.

Không đào tạo nhân sự kịp thời: dẫn tới việc nhân viên kế toán làm việc theo Thông tư 200 mà không biết quy định Thông tư 99, gây sai sót.

Việc chuyển đổi từ Thông tư 200 sang Thông tư 99 là bước tiến quan trọng trong công tác kế toán – giúp doanh nghiệp có môi trường kế toán linh hoạt hơn, phù hợp hơn với quản trị và minh bạch hơn. Tuy nhiên, linh hoạt hơn không có nghĩa là đơn giản hơn – doanh nghiệp và đặc biệt là kế toán trưởng, bộ phận kế toán cần chủ động chuẩn bị, rà soát kỹ lưỡng và triển khai bài bản.

Nếu bạn là kế toán hoặc quản lý tài chính, hãy xem việc “chuẩn bị cho Thông tư 99” như một dự án nội bộ: có kế hoạch, có đào tạo, có kiểm thử, và có rà soát sau để đảm bảo năm tài chính đầu tiên áp dụng không bị vấp.