Những sai sót kế toán phổ biến khiến doanh nghiệp bị phạt thuế

HCM Thùy ACC

29 thg 10, 2025

Bạn là chủ doanh nghiệp nhỏ, kế toán viên mới vào nghề, hoặc người phụ trách tài chính đang muốn tối ưu nghĩa vụ thuế mà không bị cơ quan thuế “sờ gáy”?

Nếu đúng vậy, bài viết này chính là dành cho bạn.

1. Các lỗi thường gặp

Trong thực tế, rất nhiều doanh nghiệp – đặc biệt là doanh nghiệp vừa và nhỏ (SME) – bị xử phạt hành chính, truy thu thuế, hoặc thậm chí bị thanh tra đột xuất chỉ vì những sai sót tưởng chừng rất nhỏ trong quá trình hạch toán kế toán.

Các lỗi này có thể đến từ:

Thiếu kiến thức cập nhật về chính sách thuế mới;
Quy trình kế toán – chứng từ lỏng lẻo;
Hoặc đơn giản là “quên” đối chiếu số liệu giữa kế toán nội bộ và sổ thuế.

Và hậu quả không chỉ dừng lại ở tiền phạt vài triệu đồng – trong nhiều trường hợp, doanh nghiệp có thể bị truy thu hàng trăm triệu, mất quyền khấu trừ thuế GTGT, hoặc bị liệt vào danh sách rủi ro cao khiến việc hoàn thuế, vay vốn hay tham gia đấu thầu trở nên khó khăn hơn nhiều.

Hãy cùng xem những sai sót kế toán phổ biến nhất khiến doanh nghiệp bị phạt thuế là gì – và làm sao để phòng tránh hiệu quả.

📉 2. Những sai sót kế toán phổ biến khiến doanh nghiệp bị phạt thuế

⚠️ 2.1. Kê khai sai hoặc thiếu doanh thu

Đây là lỗi phổ biến nhất và cũng là nguyên nhân chính khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế GTGT và thuế TNDN.

Biểu hiện thường gặp:

Không kê khai đầy đủ doanh thu bán hàng hoặc dịch vụ.
Ghi nhận doanh thu sai kỳ (ví dụ: phát sinh tháng 9 nhưng ghi sang tháng 10).
Không kê khai doanh thu từ các kênh bán hàng online hoặc doanh thu tiền mặt.

Nguyên nhân sâu xa:

Doanh nghiệp không đối chiếu định kỳ giữa hóa đơn đầu ra – sổ kế toán – sao kê ngân hàng, dẫn đến bỏ sót hoặc ghi sai kỳ.

Hậu quả:

Bị truy thu thuế GTGT, thuế TNDN và phạt từ 10–20% số thuế thiếu, cộng thêm tiền chậm nộp (0,03%/ngày).

Giải pháp:

Đối chiếu doanh thu hàng tháng, không để dồn số liệu cuối quý.
Sử dụng phần mềm kế toán – bán hàng đồng bộ để tránh sai lệch dữ liệu.
Với doanh thu online, nên mở mã doanh thu riêng để dễ kiểm soát và kê khai.

⚠️ 2.2. Hạch toán chi phí không hợp lý hoặc không có chứng từ hợp lệ

Nhiều doanh nghiệp hạch toán chi phí nhằm giảm lợi nhuận chịu thuế, nhưng không biết rằng không phải chi phí nào cũng được trừ khi tính thuế TNDN.

Các lỗi phổ biến:

Chi phí không có hóa đơn, hoặc hóa đơn không hợp pháp (hóa đơn mua ngoài, hóa đơn sai tên/mã số thuế).
Chi phí vượt định mức quy định (tiếp khách, công tác phí, khấu hao ô tô trên 1,6 tỷ...).
Chi phí không phục vụ hoạt động kinh doanh (chi cho cá nhân, quà tặng nhân viên không có chính sách cụ thể).

Hậu quả:

Cơ quan thuế loại toàn bộ khoản chi đó, làm tăng lợi nhuận tính thuế, dẫn đến phải nộp thêm thuế TNDN.

Giải pháp:

Chỉ hạch toán chi phí có chứng từ hợp lệ, hợp lý, hợp pháp và hợp lệ.
Kiểm tra tính hợp pháp của hóa đơn điện tử trên Cổng thông tin Tổng cục Thuế.
Xây dựng chính sách chi tiêu nội bộ rõ ràng để hợp lý hóa các khoản chi.

⚠️ 2.3. Kê khai thuế GTGT sai hoặc khấu trừ thuế đầu vào không đúng quy định

Sai sót điển hình:

Kê khai thiếu hóa đơn đầu vào hoặc nhầm kỳ.
Khấu trừ hóa đơn quá hạn (sau 6 tháng kể từ tháng phát sinh).
Hóa đơn bị sai thông tin nhưng vẫn kê khai.

Hậu quả:

Mất quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào, dẫn đến phải nộp thuế cao hơn thực tế.
Bị xử phạt hành chính vì kê khai sai.

Giải pháp:

Rà soát danh sách hóa đơn đầu vào trước khi nộp tờ khai.
Kê khai hóa đơn đúng kỳ và đúng thời hạn.
Khi phát hiện sai sót, thực hiện tờ khai bổ sung càng sớm càng tốt.

⚠️ 2.4. Không trích lập hoặc trích lập sai các khoản dự phòng

Theo Thông tư 48/2019/TT-BTC, doanh nghiệp được phép trích lập dự phòng giảm giá hàng tồn kho, nợ phải thu khó đòi, tổn thất đầu tư tài chính, nhưng phải theo quy định cụ thể.

Lỗi phổ biến:

Không trích lập dự phòng dù có khoản nợ khó đòi.
Trích lập sai tỷ lệ, không có hồ sơ chứng minh.

Hậu quả:

Báo cáo tài chính bị sai lệch, cơ quan thuế có thể loại bỏ chi phí dự phòng, gây tăng lợi nhuận tính thuế TNDN.

Giải pháp:

Trích lập dự phòng theo đúng quy định, có biên bản xác nhận công nợ, quyết định của lãnh đạo.
Lưu đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh tính hợp lý của việc trích lập.

⚠️ 2.5. Lưu trữ chứng từ kế toán không đúng quy định

Một lỗi ít được chú ý nhưng cực kỳ nguy hiểm: mất, hỏng, hoặc không lưu chứng từ đầy đủ.

Lỗi phổ biến:

Lưu hóa đơn điện tử không đúng định dạng.
Mất chứng từ gốc khi cơ quan thuế yêu cầu đối chiếu.
Không lưu sổ kế toán đủ 10 năm theo quy định.

Hậu quả:

Khi bị thanh tra, doanh nghiệp không có chứng từ chứng minh giao dịch, bị ấn định thuế hoặc truy thu.

Giải pháp:

Sử dụng phần mềm lưu trữ chứng từ điện tử được chứng nhận.
Lập danh mục chứng từ và phân quyền người quản lý.
Định kỳ sao lưu dữ liệu ra ổ cứng ngoài hoặc lưu trữ đám mây (Google Drive, OneDrive…).

⚠️ 2.6. Kê khai thuế chậm, nộp báo cáo sai hạn

Biểu hiện:

Quên hạn nộp tờ khai thuế GTGT, TNCN, TNDN, hoặc báo cáo tài chính.
Nộp sai biểu mẫu hoặc nộp thiếu phụ lục đính kèm.

Hậu quả:

Phạt từ 2–25 triệu đồng tùy mức độ.
Cộng thêm tiền lãi chậm nộp 0,03%/ngày.
Bị xếp vào nhóm “rủi ro thuế cao” → dễ bị thanh tra định kỳ.

Giải pháp:

Thiết lập lịch công việc kế toán cố định theo tháng/quý.
Sử dụng phần mềm hỗ trợ kê khai (HTKK, eTax) để được nhắc hạn tự động.
Có ít nhất hai người kiểm tra chéo trước khi nộp báo cáo thuế chính thức.

🧰 3. Giải pháp tổng thể để phòng tránh rủi ro thuế

Đào tạo và cập nhật chính sách thường xuyên:
Luật thuế, thông tư và nghị định thay đổi liên tục — kế toán viên cần chủ động cập nhật.
Có thể theo dõi qua website Tổng cục Thuế, Cục Thuế địa phương, hoặc các hội nhóm chuyên ngành.
Thiết lập quy trình kiểm soát nội bộ:
- Đối chiếu hóa đơn, sổ sách, chứng từ hàng tháng.
- Phân quyền rõ ràng giữa kế toán doanh thu, chi phí, kho, và kế toán thuế.
Sử dụng phần mềm kế toán đáng tin cậy:
Các phần mềm như MISA, FAST, Bravo giúp tự động hóa kiểm tra logic, giảm thiểu sai sót thủ công.
Tổ chức kiểm toán nội bộ định kỳ:
Thực hiện 6 tháng/lần để phát hiện lỗi trước khi cơ quan thuế kiểm tra.
Thuê dịch vụ kế toán – tư vấn thuế chuyên nghiệp:
Với doanh nghiệp nhỏ, việc thuê đơn vị bên ngoài có chuyên môn giúp tiết kiệm chi phí và đảm bảo tuân thủ pháp luật.

4. Checklist: 10 bước kiểm soát rủi ro thuế cho kế toán doanh nghiệp nhỏ

Đối chiếu doanh thu – hóa đơn – sao kê ngân hàng hàng tháng.
Kiểm tra hợp lệ hóa đơn đầu vào, đầu ra trên cổng thuế.
Lưu trữ chứng từ điện tử đầy đủ theo thời hạn.
Trích lập dự phòng đúng quy định.
Cập nhật kịp thời thay đổi về thuế GTGT, TNDN, TNCN.
Kê khai và nộp báo cáo đúng hạn.
Có sổ theo dõi công nợ chi tiết.
Kiểm tra tính hợp lý của chi phí định kỳ.
Tổ chức kiểm toán nội bộ 6 tháng/lần.
Đào tạo nhân viên kế toán mới về quy trình kê khai thuế chuẩn.

Công ty AGS cảm ơn bạn đã dành thời gian để đọc bài viết này. Hy vọng bạn đã có được những thông tin bổ ích. Hãy tiếp tục theo dõi chúng tôi để cập nhật thêm nhiều thông tin cũng như cơ hội việc làm tại AGS nhé.