Thuế hải quan 2025 - Doanh nghiệp cần biết gì trong bối cảnh quy định mới?

HCM HẠNH ACC

24 thg 1, 2026

Trong thời đại hội nhập và toàn cầu hóa, hoạt động xuất nhập khẩu đóng vai trò then chốt trong chiến lược phát triển của nhiều doanh nghiệp. Tuy nhiên, đi cùng với đó là yêu cầu ngày càng cao về việc tuân thủ các quy định pháp luật, đặc biệt là trong lĩnh vực thuế hải quan. Bắt đầu từ ngày 01/07/2025, hàng loạt quy định mới liên quan đến Luật Hải quan, Luật Thuế xuất nhập khẩu và Luật Thuế giá trị gia tăng chính thức có hiệu lực, tác động trực tiếp đến quá trình kê khai, tính thuế và làm thủ tục thông quan. Việc cập nhật kịp thời những thay đổi này là điều kiện tiên quyết để doanh nghiệp tối ưu chi phí, rút ngắn thời gian thông quan và tránh các rủi ro pháp lý không đáng có.

1. Cập nhật cơ sở pháp lý mới từ ngày 01/07/2025

Từ ngày 01/07/2025, các doanh nghiệp xuất nhập khẩu cần tuân thủ các quy định được điều chỉnh tại nhiều văn bản pháp lý trọng yếu, bao gồm:

Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan, Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và Luật Thuế giá trị gia tăng – được Quốc hội thông qua ngày 25/6/2025.
Văn bản hợp nhất Luật Hải quan số 95/VBHN-VPQH, cập nhật đầy đủ các sửa đổi và bổ sung mới.
Thông tư 69/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính, hướng dẫn cụ thể về cách xác định thuế giá trị gia tăng với hàng hóa nhập khẩu có kèm theo dịch vụ.
Các văn bản này tập trung vào việc minh bạch hóa cách xác định trị giá hải quan, điều chỉnh mức thuế, đồng thời tăng cường quản lý rủi ro và kiểm tra sau thông quan.

2. Các loại thuế áp dụng đối với hàng hóa xuất nhập khẩu

Trong quá trình xuất nhập khẩu, doanh nghiệp có thể phải nộp nhiều loại thuế khác nhau, tùy theo tính chất hàng hóa và phương thức giao dịch. Cụ thể:

a. Thuế nhập khẩu

Thuế nhập khẩu áp dụng cho hàng hóa được đưa vào lãnh thổ Việt Nam từ nước ngoài. Thuế này được tính theo công thức:

Thuế nhập khẩu = Trị giá tính thuế × Thuế suất nhập khẩu

Trị giá tính thuế được xác định theo phương pháp giá CIF – bao gồm giá hàng hóa, chi phí bảo hiểm và cước vận chuyển đến cửa khẩu nhập đầu tiên.

Thuế suất được tra cứu theo Biểu thuế nhập khẩu hiện hành (MFN hoặc ưu đãi đặc biệt theo FTA).

b. Thuế xuất khẩu

Thuế xuất khẩu áp dụng cho một số mặt hàng như tài nguyên, khoáng sản, gỗ, phế liệu… theo tỷ lệ phần trăm giá FOB (giá hàng giao tại cảng đi). Doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ mặt hàng của mình có thuộc danh mục chịu thuế xuất khẩu hay không.

c. Thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng nhập khẩu

Theo quy định mới tại Luật Thuế GTGT sửa đổi có hiệu lực từ 01/07/2025, giá tính thuế GTGT của hàng nhập khẩu được tính như sau:

Giá tính thuế GTGT = Trị giá tính thuế nhập khẩu + Thuế nhập khẩu + Thuế TTĐB (nếu có) + Thuế bảo vệ môi trường (nếu có)
GTGT sẽ không được miễn trừ đối với hàng nhập khẩu kèm dịch vụ không thể tách rời (như lắp đặt, bảo trì), trừ khi hợp đồng được phân định rõ ràng phần dịch vụ và phần hàng hóa.
Thông tư 69/2025/TT-BTC quy định chi tiết cách xác định thuế GTGT trong các trường hợp đặc thù, như mua máy móc kèm dịch vụ kỹ thuật.

d. Các loại thuế khác (nếu có)

Thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB): Áp dụng cho rượu, bia, thuốc lá, ô tô, hàng xa xỉ…

Thuế bảo vệ môi trường: Áp dụng cho túi ni lông, xăng dầu, than đá…

3. Các lưu ý thực tiễn khi kê khai và nộp thuế hải quan

a. Phân loại mã HS chính xác

Mã HS (Harmonized System) là yếu tố quan trọng quyết định thuế suất, chính sách quản lý và kiểm tra chuyên ngành. Phân loại sai mã HS có thể dẫn đến:

Áp thuế sai → bị truy thu, phạt chậm nộp
Không được hưởng ưu đãi theo FTA
Bị áp dụng biện pháp kiểm tra sau thông quan
Doanh nghiệp cần tra cứu kỹ biểu thuế 2025 và có thể yêu cầu xác nhận trước mã HS từ cơ quan hải quan nếu chưa rõ.

b. Hồ sơ, chứng từ đầy đủ và chính xác

Một số chứng từ không thể thiếu khi khai báo hải quan:

Hóa đơn thương mại (Invoice)
Hợp đồng mua bán
Vận đơn (Bill of Lading)
Tờ khai nhập khẩu
Chứng từ chứng minh xuất xứ (C/O – Certificate of Origin)
Catalog sản phẩm (nếu cần xác định mã HS)

Trường hợp hàng hóa nhập khẩu để hưởng ưu đãi thuế theo hiệp định FTA, doanh nghiệp bắt buộc phải có C/O phù hợp, đúng mẫu, do cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu cấp.

c. Quản lý rủi ro và kiểm tra sau thông quan

Luật Hải quan sửa đổi 2025 nhấn mạnh vai trò của quản lý rủi ro, qua đó phân luồng hàng hóa khi thông quan. Một số doanh nghiệp sẽ bị chọn kiểm tra sau thông quan nếu có dấu hiệu kê khai không phù hợp.

Doanh nghiệp nên:

Lưu trữ hồ sơ ít nhất 5 năm
Có hệ thống kiểm soát nội bộ về thuế
Tự rà soát định kỳ để hạn chế sai sót

d. Ưu đãi thuế từ các FTA – cơ hội giảm chi phí hợp pháp

Việt Nam hiện đang tham gia nhiều hiệp định thương mại tự do như:

EVFTA (với EU)
CPTPP (với các nước Thái Bình Dương)
RCEP (khu vực châu Á)
VKFTA (với Hàn Quốc)
ACFTA (với ASEAN – Trung Quốc)

Doanh nghiệp có thể được giảm mạnh thuế nhập khẩu (xuống 0–5%) nếu đáp ứng quy tắc xuất xứ và có đủ giấy chứng nhận C/O. Đây là công cụ hiệu quả để cạnh tranh về giá trong chuỗi cung ứng toàn cầu.

Kết luận

Những thay đổi trong hệ thống pháp luật về thuế hải quan năm 2025 không chỉ thể hiện xu hướng hiện đại hóa trong quản lý nhà nước mà còn đặt ra yêu cầu mới đối với doanh nghiệp xuất nhập khẩu. Việc nắm vững các quy định, hiểu rõ cách xác định thuế và chuẩn bị đầy đủ hồ sơ chứng từ không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được những rủi ro về pháp lý mà còn mở ra cơ hội tận dụng các ưu đãi thuế từ các hiệp định thương mại tự do. Trong bối cảnh đó, việc hợp tác với một đơn vị tư vấn hải quan chuyên nghiệp sẽ là giải pháp hiệu quả để đảm bảo sự tuân thủ pháp luật, tiết kiệm thời gian và tối ưu chi phí cho từng lô hàng. Đầu tư vào hiểu biết về thuế hải quan hôm nay, chính là đầu tư vào sự phát triển bền vững của doanh nghiệp ngày mai.